晋王李定国于磨盘山大战清军之时，永历帝再次违背诺言，在马吉翔等人的唆使下慌不择路地进入缅甸避难，此举让晋王李定国心力交瘁，在腾越吐血之后便疾病缠身，无力再指挥对清战事。无奈之下，晋王只能率领本部兵向南撤退，崎岖于云南边境地区。二月，晋王率部到达车里，休整月余之后又转移到孟艮一带。此间，又有不少明军兵马前来与晋王会合，使晋王所部兵力达到三万余人。
由于天子弃国，局势恶化，晋王所部与北方联络通道被清军切断，与朝廷又断了音信，加上磨盘山一战失利，晋王染疾，军心不稳。三月，重病之中的晋王突然命人将广国公贺九义乱棍打死，原因是贺九义的妻子被清军俘获，清方乘机写信要挟贺九义投降。贺九义有些犹豫，既未决定就此降清，但也没有向晋王禀报此事。结果贺九义的部下将此事禀于晋王，晋王判断贺是心怀两端，决定立即将其处死。
贺九义原是孙可望的部将，晋王本就对有他有戒心，加上贺九义部下有近万名官兵，所以为了防止贺九义率部降清，晋王就采取了这一断然措施。贺九义被杖杀后，他的部下深为不满，有将领鼓动贺营官兵鼓噪逃出，结果上万贺营兵一夜之间奔散。
闻听贺营生变后，晋王担心逃出的贺营官兵可能充当清军向导，带清军来袭击，于是，命将孟艮城里房子尽烧，孟艮彝人少壮者掳去，弱幼小的杀了。随后，晋王撤营走景迈、景线，奔巩昌王白文选处，要与白文选合营走木邦缅甸再图兴复。
临行前，晋王又命人杖死亲信文官、吏部侍郎金维新，原因是金维新和马吉翔等人勾结瞒骗于他，导致天子最终弃国出走他邦。金维新死前也是悔恨万分，悔不应该听信马吉翔之言，导致今日天子弃国，局面急转恶化。
晋王还在孟艮时，土知府那嵩等人的反清战事越演越烈，已经影响到了清军对云南的占领和统治。因为平郡王罗可铎和广西提督线国安率军回防北线，清军统帅信郡王多尼便决定以本部兵和吴三桂所部先行镇压各地土官土兵反清，以免这些地方武装的影响到清军对云南的统治。
经与洪承畴商量后，多尼决定由他和固山额真宜尔德带领在滇满军一半留守昆明一带，固山额真卓罗带领另一半满军同吴三桂部往征元江。二月二十六日，清军进抵曲江驿，明总兵许名臣和龙赞扬见清军势大，便撤回元江。三初一日，清军重占石屏州；初九日到达元江，凭借优势兵力将该城包围。那嵩虽曾派兵出城劫营，被清军击退。
吴三桂命降将杨威到城下喊话，声称那嵩只要将郭之奇、高应凤、许名臣等永历朝官缚献，就可以仍旧当元江府土知府。郭之奇、许名臣见清军势大难敌，要求那嵩接受清方要求把自己交给清军处置，换取元江军民的安全。
那嵩毅然回答道：“吾等共事，岂以生死易心乎？”拒绝了吴三桂的要求。
吴三桂见那嵩矢志不移，又写信用箭射入明军营中，号召元江军民捆绑那嵩出降，否则屠城。
那嵩针锋相对地射书城外，备列三桂入关以来罪状，且署其衔曰：“山海关总兵吴三桂开拆”。
此信让吴三桂恼羞成怒，挥军奋力强攻，元江城破。那嵩、那焘父子合家登楼，许名臣等人自杀，高应凤、孙应斗等被俘。大学士郭之奇则趁乱逃出，因南去之路被堵，遂往东边逃奔。
朱由榔、沐天波和其他朝廷随行人员进入缅甸以后到达蛮莫，当地缅甸土官思线前来迎接，永历帝赐给了金牌、缎帛厚礼。黔国公沐天波、华亭侯王惟华、东宫典玺太监李崇实三人头脑还比较清醒，他们认为把朝廷命运完全置于缅甸保护之下，万一缅甸当局态度发生变化，将带来难以预料的后果。
因此，几人经过商议后共同向永历帝提出建议：“此地属缅边，尚未深入。我等若将文武将士一半随大驾入缅，以一半导太子入茶山调度各营，即上在缅地亦有外援可恃。不然，深入夷穴，音耗内外不通，终于生困。”