锦衣卫，是一个职能广泛的特殊的军事机构，而其中最主要的是侦查、逮捕、审问、收集军情。锦衣卫不仅仅对国内进行间谍行动，国外同样如此，在万厉援朝战争中就立下了汗马功劳。
而朱由校之所以这次下定决心，要插手朝鲜的内政，也是与锦衣卫有关。
在万历末期明朝尤其是辽东地区，就有怀疑朝鲜早已私通后金。当时还是翰林院检讨的徐光启上疏称“鲜、奴之交已合“，主张派遣大员监国朝鲜，防止朝鲜落入后金手中，但最后因为明朝内部政治原因，而不了了之。
但在半年之前，辽东的锦衣卫带来了一份从密信，让事情变得有趣了起来，信中是一份国书，开头几个大字：“朝鲜国王致书后金国汗殿下”，从那时起朱由校就认为现任朝鲜国王李珲属实是一个孽种，而且朱由校也明白了，大明必须保持对朝鲜的绝对控制。
也是从那时开始，锦衣卫开始与西人党进行了接触，并最终取得了政变行动的主导权。
自壬辰倭乱后，朝鲜5次遣使请求册封李珲为王世子，结果明朝当时正在国本之争，礼部自然不可能同意番邦次子，均以违背长幼之伦为由拒绝。得不到宗主国的册封使李珲政治上缺少合法性，这也是他憎恶明朝的开端。
李珲即位十多天后，就将大部分政敌并将其杀死或流放，并向明朝请封。但明朝坚持认为其合法性不足，要派遣官员调查，甚至一度有大臣提出占领朝鲜，设为郡县的建议。万历三十六年1608六月，明朝派严一魁等入朝鲜调查，李珲以数万两白银赂之，随后才被册封。李珲怀恨在心，关闭了明朝与朝鲜在中江的通商口岸。
在内部，李珲也一直深陷统治危机，成均馆500多名儒生“卷堂“罢课示威，将朝鲜政局矛盾的最后一块遮羞布撕了下来。此后朝鲜大狱频发，李珲深居简出、沉湎女色，除了亲审大逆罪人外极少上朝视事，除了受群臣朝贺的大礼外几乎不出后宫，在位十五年间，召见群臣不过八九次，开经筵不过五六次。