就在南宁城争分夺秒地抓紧时间部署防线的同时，马仲英也带着疾火营乘舟师终于抵达了位于雷州半岛最南端的海安所，距离琼州已经是一步之遥了。
此去琼州，关键在于建立属于琼州军的抗清后方基地，而琼州对于琼州军这支从滇南过来的明军武装太过于陌生，故马仲英遂将原高廉绿营的的一百余绿营兵任命为各队的小旗，这也是为了在登陆琼州时有足够的向导。
琼州府,地居海洲中，东西宽约九百里，南北长约一千一百四十里，绵亘三千余里。
琼州为府治，居岛之北陲，儋居西陲，崖居南陲,万居东陲,内包黎峒,万山峻拔，外匝大海，远接诸番，渔业发达，矿产丰富，实乃不可多得的根据之地。
杨彦迪于琼州军进军海南提供了最大能力的帮助，如他先前所承诺一般，短短三天，龙门岛水师仗着船坚炮利，率先发动了对清军琼州驻防水师的攻击。
大员郑家任命的琼州总兵谢昌闻得明军大举攻琼，遂于临高一带起事，聚众数千配合杨彦迪攻掠琼山、澄迈、文昌等县，同时发动黎族首领韩有献配合作战。
又有龙高山义士李积凤于龙高山起兵，李积凤乃是明永历朝庆丰伯李广恩的侄子，李广恩在广东战败后。
李积凤领残部退至琼州，见龙高山一带地形复杂，形势险要,仅东北角有一条小路上山，遂在龙高山安营扎寨，继续抗清，他闻得广西明军入琼，遂带兵下山，直取万州。
琼州军亦趁此良机，在海口登陆，清琼州水师守备黄世贤迫于明军压力，又因为广东失陷，自感守城无望，在海口反正归明，琼州军遂在琼州站稳了脚跟。
几乎是同时黎人首领符乾定率领黎众也于琼州军登陆后攻打定安县城，定安县令无力抵抗，携带家眷弃城逃走，符乾定部入据定安县城，并扫荡邻近村庄。
永历三十四年十一月十八，马仲英以大明广西提督的名义在澄迈大会群雄，各路义军皆认为琼州军在广西屡次大胜清军，而马仲英又是淮国公子嗣，无论是威望还是战功都在众人之上,遂一力推举马仲英为盟主,负责攻略琼州事宜。
对此，马仲英并没有谦虚，当仁不让地领了义军盟主之职，在这种清强明弱，十余万清军随时可能东下的情况下，矫情显然是不合时宜的，故尔在聚集众人后，即起兵直扑琼州治所琼山县，又飞书尚在海口的杨彦迪，请其立即以舟师将此前转入雷州的三万百姓全部转运海口。
琼山城始建于洪武三年，城墙周长八里七丈，高三丈三尺，宽两丈半，设东、西、南三座城门及四座角楼，有子城、月城、还有护城河，乃是琼州第一大城。
据黄世贤所说，城内守军约有两千余人、大小火炮五十门，知府牛天宿和守将董国卿都是清廷的死忠，此前还欲出岛配合清军攻打高雷祖泽清，但由于抗清武装此起彼伏，故军马一直未动。
马仲英闻报后也是忧心忡忡，不要看明军联军拥兵数万，但是真正能打的，恐怕只有他从南宁带过来的疾火营了，毕竟疾火营中大多数士兵都在南宁经历过血与火的考验，而补充入军的绿营兵也都是久经沙场的老兵。
其余的起义军大多都是普通百姓组成，壮壮声势还行，攻打清军守卫严密的府城，恐怕起不了多大的作用。
为此，马仲英还是决定采用爆破攻城的手段，准备炸开琼山县城墙，可是他万万想不到的是，在联军主力抵达琼山时，琼山城头居然打起了明朝的日月旗。
正所谓贤臣择主而侍，良禽折木而栖。