当凯撒把高卢变成高卢行省后没多久，罗马就传来消息东征帕提亚的克拉苏战败身亡，为了平衡权力，元老院拉拢了庞培，庞培就任执法官后，随即下令追查跨度达20年的反贪污法案，专门针对凯撒和他的铁杆同盟，许多人因此遭到迫害，他们纷纷赶往高卢提出警告。凯撒向刘叔问计，刘叔只说了一句“将在外君命有所不受”，此时虽说情形对凯撒不利，凯撒依然不打算激化矛盾，他公开赞扬庞培的的行为，并向元老院展现自己的诚意，私底下则收买保民官们促成法案，使自己可以缺席参加执政官竞选，确保不会因贪污诉讼和政治打击而被彻底斗倒。
在完成反贪污法案的推进后，庞培主动放弃了独一执政官殊荣。随即推举岳父梅特路斯·西庇阿作为同僚上任，与自己共治到任期结束，元老院立即给庞培延长总督任期，并增加2个军团的调度特权。激进的反凯撒执政官马塞拉斯则拒绝凯撒提出的总督延期要求，接着又直接取消凯撒授予新考姆城的罗马公民权，并对前来讨要说法的城市行政长官施以非公民刑罚，还不断让这个人去找凯撒告状，以示羞辱和挑衅。
然而刘叔背后的势力早提醒过凯撒，庞培已经和元老院结盟了。于是凯撒收买了执政官保卢斯，使其保持中立，还替保民官盖乌斯·斯克里伯尼乌斯·库里奥偿还巨额债务，使其成为自己的党羽，在凯撒总督任期结束前，执政官克劳狄顺势提出安排继任者去接替，但却没有得到广泛支持。罗马的内战似乎不可避免，凯撒在最后时刻仍旧想争取时间，但铁了心的元老院已完全不为所动，直接宣布凯撒为全民公敌，同时元老院安排卢修斯率4000新兵北上接替凯撒职位，自知性命难保的安东尼、库里奥和卡西乌斯等人，便化妆成奴隶，藏在车中逃到北方，他们的狼狈模样又被凯撒加以利用，展示给士兵煽动好战情绪。
恺撒带军团到国境线卢比孔河，并渡过卢比孔河，开启了罗马内战。凯撒这边大约拥有十个军团，除此还有大批亲罗马的蛮族部队，凯撒和刘叔在高卢经营多年，粮草已经备的足足的，并且凯撒手下手上久战之兵，面对北方凯撒大军的咄咄进逼，元老院和庞贝主动要求罗马的新军向南撤退，直接就放弃了罗马城，转而进驻半岛东南的海港布隆迪西乌姆，一些来不及迂回的大队，则索性直接坐船横渡亚得里亚海，到对岸的伊庇鲁斯希腊组建反攻大营，更多使者则被同时派往四面八方，去向外省驻军和当地的同盟国君主下达集结令。
在一切布局完成之前，庞贝还是选择留在布隆迪西乌姆。由于手头的兵力已减少到不足1个完整军团，他还下令释放和武装奴隶来为自己作战，但凯撒却不准备给他多余的准备时间，在获得从高卢地区跟进的援军后，凯撒始终在最前沿区域维持着3个最精锐的老兵军团，同时在南下过程中，直接收纳兼并了3个新组建军团，当发现庞贝继续躲在东南沿海拖延时间，凯撒就调集大部分力量对其实施围困。此时，庞贝才意识到自己因决策失误而陷入危局，尽管凯撒不断派人来城中劝降，但他知道自己不可能就这样轻易屈服，为了不让对手轻易冲入海港，就下令以各种隐秘工事加强布隆迪西乌姆的防务。
眼看自己的退路被完全封锁，庞贝让人搜罗出那些停泊在布隆迪西乌姆的商船，将之改造为临时的高塔战舰。庞贝的士兵在船上搭建三层楼高的瞭望塔，并大量赶制弩炮等远程机械进行武装，这些高塔战舰用大量的弩炮、投石和弓箭进行投射，严重阻碍围攻者的进度。凯撒方面依靠着数量优势，不断以人力物力进行补充，缓慢地完成水路封锁，经过大约9天的不断胶着，即将把布隆迪西乌姆的出海口给彻底堵死。庞贝见形势危急，就决心从布隆迪西乌姆突出重围，他事先留下部分轻装士兵和精锐老兵，继续在城墙上维持坚守假象，私底下则将全部的士兵送上船队，准备在夜间冲出封锁线，但城中的居民却出于自保目的，不断跑到高处向凯撒方面呼喊消息。
庞贝手下少量留守城头的士兵，利用提前准备好的小船与舰队会合，然后顺流向着浮动工事冲击。由于航道拥挤，有几艘大船直接撞上了木筏，并因深深嵌入其中而不能脱身，这些船上的士兵与迅速跑来围攻的人激战，直到弹尽粮绝才选择集体投降。但庞贝和更多部众还是顺利冲过阻拦，头也不回地驶入亚得里亚海，至于他们先前设下的大量防御工事，也给凯撒的手下以很大麻烦，虽然经城中居民指点，入城部队很清楚陷阱位置，但为了拆除和绕开，还是花费了很长时间。