建武十二年一月，吴汉败蜀军于鱼腹津，进围武阳，并歼灭蜀援军五千余人，然后西上再破广都，大军逼近成都。刘叔听到消息后就卜算了一卦，然后写信告诫吴汉：“成都有十多万部队，不可轻视，只要坚守广都，待他们来攻时，不要与他们争锋。如果他们不敢来攻，你转营强迫他们接战，必须等到他们精疲力竭，才可以发起攻击。”但吴汉求胜心切，率二万步骑进攻成都，结果果然兵败，随即他又改变战术，乘夜秘撤到锦江南岸与副将刘尚合兵，并力对敌进而转败为胜，公孙述的弟弟公孙恢和女婿史兴也被大司马吴汉、辅威将军臧宫率军杀死。此后，吴汉根据刘秀敌疲再攻的战术，与蜀军战于成都、广都之间，歼灭了公孙述大量有生力量，并兵临成都城下。
建武十二年十一月，臧宫率汉军攻克繁、郫与吴汉会师，一同合围成都。这一日，公孙述看到占卦上说“虏死城下”大喜，认为吴汉等当死城下；于是亲自率领数万人进攻吴汉，又使延岑拒臧宫。于是，汉成两国在成都城前大决战，延岑不负公孙述所望三战三胜；两军从清晨打到日中，军士吃不到粮食都很疲乏，吴汉遂命令壮士突击，公孙述部立刻兵士大乱，公孙述本人胸部中枪坠落马下，左右以车将公孙述救入城内，公孙述把兵权交给延岑，晚上就死了。次日晨，延岑向吴汉投降，吴汉先杀了公孙述的妻子，然后把公孙氏全都杀尽，并把延岑全族也都杀了，接着又纵兵大掠，焚烧公孙述的宫室。刘秀听到消息大怒，谴责吴汉。
至此自新末大乱到天下再次一统，历经近20年的时间，此间百姓伤亡惨重，战死和病饿而死者不计其数，到刘秀再次统一天下之后，天下人口是“十不存二三”。刘叔一阵头疼，天下是打下来了，治国却难了，自从汉武帝罢黜百家独尊儒术后，这百十年百家几乎就快绝了，若用黄老之道，此时恐怕能用的官员都凑不齐，而他的功臣们也大多只懂戎马，不懂如何治国安民。治国就得先提拔合适的官员，于是刘叔借鉴了前汉的制度，颁布了“四科取士”的诏书，四科是选择官吏的德才标准：一是品德高尚，志节清白；二是有知识，是通经的儒士；三是熟悉法令，能够熟练地依法办事；四是有魄力才干，遇事不会犹豫，能独当一面。通过这种制度很快就选拔上来了一批官吏，但刘叔对他们要求非常严格，不仅要求他们严守法度、勤于职守，还经常亲自对他们进行考核，选优汰劣。对违法的官吏，则严加处罚，就是对尚书近臣，只要有过错，也要进行处罚。
没多久，刘叔终于感受到了东岳大帝的难处，人才是真的不够用，能提供帮助的人手也是不够用，于是刘叔开始重视隐居山林、不仕王莽的士人，他认为这些人既熟悉国家制度，懂得治国安民之术，又情操高尚，有较好的声誉，是国家当下最需要的人才。虽然刘叔努力的搜罗四方名士，希望他们能为自己出谋划策，但是毕竟这些人数量有限并且良莠不齐。于是刘叔就找到了他的同窗严子陵，他们又合谋演了一出好戏，“当皇帝刘秀与严子陵同榻休息时，他故意把腿放在刘秀身上，而刘叔却丝毫没有对这种无礼的行为表示不满，任由他一直放下去。到了第二天严子陵依然不愿接受刘秀赐予的官职，于是刘秀亲自送严子陵离开，严子陵回到家乡附近的富春山后，便以种地和钓鱼为生。”
这一千金买骨的举动立刻让刘秀成了人人口中礼贤下士的好皇帝，一时天下名士隐士纷纷出山，各施所能帮助刘叔治理天下。有了治国人才之后，刘叔又头疼了，这人才是有了，官职却不够用了，对于那些功臣又如何是好？是学习刘季的杀呢还是？刘叔想了几天几夜，总算是觉得做人不能昧了良心，自己的本领手段在那，料他们也不敢惹什么大乱。于是为了避免功臣权力过大带来的问题，也为了当年汉高祖刘邦诛杀功臣的那一幕不再发生，刘秀下旨不让功臣掌握实际的权力，并且实行“退功臣，进文臣”的国策，把治理国家的事交给了文臣。为了打消功臣一派的忧虑，刘秀经常和这些功臣见面，小聚一下，让功臣们知道，皇帝一直想着他们。
为了表彰这些功臣的功劳，刘叔还学习封神榜和刘邦谈及功劳论其排位，以当年的修行地云龙山的云做头，自己学习的灵台方寸山的台做尾，设立了云台诸将榜。刘秀和这些功臣在一起，也表现得非常随意，完全像一帮老朋友。有一日，刘叔对功臣诸侯们说：“哥几个，你们说说，要不是天下大乱，而是在一个和平年代，你们今天会是什么样子我先说我，我小时候就喜欢种田、养花草什么的，所以，我现在可能还是一个农民，但生活上应该比较富裕。”高密候邓禹首先接话：“真没看出来，陛下还喜欢弄这些，跟战场上的您相差太远了。我小时候挺爱学习的，估计现在可以当个文学博士吧。”刘秀说：“你别谦虚了，你家世显赫我们都知道，你又这么有才，肯定会有更大的出息。”这话一说开了，其他人也依次回答。
到马武时，马武说：“凭借我的勇猛和高超的武艺，怎么也可以当一个专门提拿盗贼的都督吧。”刘叔笑道：“你可拉倒吧，你不当盗贼就不错了，我估计你最多能和高祖一样，当个享长就不错了。”大家听了哈哈大笑，都说所言极是。那些侍卫在外听见里面的嬉笑都很奇怪：“这帮人在一起这么吵闹，哪像是皇帝和诸侯们干的事儿啊！吾皇有高祖之风，但这和前朝又真不一样啊！”除了经常和功臣们叙旧之外，刘叔还经常赏赐给他们一些奇珍异宝，并根据这些人的不同喜好，利用他皇帝的权力，帮他们弄点东西。比如说马武好武，他特别喜好刀枪棍棒，刘秀收到这样的贡品后，首先想到的就是送给马武。
随着功臣安抚做好了，刘叔又思索如何更快的增加人口，使国力增强，也能满足湿婆大人。于是他下令减轻赋税、解放奴婢、精简地方机构、废除地方兵权、提倡节俭，反对奢侈、倡廉惩贪，严惩贪官并提倡教化为先……