南科大和深海大学一前一后成立，两所大学的校园又仅有一条马路之隔，所以难免被放在一起比较。
深大的背后是深海特区政府在大力支持，划拨给校方的5000万人民币建设资金，都是从市财政预算中努力挤出来的，国家和省里没有给过一分钱。
而南科大背后站着的是世界首富“财神李”，南科大的第一笔捐款正是来自于东方集团。东方集团向南科大捐赠了5000万美元，其中第一笔3000万美元的资金，在去年学校筹备委员会刚刚成立时，就已经一次性拨付到位。剩余的2000万美元，从今年开始分四年拨付。
而李轩名下的公益基金——东海基金，随后也承诺将从1985学年开始，每年向南科大捐赠2500万美元用于维持日常运转，持续时间为10年，总计将向南科大捐赠25亿美元。
单单是李轩一个人就已经认捐了3亿美元，而南科大的5名执行董事中的另一名非官方成员，被誉为“红色资本家”的霍老，也一口气捐赠了1000万美元。
此外10名非执行董事中，有6人还要请了多位香港名流加入。其中包括澳门赌王何宏燊先生，他认捐4000万港币，将为南科大新建一座图书馆。许士勋先生也代表许氏家族认捐3000万港币，来为南科大新建一座体育馆。而邵谊夫先生也同样认捐了3000万港币，为南科大新建一栋行政楼。
此外在李轩和霍营东两位执行董事的努力筹款下。像郭德胜、包俞刚、李嘉城等港九富豪也都纷纷慷慨解囊。截止至今年六月，在不计算李轩认捐的25亿美元的情况下，南科大募集到的资金。就已经高达315亿港元（约为4000万美元）。
而在加上李轩拨付的资金，南科大的账户上实际到账的现金已经达到1亿美元。如此强大的筹款能力，也是李轩能够说服中央高层同意，在特区成立一所体制外的试验大学的根本底气所在。
这也只有在八十年代这个国家极度缺乏资金，中央高层又处在摸着石头过河，勇于进行各种改革尝试的年代，向南方科技大学这样一所类似于西方私立大学的高等学府才有机会成立。如果时间再往后退十年。当国家政策收紧之后，李轩就算愿意砸再多的钱也无济于事。
而现在中-央高层的气度也很大，既然同意了李轩筹建实验大学的想法。也就干脆直接撒手把新大学的筹建工作，都甩给了李轩来负责。但李轩却非常小心翼翼的掌控着，自己和东方集团介入的尺度。
他筹建南科大的目的，是为了给东方集团今后的发展。寻找一个学术和科研的支撑点。只要南科大建在深海特区。对李轩和东方集团来说，就已经得到了主场优势，根本无惧其他竞争对手来争夺对南科大的影响力。
至于彻底把南科大掌控在自己手中，李轩根本就没有这个打算，也不敢有这个打算。教育对一个国家来说，其实是很敏-感的一个领域。后世的中国只是在美国创办了几所推广汉语的孔子学院，美国的许多教授和议员，都不断的攻击中国政府不怀好意。
更别说李轩现在成立的是一所。为国家培养精英和栋梁的高等学府。虽然他的潜在威胁不可能向一个国家那么大，但有些东西李轩也愿意主动避嫌。所以在他为南科大构建的最高议事机构——校董事会中。五名有投票权的执行董事，官方代表占据了三席，完全有能力决定南科大的所有事务。
而在南科大组建起来的行政管理层中，负责学生教学工作的教务长，是原北大的教务长。负责大学日常管理的副校长，是从香港招商局的一位副总经理。负责学校财政大权的财务主任，是中银香港的合规部部长。
李轩在组建南科大的管理层时，也是破费思量。一方面要考虑与国内现行高等教育体系的融合，另一方面还要让管理层有国际化视野。还有最重要的一条是，新大学的管理层必须和国家是一条心的！
所以整个南科大的行政高层，除了校长的人选之外，李轩没有人用过体制外的任何一个人。像中银香港和香港招商局，都是中央驻港的大型国有企业。
他这种商而优则学的选材方式，在国内应该算是非常少见的情况。通常情况下，教育口的大学校长们调往行政口出任部长，或者行政口的部长们调往某所大学当校长，这在国内还算比较常见。但商业口的某国企老总调往大学当校长，或者教育口的大学校长去执掌某大型国企，这种情况却是非常少见！
李轩也认同高等教育应该是公益性的，而不应该过度商业化。但他同时也认为，一所成功的大学也必须具备良好的商业基因。因为学校想要持续壮大，就需要不断地盈利。
中国现在的大学财政来源都很单一，几乎完全靠政府拨款。而南科大的情况却比较特殊，当初中央政府之所以同意李轩创办这所大学，就是因为他有能力自筹款项。
所以南科大在未来不断地一段时间内，主要的资金来源还是要依靠企业赞助和社会募捐。而李轩在南科大刚成立的这一两年，可以出面来帮大学搞几次筹款酒会，大家也议案一卖他几分薄面。
但这并不是长久之计，这项工作最终还需要由南科大的管理层们，用自己的商业头脑去运作！所以李轩在拟定南科大的管理层名单时，更喜欢调选那些熟悉商业社会规则的驻港国企干部，而不是从国内其他大学中要一批思想固化的老学究过来。
南科大的行政高层名单中。唯一一位不是内地出身的就是大校长。校长代表一所大学的脸面，而南科大未来的办学经费，长期要从港澳地区的募集。所以南科大的校长必须由一位在港澳地区有很高知名度的人物来担任。
因此从国内其他大学调派就不太合适，更何况在李轩给南科大设计的管理结构中，校长并不是说一不二的一把手。大学的行政大权主要是由校务委员会来集体决断，并对校董事会负责。