万历二十九年元旦日，朱翊钧昭布天下：田雌凤、杨朝栋、杨兆龙、何汉良、田飞鹏、田一鹏、孙时泰、马千驷等首逆、从逆，于菜市口斩首。其余赦了死罪的人也是阉割为奴或发配教坊司，只侥幸逃脱了性命。
十恶不赦大罪中的第一大罪就是谋逆反叛，在此大罪之下，唯一落得较好结局的，是因为万历皇帝的恶趣味，而被赠送给叶小天的杨花杨小萝莉。
随后，朝廷将杨应龙及其一众党羽的首级做了防腐，旋即传示川黔云贵等地，这是对各方土司的一种威慑。
杨氏家族近八百年的播州基业毁于一旦，杨氏宗族几乎被斩尽杀绝，直到最后关头，依旧死守海龙囤的贼属五千五百余人，被流放闽广。
此役，朝廷斩杀贼众两万余人，俘其贼属近六千人，先后俘虏或招降近十二万人，播州地方一团糜烂。
这一仗，朝廷赢了，可实际上却也是惨胜。为了这一仗，朝廷从十五个省抽调了军队，由李化龙亲自遴选全国各地“精明干练”的府、县知事百余人，调用十个省的兵器制造坊和兵器库的兵器设备。
仅仅是攻打海龙囤的最后一战，朝廷方面就阵亡将官七十八人，士兵四千六百余人，重伤近一千人，轻伤近两千五百人，加上土兵，总伤亡人数达到惊人的三万余人。
整个战役中，由于前期明军盲目冒进，屡屡中伏被全歼，所以全部的伤亡人数是播州方面的四到五倍，这还不是惨胜么？
户部焦头烂额地算着帐：此一战，朝廷耗费银两一百五十万两，铜钱十七万文，米三十二万石，干鱼七万斤，另有食盐、生姜、干蒜、蔬菜……
这还只是与吃用有关的，药材呢？抚恤呢？奖赏呢？战袍呢？火药呢？军械呢？战马呢？当万历皇帝从兴奋之中清醒过来后，他忽然发现，自己这个大赢家，其实也没赢来什么。
真要说有赢家，朱翊钧咬牙切齿地发现：真正的大赢家，居然是叶小天！
叶小天借着这一仗，已然是兵强马壮，如今整个思南已经彻底落入他的掌握，这还不算，播州的一半也落入他手中了。
余庆、湄潭、瓮水、白泥、草塘、黄平，整整六府之地，全在叶小天的掌握之中。
朱翊钧能拿回来么？能！问题是，他拿回来之后，交给谁？
还有比叶小天更叫他放心的人么？相对于那些几百年来世守其地的土司，叶小天这个面目可憎的家伙，居然是他虽然不想承认，却也只能捏着鼻子承认的最可信任的人。
几百年来追随杨氏的播州五司七姓，因这一战，已经彻底打乱了他们对播州的统治。那些上了杨氏贼船的，要么战死，未死的也被列入死党赴京师问斩了。
未参与杨氏叛乱但也未向朝廷示忠，而是一味观望者，也被取消世袭官职，但是这种彻底的破坏主要集中在北线，因为南线被叶小天提前全盘接收了，所以当地未曾遭逢太多的战乱。