《黄庭经》是道教上清派的重要经典，也被内丹家奉为内丹修炼的主要经典，属于洞玄部。现传《黄庭经》有《黄庭内景玉经》、《黄庭外景玉经》、《黄庭中景玉经》三种，因中经出现较晚，可以暂置不论书中认为人体各处都有神仙，次提出了三丹田的理论。介绍了许多存思观想的方法。关于内外经的作者、成书年代及其相互关系，向来有多种说法。今人王明先生在《黄帝经考》中曾作详细考证，认为魏晋之际，民间已有私藏七言韵语体《黄庭》草本。大约在晋武帝太康九年（288年），女道士魏华存得到这个《黄庭》草本并加以注述；或有道士口授，华存笔录而写成定本《黄帝内景经》。晋成帝咸和九年（334年），魏华存去世，《黄庭外景经》约在这前后问世，它是在《内经》的基础上撰写而成的，作者不祥。这是主张《内经》在《外经》之前出现。历史上也有人认为《内经》在《外经》之后出现的，如欧阳修等。
《内经》与《外经》旨意相通，这点是无疑问的。历来校注本经的较多，今所见最早注本为唐玄宗时隐士白履忠（号梁丘子）注的，收入《云笈七签》和《修真十书》，另有胡、欧阳修、刘处玄、蒋慎修等都注过《黄庭经》，而清人董德宁《黄庭经微》较晓畅易懂，陈撄宁《黄庭经讲义》分类诠释，解难释晦。据《云笈七签》本，《内景经》共36章，每章以句二字作为标题，正文计416句，2912字；《外景经》分上中下三部，计98句，686字。别本与此大略相同。经名“黄庭”一辞的含义，有不同的解释。《正统道藏》染丘子注序：“黄者，中央之色也；庭者，四方之中也。外指事，即天中地中人中；内指事，即脑中心中脾中，故曰‘黄庭’。
内者，心也；景者，象也。外象谕，即日月星辰云霞之象；内象谕，即血肉筋骨脏腑之象也。心居身内，存观一体之象色，故曰内景也。”王明《黄庭经考·释题》说：“按黄庭三宫，上宫脑中，中宫心中，下宫脾中，黄为中央之色，庭为四方之中，并具中义。内景者，含气养精，内视神象：似义取双关。”今人陈撄宁认为庭乃阶前空地，故黄庭表示中空的意思，对人体而言就是脐内空处。总而言之，“黄”是中央之色（根据五行说：东方甲乙木，南方丙丁火，中央戊己土，西方庚辛金，北方壬癸水。土色为黄，故黄为中央之色），“庭”指四方之中，或指阶前空地，“黄庭”即喻指道家内修功夫的中空现象。
《内景经》又名《太上琴心文》、《东华玉篇》、《大帝金士养生之书，其实它远在一般药物养身、术数延命之类书之上，而是一部继承汉代“五脏神”之说，以身体脏腑各有所主的理论为基础，结合道教人身百脉关窍各有司神之说，以七言韵文的形式，注重以“存思”为主的修炼要诀。因它是早期上清派崇奉的经典，故又称《上清黄庭内景玉经》。《内景经》包含着一些医学理论，分别论述了人体各主要器官的大致情状以及主要生理功能，其中有十四章着重阐述了人体五脏及胆腑的生理作用。经中认为心是脏腑之王，能知寒热、和荣卫、通血脉、调阴阳；心开窃于口舌，能吐纳五脏之气，识别五行之味。所以人能心安，就可以体和无病身不枯。肝主谋虑，藏血、魂魄之居。
经中认为肝开窍于目，如日月之明，五行之关镜。肝气上与三焦气合，下为口中津液，津液过玄膺、明堂入丹田，真气流布，百骸受润，则无疾病。脾为仓廪之本，纳谷物生味道，化糟粕。它认为脾居中央，横在胃上，外应脸色；脾胃相合供应营养，那么血脉通畅，筋骨强健、肌肤丰润、营养全躯，就能延年益寿。故它重视脾的功能，称脾为下黄庭宫、人体的根本、五脏的要枢。肺为气之本，开窍于鼻，布气于七窍，主耳目聪明。认为肺气起自三焦，能调理五脏之元气，人若能把津液吞进丹田，那么肤色亮泽，百脉通畅，齿坚黑，不会衰老。肾者精之处，先天之本，元气之根，主骨。经中认为肾主五脏六腑、九窃津液之相连，开窍于耳，肾气充足，则耳聪目明，筋强骨健、百脉通畅。又肾藏精，认为人若止精可长寿。经文认为，胆主决断，为六腑之精。人若胆、力互用，能摄虎兵。又认为胆外名于眉目之间，喜怒皆行此处，愤则上冲冠。
