强渡作战一直进行到晚上八点，在炮兵的覆盖射击之下，广东水师同治年下海的旧式巡洋舰“镇涛”被击沉，“安澜”号、“飞龙”号船体进水，在撤退的途中抛锚，舰上官兵或弃船或投降。主力舰“广元”号、“广庚”号，以及新式炮舰“楚观”号、“楚泰”号，由于弹药耗尽，从第一线撤回水师大本营重装补给。趁着这个机会，第一批强渡的革命军士兵终于抵达了南岸，开始步行向谁是基地突击。
二十分钟之后，第二批和第三批革命军士兵同样抵达南岸。
尽管广东水师的鱼雷艇和炮艇一直在南岸海域进行阻击，只可惜夜幕之下，视线受到了极大的限制，盲目的射击只会白白浪费子弹，俨然失去了所有的优势。相反，登上岸头的革命军士兵们在遭受了渡江战役重大的创伤之后，化悲痛为力量，怒气与士气同时高涨，疯狂的向水师大本营冲杀了过去。
水师提督李准早就抱着以死殉国之决心，下令所有船只坚守港湾，等待叛乱士兵攻入大本营之后，立刻炮轰大本营，与这些乱臣贼子们同归于尽。只不过他有这样的觉悟，但是黄士龙、袁树勋以及一众总督府逃出来的官员们，可没有这么伟大的报国思想。袁树勋要求李准安排一艘军舰护送他们前往香港或者厦门，决不能坐以待毙。
李准知道自己与这些人不同心，索性就遵从了袁树勋的意思。他调来“广金”号巡洋舰，将这些人送上船，命令将这些人先送去香港，如果英国人不准军舰进港，那就退而前往厦门。
将总督府的官员安排妥当之后，李准通告水师大本营全军，力求与水师大本营共存亡。
可是当革命军杀到大本营营盘前时，除了李准坐镇的“广元”号，以及副旗舰“楚泰”号向大本营开火之外，其余战船尽数没有反应。李准向其他战舰打去旗语，严肃催促开火。没过多久，距离李准旗舰最近的“广庚”号忽然降下了大清龙旗，缓缓的升上了白旗。李准见了此举，心中顿时凉了半截，他知道自己大势已去，这些跟随自己多年的水师兄弟们，却根本不愿意做殉葬品！
随着“广庚”号的投降，十几分钟之后，从巡洋舰到炮舰，再到鱼雷快艇，全部都悬挂了白旗。有的鱼雷艇没有准备白旗，只好把大清龙旗给倒过来悬挂，以示变节。
就这样，除了“广元”号与“楚泰”号还在顽抗，其余大小战船全部停战。
面对孤立无助的局面，“广元”号管带向李准提出了两个建议，其一投降，其二撤退。
李准起初还坚持要战到底，哪怕就算只有“广元”号一艘战船，他也绝不会向乱党投降或者退缩。听了这番话，管带知道李准是心意已决，可是他自己还抱有求生的希望，在苦劝无果之下，只好改用威胁之言。
“提督大人，此战再无可战，你我仁至义尽。如果提督大人不识时务，末将可不会让全船兄弟们陪同提督大人一人白白送命。满清气数已尽，哪怕提督大人还要抱着愚忠到底的想法，那也得考虑手下兄弟们是否也有这个决心。末将最后一次恳求提督大人下令停火投降，若不然，末将只好率兄弟们弃船上岸了。”
听了管带的话，李准当场怔住了，他第一个念头就是必须处死管带。
而管带早就戒备在心，他一直紧紧的盯着李准的动作，就在对方还要去拔枪时，抢先一步拔出了自己的枪对准了过去。
“提督大人，别怪末将无礼了。”他大喝了一声，然后用眼神向身后的亲信示意了一下。几个士兵马上就冲了上去，将李准的枪卸了下来，然后用准备的好绳子五花大绑了起来。
李准一直破口大骂，拼死进行挣扎，不过这一切都成为了徒劳。
没过多久，“广元”号也悬挂了白旗，随之“楚泰”号也跟风投降。
到了晚上九点四十分，广东水师大本营的战事彻底平息了下来，革命军占领了水师大本营，投降的水师官兵全部妥善安置。不过革命军对于这些投降官兵没有进行任何拘押，因为人数太多，而且事先也接到了命令，所以最终把投降改为了投诚，所有水师官兵全部成为革命起义军的一份子。
梁鸿楷负责监督广东水师大本营善后工作，他一一审问过了广东水师的几个主要将领，除了李准是激烈反抗之外，其余所有人都表示支持革命，愿意听从革命军领袖的调遣。当然，这些水师将领回答的很含糊，因为目前为止还不能确定到底谁才是真正的革命领袖。梁鸿楷知道自己还没有资格涉及这个问题，所以也没有多理会，最后他只吩咐几个将领节制好各自手下，并且限期剪掉鞭子、烧毁所有满清旗帜，以示决心。
至于李准，因为他是水师提督的身份，官衔不小，如果贸然枪毙只怕会让水师官兵变心，所以只好派了几个革命士兵将其押送到将军府，交给吴绍霆来处置。
广东水师的停战投诚，标志着广州起义大功告成。
吴绍霆回到将军府之后，马上开始整顿广州城的秩序。他先让邓铿抽调麾下三个营营卫队、第一标标卫队，以及第二标标卫队，再加上王云等后哨的几十名士兵，合计三百名士兵成立为革命政府警卫营，担任将军府周围的保卫工作。之后，他让李福林集合所有民军，对民军进行整顿并按照军事单位来编制。这么做的目的，就是不让这伙散漫的民军游手好闲，在城内到处乱逛，单单军事改编差不多就能让他们忙上半个月了。
制定好这两项基础工作，他又召集所有起义军将领，开始布置城区维安工作。除了炮兵在总督府大院内留守，他让其余部队按照队为单位，划分广州城内城外管制区，逮捕在管制区内造乱的人，不管对方旧军散兵还是走散的民军，一律一视同仁。他甚至还给出指示，若有必要，可以开枪射杀。
除此之外，他让莫擎宇带领第二标参谋官，分别前往广州下辖三个县府，负责接管这些县府的军政事宜。