于此同时，蒋光鼐，蔡廷锴也没有闲着，开始大刀阔斧的整顿福建军政。
张贞部被改编，陈国辉部被解散（那些俘虏，除了少数被收编以外，大多数都被金钊给拉去强制劳动改造去了，修桥铺路，造福乡梓），陈国辉被处死。是蔡廷锴，蒋光鼐利用十九路军的声望，整肃福建军政的一大举措，不仅有力的缓和了福建各界的民众的统治矛盾，而且赢得了闽东南地区百姓和华侨的欢迎和称颂，相对稳定的建立了对闽东南的控制，使闽东南绥靖一方，为福建开辟新局打下了一个良好的基础。
同时蒋，蔡两人还趁机整顿了一些地方杂牌部队。对林秉周之海军陆战队第二读力旅，蔡廷锴认为该部队人员多为老弱，兼有不良嗜好，枪支粗劣不堪，难承维持地方之责，以之剿匪，不特虚耗粮饷，且还有可能为匪所剿，当不笑话，只有改编整顿，加以训练，还有变成劲旅的希望。最后该旅被该编，仅留一千余人，不及一团。
省防军陈维远之第三混成旅和钱玉光之第四混成旅，原是十九路军入闽前，由省保安处在很短时间内改编和凑成的，人数不足，武器又缺乏，也没有什么战斗力，除靡费军费外，别无用处。遂下令取消编制，其中两个团改为护路队和公路工程队，拨归省建设厅直接指挥。
至于省防军第二旅，因该旅主要领导人萧叔宣，陈齐宣于十九路军一些高级将领有一定关系，被暂时保留下来，后来，该旅番号被更改为“福建保安第一混成旅”，编制等照旧。萧叔宣调职他用，陈齐宣升任旅长。这样，杨树庄主政福建以来组建的福建省防军便宣告结束。
此外，十九路军还想控制闽西北的刘和鼎五十六师和周志群读力旅，闽西北的卢兴邦新编第二师，但都由于找不到适当的机会和理由，加上这些人不是实力雄厚，根基太深，就是驻守边缘，鞭长莫及，只好暂时维持现状，等待时机。
整顿福建军政工作基本结束，改组福建省政斧的事宜便提上了曰程。
但是没想到的是，老蒋却趁这次改组福建省政斧的机会挑拨蒋光鼐和蔡廷锴之间的关系。
老蒋将蔡廷锴招到武汉，先是对蔡廷锴这段时间的表现赞赏了一番，随即提出准备提升蔡廷锴为福建绥靖公署主任，而蒋光鼐担任改组后的福建政斧主席。
福建绥靖公署主任是指挥全省军政的，福建省政斧也在绥靖公署管辖范围之内，这样一来的话，长期担任长官的蒋光鼐反而成为了蔡廷锴的下属。蔡廷锴自然不傻，马上就意识到了，这是老蒋在趁机挑拨离间。于是将自己不能兼任福建绥靖公署主任一职的理由，一一向老蒋陈述了一遍，并请中央另派贤能担任此职，或是由蒋光鼐继续兼任，但是老蒋当即表示不行。
蔡廷锴回到福建之后，马上赶到福州面见蒋光鼐，决议辞去福建绥靖公署主任之职，请蒋光鼐兼理。没想到蒋光鼐对此却毫不在意，并劝蔡廷锴以大局为重。