《内景经》又吸收《河上公老子章句》及《太平经》中“五脏神”的观念，展为三部八景二十四神之说，认为人体各部位都有神灵居住。三部八景二十四神，是指将人身分为上元宫、中元宫、下元宫三部分，每部分的元宫都有八景神镇守，即上部八景神镇在人身上元宫中，中部八景神镇在人身中元宫中，下碚八景神镇在下元宫中。经中认为人们若能存思三部八景二十四神，则三田五脏的真气调和，不会有疾病，甚至能乘云升仙。值得注意的是，这些神的名字并非随意起的，而是根据人身各器官的功能、所处方位以及颜色、状态等，加以提炼概括成的。如对面部七神的介绍：“神苍华字太元”；“脑神精根字泥丸”；“眼神明上字英玄”；“鼻神玉垄字灵坚”；“耳神空闲字幽田”；“舌神通命字正伦”；“齿神■峰字罗千”。
这些神名都是对相应器官进行形象的概括，各具特色。经中认为，人体正是靠这些神的主宰，才是以维持生理活动正常地进行，才能“形与神具”。这些神有别于自然力量的神，而是主宰人体生理活动的“功能神”。这也反映出古时人们对人体器官功能的一些正确认识，但他们却将人体器官功能的主宰归结于神，是明显错误的。
《内景经》还对《存思法》进行详细阐述。早期道教《太平经》中就有存思五脏神万病都可消除的说法，《内景经》继承这一思想并加以进一步挥。认为“存思百念视节度”，即要求存思身中百神，呼吸上下如一而除杂念。并认为“可用存思登虚空”，这是把存思之法当作学仙之道。可以说，存思是道教上清派典型的修炼方法，也是《内景经》的核心内容。所谓存思之法，《内景经》中包含两个方面内容，一是指存思身内诸神，另外指存思身外之物。
道教认为人体多神，而以五脏神为主，故重视存思五脏神的色、形、气、服饰、姓名等。《内景经》对于存思心、肝、脾、肺、肾等五脏神，都分别加以论述，其中对存思心神的论述最多。如经中述道：“心典一体五藏（脏）王，动静念之道德行，清洁善气自明光，坐起吾俱共栋梁，昼日曜景暮闭藏，通利华精调阴阳。”这是认为心有神灵，且是五脏之王，倘若经常存思心神，那么阴阳和顺，脏腑调匀，均无疾病。存思肝神：“肝气郁勃清且长，罗列六府生三光，……五色云气纷青葱，闭目内眄自相望。”
肝属东方木位，主青，故肝气旺盛清而且长时，如东方之木主春，肝为生气之本，闭目冥想生气遍照体内五脏之腑，与脏腑相应，上为五色云，如日月星辰光亮明彻，久久即可自己内视脏腑。“内视”是存思法中一种重要思想，就是指修炼者闭目存思，潜神入定后，内观形体，神气充溢而使体内朗然洞彻的景象。关于存思脾神：“脾长一尺掩太仓，中部老君治明堂，……黄衣紫带龙虎章，长精益命赖君王，三呼我名神自通。”脾居中宫，存思脾神，即可增长精气，延长寿命，心虚洞鉴，神灵自通。关于存思肺神：“肺部之宫似华盖，下有童子坐玉阙。……素锦衣裳黄云带，喘息呼吸体不快，急存白云和六气，神仙久视无灾害，同之不己形不滞。”肺为金宫，在五脏之上，状似华盖。
童子、白云都是指肺神。当喘息不定呼吸不畅、身体不快时，就赶紧存思肺神，便能调和六气而无灾害，常用此道，可保形体不枯衰。关于存思肾神：“肾部之宫玄阙园，中有童子冥上玄，……苍锦云衣舞龙幡，……百病千灾急当存，两部水王对门生，使人长生■九天。”肾为水宫。玄阙园，喻指肾之外形。童子、水王都是指肾神。当人正生病时，就应立即存思肾神，这样便能逢凶化吉，免除疾病而能升天成仙。
《内景经》提出“三丹田”之说。关于三丹田之名，在此经之前的早期道教籍中尚未出现。《太平经》、《大洞真经》提到泥丸、心、脐等与之相关的名称，只有到了《内景经》才明确提出“三丹田”的概念。丹田有上、中、下之分，故合作“三田”。每一丹田中各居着一位神，故有“三神”。又因丹田之室，方圆一寸，故称寸田，下面分别简介三丹田。