九年初，皇太极命多尔衮等率一万人渡黄河西进，至托里图，俘获了林丹汗子额哲及其部众一千余户，统一了漠南蒙古。
为了笼络蒙古封建的上层贵族人等，皇太极用联姻、赏赐、封王封爵、定外藩功臣袭职例、崇奉喇嘛教、与西藏僧俗头领建立联系等手段，取得了蒙古诸部的支持和效忠。
为了弥补女真，满洲人数太少的根本弱点，清除北方、东北方向来的威胁，斩断明朝右臂，皇太极加紧进行统一漠南蒙古各部的征抚工作。
一方面屡派使者，招诱巴林等部归附，另一方面，集中兵力对付察哈尔部林丹汗。
从17世纪初开始后金即与漠南蒙古即今内蒙古察哈尔部发生一些小规模军事冲突。
不过直到此时，由于之前后金的羽翼实力尚未丰满，努尔哈赤不敢同时与明朝和漠南蒙古进行两线作战。萨尔浒战役大获全胜后，后金继续攻击明朝驻守的铁岭，大伤元气的明朝此时不得不向末代蒙古大汗林丹汗求援，并给予蒙古以经济方面的好处。
于是林丹汗急派内喀尔喀五部、科尔沁部率军万余人驰援明军，当蒙古援军抵达铁岭时，努尔哈赤已攻陷铁岭，在数量占优且士气高涨的后金军的攻击下，蒙古军战败。铁岭、沈阳之战的失利使林丹汗的势力退回到漠南蒙古境内。
在皇太极即位后，决定在南下入关之前，解决蒙古这个后背隐患，以避免重蹈金朝的覆辙。
为消弱林丹汗的势力，皇太极对蒙古各部采取联姻、劝诱、征讨一系列软硬兼施的策略。
而且由于林丹汗后期在西藏红教喇嘛沙尔巴呼图克图的影响下皈依红教，引起信奉黄教的蒙古众多部的不满，使得这些部落开始疏远林丹汗。
天聪六年明崇祯五年，1632四月初一，皇太极率军离沈阳，西征林丹汗，适值辽河水涨，人马浮水而过，两昼夜始渡完。
沿途蒙古各部贝勒纷纷遵奉率兵从征谕旨前来相会，到十二日来会者有喀喇沁、土默特、喀喇车里克、伊苏忒、扎鲁特、敖汉、奈曼、阿禄、巴林、科尔沁等部及北边蒙古诸部奥巴等数十位贝勒，均献酒献马，汗设大宴相待。
四月十六日，金汗皇太极，召集各贝勒，嘉奖踊跃遵命之贝勒，训斥怠缓之人。
皇太极谕：“朕以察哈尔不道，整旅往征，先期谕令尔等率本部兵来会。今尔等所领之兵，多寡不齐，迟速亦异，惟科尔沁部土谢图额驸奥巴率来军士甚多，又不惜所蓄马匹，散给部众，疾驰来会”，“足见立心诚意，忧乐相同，朕甚嘉之”。
至于舅舅吴克善的怠慢行动，则使“朕心不甚欢乐”。
扎鲁特部诸贝勒，“尚属实心效力”，敖汉、奈曼诸贝勒，亦“较优，然也未为尽善”。
巴林诸贝勒似尚、畏惧察哈尔，且“吝惜马匹，怠缓不前”，阿禄诸贝勒“深受林丹汗之欺凌，乃此次并不思仗朕之力以复仇，而不多发兵马”，“仅以一旅之师勉强应命”，“应俟班师日议罪”。
各贝勒皆叩首受命。这次训谕，对激励和鞭策蒙古踊跃从征，起了很大作用。
同时，在后金军的优势武力打击下，漠南蒙古各部逐渐瓦解。
林丹汗虽组织力量抵抗，但其下属已逐渐离心离德，纷纷向后金投降。
三月皇太极决定亲自对林丹汗进行最后一次决定性的征讨战。在后金大军压境之下，林丹汗撤退到漠北蒙古喀尔喀部，然而喀尔喀部不愿接纳他。
在皇太极的追击之下，林丹汗只得西逃，在此期间部下不断为皇太极的追兵所收拢。
至天聪八年1634年，林丹汗逃至大草滩今甘肃境内一带安营扎寨，但在此因病去世。
林丹汗去世后，其势力加速走向崩溃。
天聪九年1635年，林丹汗之子额哲归降皇太极，并献上据说是当年元顺帝离开中原时带走的传国玉玺。
漠南蒙古遂被并入后金版图。