朱由校不得不回京的原因很简单，因为北京城的那位魏公公跟东林党人干上了，而且这次事情闹得比较大，魏公公不但把东林党的一些人给抓了，而且还给杀掉了，其中就包括杨涟、左光斗、魏大中、周朝瑞、袁化中、顾大章等在内的一众东林党的骨干。
当然了，魏公公是指使东厂的人抓的，至于锦衣卫他暂时还插不上手，所以虽然他已经下令不要将这个消息告诉朱由校，但很显然他还没做到一手遮天的地步。
朱由校虽然文化水平较低，平日里也不大管事，但他也知道这事的严重性。在他刚当皇帝的时候，大明的朝堂正是党政激烈的时候，那时候的朝堂上党派可谓五花八门。
众所周知，华夏人喜欢抱团取暖，也比较喜欢用地域来划分界限团体，比如一个官员到了京城，人生地不熟的他首先要做的第一件事就是找老乡拜码头。山西的找山西的，浙江的找浙江的，找到之后大家一看，诶呀大家都是老乡啊，以后可要相互关照啊，于是乎党派就这么来了。
大明晚期的党派大致分为齐、楚、浙以及东林党，在这些党派里齐、楚、浙三党由于都是纯粹的地域性质的党派，所以势力比较弱，而东林党就比较牛逼了，这个自诩代表老百姓利益的党派成天高喊着为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平，他们用这些口号很是忽悠了一批读书人。
当然了，口号毕竟是口号。东林党人除了为江南地区的地主阶层充当代言人和保护伞之外他们最擅长的就是跟除了自己党派以外的人斗。他们斗天斗地斗，当然也缺不了齐、楚、浙这三党。双方的矛盾越来越激烈，什么争国本、妖书案、梃击案，只要有机会双方就会下死手打击对方，从万历十几年开始双方就开始闹，可谓是历史悠久。
由于东林党人有江南一带地主阶级的支持，所以战斗力很强，逼得齐、楚、浙三党不得不联合起来跟他们斗，原本双方斗了数十年，谁也奈何不了谁，但后来由于出现了一个人物导致了齐、楚、浙三党的全军覆没，而这个人就是我们的九千岁魏公公。
在斗倒了三党后，魏忠贤终于当上了他梦寐以求的司礼监掌印太监一职，说是权倾朝野也不为过。不过也正是这个时候他发现自己又多了一个敌人，这个敌人就是昔日的盟友东林党，因为在斗倒了其他的党派后东林党已经变得非常强大了，整个朝堂可以说大部分都是他们的人，这就严重影响了咱们九千岁的威望。而东林党人也发现在斗倒了齐、楚、浙三党后，整个朝廷唯一能当他们对手的人就是这位昔日的盟友魏公公了，于是乎双方自然而然的就怼了起来。
双方翻脸的后果就是火星撞地球，作为混混出身的魏公公深谙先下手为强的真谛。他一发狠，就指使了手下的一个叫许显纯的人出马，把杨涟、左光斗、魏大中、周朝瑞、袁化中、顾大章等一行人给抓了起来。
要说许显纯这个人也不是什么好货，武进士出身，擢锦衣卫都指挥佥事，为人性格残暴，他最喜欢做的事就是杀死犯人后将其喉骨挑出，作为凭证或者是纪念。所以在抓到了杨涟等六人后，这家伙一不做二不休的把这些人全给干掉了。