满城大清门下，对于没能一举攻入满城，周士相有些遗憾。但此事不能怪将士进展缓慢，而是满城有满兵把守，听到内城动静后第一时间便关上了满城各门，致使随后赶到的太平军望门兴叹。
因为内城还未控制，外城也有许多清军，所以周士相传令第十五镇分兵严守满城，切断满城与城外联系，不使城中一人出，也不使城外一人进，以在彻底控制南京内外城之前将满城孤立掉。只要满城里的满兵无法和城外清军会合，城外清军也无法退进满城防守，那么这座只有满州人的孤城最后必然陷落。
太平军的突然进城让城中清军十分恐惧，各门之上不时有火炮声响起，却是守城清军滥放火炮为自己壮胆。驻守聚宝门的清军甚至于还没有看到一个明军杀过来，便将城中所有火炮都打响，一刻也不停，等到真看到太平军出现在城中时，堆放在城上的几千斤火药已经消耗尽一空。
守城清军千总倒也果断，倘若太平军在外面攻城，他倒是能坚持到底，可这太平军早就攻入了城，从城后杀来，他又不是神仙，如何能一下就把所有火炮从另一边挪到这一边来。再加上刚才一通乱发，城上药子打光，就是把炮搬了过去，也是空摆设，伤不了一人。于是这千总立即带人下城门，远处太平军还没杀到，就领着部下们跪倒在地投降了。
朱国治和郎廷佐的大拍马屁葬送的不但是南京城的文武官员，更葬送了南京两万守军的指挥中枢。在守备以上将领多数被杀及太平军已经攻入内城的情况下，城内清军大多选择投降。只少数汉军官佐欲顽抗到底，但是手下士兵却大多不再听令，所谓“兵不能遵也！”
马鹞子王辅臣领所部冲到三山门内三山街，与一支正欲出城的清军撞在一起，双方一通厮杀，清军死伤怠尽。王辅臣部趁势夺取三山门，又分兵秦淮河一路向北挺进，堵截城中逃出清军，斩杀数百，迫降千余人。
南京清军的城防体系已经瓦解，到处一片恐慌混乱。因有公务侥幸没有去正阳门的江宁知府陆大元吓得六神无主，慌忙乘坐4人绿呢舆轿，以壮勇差役数十名为前导，想逃入满城自保。不料，满城上的满兵却拒绝接纳陆大元一行，城上满兵反要他招集人马反击太平军。
陆大元哪有胆量组织人马反击，眼下城中大乱，他能跑到满城下已是天大的幸运。苦苦哀求开门，城上满兵不应。陆大元无奈，只好又逃，可这回那些壮勇差役们却不敢再要知府大人的重赏，将轿子一扔，四下就逃了。陆大元踉踉呛呛逃到小营时，被一队太平军士兵当场抓获。
至晚间，太平军已经控制南京内城全部城门，外城仍有小规模战斗，但已影响不了大局。
周士相下令内城汉人百姓俱在其家门墙画红圈，家中人口之数皆以红圈标明。十人者便画十圈，五人者便画五圈。若有多画少画者，一经查明，俱已通鞑藏鞑之罪处死。
骨头有些吃不消了，先去睡觉。睡醒，继续努力。
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