军部作为太平军的总参谋部，不涉民政事，和军事有关的兵官则归军部提领，负责军中将校任免，功绩查叙、军械军饷、粮草辎重重。六官的礼官做为一个和军政、民政都不怎么相干的官职，周士相暂时没想到如何安排那位前崇祯朝礼部主事郭老大人，便叫他先挂个名，领份俸禄，有关礼仪事便找来问问，无事便由他去。
张安、宋英所建的军情司也在秘密扩大，既不由军帅府的民部管，也不由军部管，而是周士相自己直管。
周士相允张安打造情报网的同时，可暗中从军中、民间挑选招募人手加以训练，组建军情司的行动队伍，该力量性质类似锦衣卫，是周士相手中除铁人卫外另一支可随时调动的秘密力量，人员大概在400人左右。
六官委任后，周士相下令各府县除大力屯垦外，还要大力加强养殖业，多养牲畜，如猪、羊、鸡鸭等。此事由民部的农垦、渔牧二司大力进行，各府县务必重视并加大投入。民部定期派员考核，地方官员表现优秀者当予以嘉奖并提拔。
甘蔗也是农业发展的重点之一，将甘蔗提炼出砂糖，再作为商品贩卖给澳门的西洋人，利润也很高。周士相叫香山县选一两乡着手进行规模种植，对种植户先行给予补贴。此外，广东百姓只会用煎熬海水来制造食盐，因此盐的品质很差。周士相为了改良制程而引进淋卤晒盐法，命先在盐田附近挖水沟，使海水淋到沙土上形成盐土，再将从盐土提炼出的盐卤，拿去结晶池经过日晒得到一颗颗的盐粒，以此提升盐的品质。
盐铁一直是封建王朝专营，周士相也不例外，命布政使司下设盐巡司，专门负责盐场及查缉私盐任务。
周士相又纳宋襄公议，于广州设立广东大学堂，为全广东最高学府，各府、州、县设立府学、州学、县学，还要求各乡、村也设小学，方便子弟入学受教育。为了减轻入学儿童家长负担，鼓励他们送子入学，周士相特地规定，凡是子女入学者，其家可免田赋四成。
宋襄公又以布政使司名义规定治下各府县儿童必须七岁入小学，课以布政使司编录课本。三年两试，照科、岁例开试童子。州（县）试有名送府，府试有名送省，省试取中，准入广东大学堂，学制三年，学成再入兵备讲习所一年，仍按月月课。三年取中试者，文补六官、布政使司、各府县内都事，武补队正、卫尉、安军中使，擢用升转。
此策即是科举制，只不过将科举八股取士稍作更改，命学子习由布政司编定，军帅府审定课本，内中多是经世治民务实之识，八股文章仅占两成。广东大学堂和兵备讲习所作为太平军的文、武最高学校，不仅承担学子教习任务，为太平军输送军政人才，更是给予全广东士子读书人的一条出仕之路。