约800年前，在临死之际，哲尔尼亚斯释放X/伊裴尔塔尔吸收Y了卡洛斯地区的生命能量，之后在森林X/山脉Y陷入沉睡。
在700年前的近代，在圆朱市相继建造了9层高的铃铛塔和钟之塔。两座塔象征着神奇宝贝与人类之间的友谊和共同生活的希望。从塔顶一览的情景十分壮丽。西边的是唤醒神奇宝贝的钟之塔，而东边的塔是神奇宝贝的休憩之处。据说在当时，一只巨大的银色神奇宝贝栖息于钟之塔顶，相对的铃铛塔则住着彩虹色的凤王。然而，在150年前，一场闪电击中了钟之塔，剧烈的大火燃烧了整整三天，在一场倾盆大雨之后才被熄灭。洛奇亚和凤王逃离了这场灾难，之后洛奇亚到漩涡列岛栖息。在那时起，第一届神奇宝贝联盟比赛开始举办。在现代时期，秋叶原博士创造了第一只人造神奇宝贝3D龙。
枪柱上的帝牙卢卡，帕路奇犽和骑拉帝纳
在数年前，人类从梦幻的基因中克隆出超梦，超梦逃脱了人类的控制并破坏了红莲岛上的神奇宝贝屋。不久之后，红莲岛的火山喷发破坏了岛上的许多区域。另外火岩队和水舰队的首领唤醒了固拉多与盖欧卡并使它们再度交战，又再度被烈空坐平息。
在现代，由于环境的异常变化，神奥地方开始变得寒冷。敌对组织银河队使用红锁链使湖之众神召唤出了帝牙卢卡，帕路奇犽和骑拉帝纳。由于主角的干涉，银河队的计划没有得逞。那时在天冠山顶出现了一个时空裂缝，也是破格的世界的入口。骑拉帝纳和银河队首领赤日进入了破格的世界，之后这个入口的关闭让神奥地方恢复了平和。
在近年，以N为首的电浆团在合众地方活动。魁奇思以合众的建国传说四处游说，表面上是想解放神奇宝贝，实际上在酝酿更大的阴谋。而N则为他的理想收服了捷克罗姆或雷希拉姆，当击败冠军阿戴克后，主角在合众八位道馆训练家的帮助下，唤醒了另一条龙神奇宝贝在N的城堡及时阻止了N，但N幕后的魁奇思露出了他的真面目。由于主角的活跃，逮捕了魁奇思，N乘着捷克罗姆或雷希拉姆飞走。国际刑警官员帅哥在主角的帮助，逮捕了电浆团余党，合众地方的风波被平定。
2年后，电浆团分裂成两派。魁奇思带领电浆团企图用酋雷姆的力量把合众地方冰冻，后来被主角及N阻止。魁奇思却让酋雷姆和捷克罗姆B2或雷希拉姆W2合体。最后，酋雷姆被主角制服，合众地方免于受到危机。
就在这段时间里，卡洛斯地方的闪焰队打算使用“最终兵器”改变这个世界。因而唤醒了哲尔尼亚斯X或伊裴尔塔尔Y。主角制伏了它们以后，卡洛斯地方3000年前的国王AZ的后代，闪焰队首领弗拉达利使用能进行超进化的神奇宝贝打算阻止主角离开闪焰队秘密基地。最后，主角成为冠军，回到密阿雷市接受表扬。AZ与花叶蒂再次相遇。卡洛斯地方脱离了危险。
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