尽管接到了柳川氏的举报，但德川幕府没有立即采取行动，而是将事件搁置近两年，延至大明崇祯五年五月，将军德川家光指令幕府听取双方的主张，但是依然没有做出任何判决。
崇祯六年十月德川家光上洛后，指令老中土井利胜和松平信纲审理柳川一件，十一月中旬委派上使前往对马藩调查事件经纬，同时禁止对马岛派遣赴朝使船。
崇祯七年二月，也就是今岁二月，德川家光将宗氏和柳川氏双方二十余人招至江户举行对质审理，德川家光认为宗义成年少，与国书篡改无关，而柳川氏独断对朝外交，因此国书篡改之责在柳川氏而非藩主宗氏。
三月十一日，德川家光裁定宗义成无罪，柳川调兴及其同伙有罪，将柳川调兴流配津轻，调兴之家臣松尾智保等斩首，以“日本国王使“名义出使朝鲜的规伯玄方和宗智顺流配奥羽。
三月十四日，德川家光再次召见宗义成，确认其无罪并责令宗氏尽快请来朝鲜通信使。同时指示将事件处理结果通报朝鲜，明确今后由对马藩宗氏全权主持日本对朝鲜的外交。
德川家光在此事件后，还终止此前因德川家康和德川秀忠褒奖对马藩交涉议和复交之功，而特许宗氏不必按常规参觐交代的特例，加强了对马藩的监管和控制。
今岁宗义成虽然逃过一劫，但被幕府监管、控制得极严，再也不敢更改对朝鲜的外交文书和礼物，直接导致此前略有缓和的倭朝关系又开始恶化。
特别是李倧上台后，对倭国使臣更是爱答不理的。今岁四月初，倭国使臣再次从对马传来文书，将此前对马外交中的篡改部分做了说明，这让朝鲜人大为恼火。
敢情以前的外交文书都是假冒的啊，倭人真是毫无信义可言，于是自此李倧下令不许倭国使臣再踏上朝鲜土地！李倧有这么硬的腰杆，完全是因为大明备胡经略府的缘故，四月份的时候，朝鲜和明国联军已经抵挡住了建奴的举国进攻，正是意气风发之时，怎会再和毫无信义的倭国言和？
于是宗义成并未能按幕府的要求，尽快请来朝鲜使臣至江户面见幕府将军德川家光。德川家光也非常恼火，给宗义成下达了最后通牒，要是在明年之内，还不能请到朝鲜使臣，宗家就等着被削掉封地知行吧！
对马宗义成战战兢兢的不断派人和朝鲜沟通，但都收效甚微，到了十一月初，宗义成却接到了一个惊人的消息，有大批明国、荷兰、西班牙等诸国舰队在济州岛集结，意图不明。同时，釜山港的朝鲜水军明显加强了戒备！
济州岛和对马岛一西一东，都是朝鲜和倭国重要的海外港口。对马岛北面不远便是朝鲜釜山港，相隔不过百余里，甚至晴天可在对马的高台上，看到朝鲜的釜山。
而济州岛在西面，它控厄住了倭国向大明西进和向朝鲜北进的海路。明军与荷兰等国派大批舰队到济州岛究竟是什么意图呢？宗义成猜测了许久，最后认为明国的目标还是明国北方的建州胡奴，毕竟今岁初春时，明国和建奴在朝鲜恶战，当时明国也派了大批舰队北上驰援的。
不想一个月后，六国联合舰队大举东进，很快进入了对马海峡，而后将对马岛、壹岐岛等北九州外海岛屿尽皆封锁起来。还没等宗义成醒过神来，明国派来的使者已经将战书送到了面前！
战书说得很明白，明国、荷兰、朝鲜等六国因不满倭国北九州等地残酷镇压天主徒，破坏海贸商路，损害了诸国利益。同时明国和朝鲜问罪倭国，四十年前无故侵犯朝鲜，因此六国举兵前来征讨倭国。如今战事已开，勒令对马宗氏在三天之内，开城投降，否则玉石俱焚！
宗义成接到战书后，顿时凉了半截。对马宗氏在对马岛和临近的美津岛上总共不过有战兵三千人，即使动员农兵，也只不过万余人。对马宗氏麾下水军也只有关船二十余艘、小早船五十余艘，即便算上控制对马海峡的壹岐水军众，也不过两百余艘小型战船，水兵不过四千余人。看着外海上遮天蔽日而来的六国联合舰队，宗义成怎能心中不凉？
宗义成思考了一个下午，迅速做出了应对。他一方面派使者回复六国，希望能宽限些时日，再多给他五天时间。另一方面宗义成派了使者伪装渔民出海，打算将消息传给幕府，同时派人联络壹岐水军众，打算联合壹岐水军众抵抗六国的水军。
结果，使者出发没过多久，就被六国水军擒获，搜出了宗义成给幕府的求援信件。然后，明国使者带着搜出的信件，连同另外一份礼物，一起送到了宗义成面前。