所有的江防哨探和烽火台都担忧信报警会让自己成为顺军的攻击目标，而就算水师看到警报真的及时赶来，那也不过是成全了别人的功劳，而招惹到杀身之祸的自己则全无好处。
就这样，李成栋的军队就在江防军的眼皮子底下成功渡过长江天险，渡过长江后李成栋立刻带领最先一批跟他登陆的亲信直扑南京而去，而后续的顺军部队在渡江后开始沿着长江南岸联系各个烽火台、兵站还有渡口中的江防军，让这些江防军改换门庭，为顺军监视长江江面，若是现明军水师的踪迹要立刻点燃烽火报警，同时还要保证他们不能从渡口、兵站得到补给或是休息之地。
……
南京的金銮殿上，群臣向着刚刚被推上宝座的“崇祯太子”王之明山呼万岁，恳请他立刻就任监国，北御闯贼，西讨黄逆。
“陛下宜亲贤臣，远小人。如此大明中兴可待……”
贺词尚未说完，突然听到外面一阵喧哗，这喧哗声是如此之大，竟然在这金銮殿上也是清晰可闻；而且还是如此之近，好像就是禁中的太监也跟着在一起呐喊：
“大顺兵进城啦！”
李成栋带着二百亲卫连夜赶到南京城下后，早晨化妆成明军混入已经乱成一团的南京，进城后李成栋和手下的二百亲兵把明军战袍一脱，换上顺军的黑衣，大摇大摆地在城中纵马来回驱驰，鼓足了气力在街道上大声呼喊：
“大顺兵到！”
这二百人闹出的响动立刻震惊了南京各门守卫，得知顺军已经入城后，本来就人心惶惶的南京守军立刻纷纷扯下明军的红旗，换上黑色的旗帜以求自保，一个没有事先准备黑旗的守将情急之下，把身边的墨石尽数溶在水中，赶制了一面黑旗悬挂起来。
确认顺军已经进城无疑后，本来还跪在殿下的大学士和南京六部的官员们，突然一起暴跳而起，争先恐后地向坐在御座上的那个二十出头的年轻人涌去。上百的官员在大殿上挤成一团，那些竭力挤到御座前的人伸出无数双手，七手八脚地把王之明从御上扯下来，像老鹰捉小鸡一般地架起他向宫外窜去。
李成栋一直喊到南京九门统统换了大旗，才向南京皇城赶去，当他赶到皇城城门前时，南京百官已经聚集在门口迎接大顺官兵。这些官员向李成栋投降的时候，还抬着一个衣裳已经被扯得稀烂的年轻人，皆口称有献伪明太子之功。
……
“陛下在京师坐镇，臣犹有可为，如今京师有失，臣智力孤危，如之奈何？”见到弘光皇帝逃来自己军中，黄得功也是大吃一惊，手下数万儿郎皆仰仗南京的物资粮草，军中并无多少积蓄，而且这些天来同左良玉激战无论士兵还是军资都损耗极大，黄得功现在急需人员和物资补充，而不是更多的军事任务。
“一城皆叛，闯贼临江，”弘光皇帝仓皇逃出京师的时候，身边连禁卫军都没有，只剩下几个小太监：“这如何是好啊？”
昨天黄得功刚刚又大败左良玉所部，楚军被打得丢盔卸甲、溃不成军，他仔细问了一些南京的情况后，沉吟着对弘光皇帝说道：“当今之计，唯有夺还京师，抵御闯贼。”
不顾左右抛过来的眼色，黄得功对弘光皇帝说道：“陛下万乘之尊，不宜自处险地，臣请陛下往杭州，待臣夺还京师后再请陛下还阙。”
弘光却是不肯：“大明生死存亡，如今全系于将军之手，大明若亡、朕岂能独存？朕不通兵事，但愿为将军擂鼓。”
见弘光皇帝无论如何也不肯去杭州，黄得功便让亲信安排皇帝和那几个太监去后舱休息，同时下令全军出兵返南京。
弘光皇帝离开后，左右再也按捺不住，一起向黄得功叫道：“大帅，此时返回南京不是自取灭亡吗？”
虽然楚军被击退，但仍然在西面徘徊，南面浙江是潞王的地盘，如果弘光皇帝不能立刻赶到杭州很难说会闹出什么事来，至少兵员补充和粮饷供应是不用指望了。北面是顺军的兵锋，东面南京又沦陷敌手，黄得功现在毫无疑问已经是没有根据地的孤军悬师。此时强行去攻打依托南京的顺军，从军事上说和自杀也没有太大区别，就算侥天之幸击败了南京城外的顺军，想凭这支既没有后方、也没有援军和粮草储备的孤军攻下明太祖苦心经营的雄城南京，也是和做梦没有什么区别。
“黄侯的信，大帅不是看过了么？”左右提醒黄得功，镇东侯多次来信劝他，说若是明知事情已经不可为的话，应带军队前往福建：“黄侯还在福州等着大帅去共商大计呢！大帅，黄侯是您的同宗，打虎还靠亲兄弟，这个时候大帅不和黄侯一条心，还去找谁呢？”
黄得功看看后舱，轻轻摇头道：“我不是不知道黄侯是东林的人，和皇上难免有些隔阂，可皇上待我不薄，国家待我也不薄，皇上赐给我伯爵，推心置腹、委以重任，今天……”
黄得功又是一阵摇头：“今天危难之际，皇上不往他处，孤身投入我军中，对黄某的这份信任……我又不是铁石心肠，怎么能不感动？黄侯的心意我领了，但是我不能负了皇上。”
说完后黄得功就大声命令道：“出兵！夺还京师！”