瓜州水营丢失之后，因受太平军水师威胁，达色、额和克、佟国纲等人不敢在运河东岸驻兵，率部后撤五里多，急向大营报讯。
闻讯，鳌拜大惊失色，一边派快马到扬州行营报讯，一边立即命令仪真江北大营的清军尽出，沿仪真段运河（后世仪扬河）至扬州城南层层布阵。
顺治接到瓜州水营丢失的战报后，亦是又惊又怒，顾不得下旨惩治佟国纲、多弼等战败将领，急令鳌拜不惜一切代价阻止太平军向扬州进犯。
太平军方面，发现运河东岸清军后撤后，周士相不顾将士疲倦，命第五镇连夜抢修浮桥。次日即率第一镇、第五镇、第十三镇、新一、新二五镇38000兵渡过运河向后撤的清军达色部发起进攻。
因水营大败，达色部军心动摇，不敢和太平军硬拼，遂边打边撤，与满州正黄旗固山额真德克素尼率领的五千满蒙骑兵会和于运河沿岸重镇卞家河口。发现清军增援骑兵赶到后，周士相下令各镇暂停进攻，收缩防线，采取守势。另急令第十五镇镇将齐豪和新三镇镇将邵成国率部攻打西边的仪真县城，以切断清军仪真大营和扬州的联络通道。
齐豪和邵成国率部西进之后，却发现仪真方面的清军早已调往扬州城南运河一线，仪真城中只有从山东调来的三千多绿营兵和本地营兵千余据守。经半日猛攻，齐豪、邵成国成功夺取仪真县城，确保了主力部队西侧不会遭到清军进攻。
瓜州水营的丢失及太平军沿运河进军，已迫使清军放弃设在仪真的江北大营，此刻明清双方的主力都云集在运河一线。
鳌拜命达色部调遏制太军东进，自己则调满蒙骑兵两万有余在扬州高桥一带伺机而动。大约七万多清军步兵沿运河层层布防，扬州城内另有两万多清军。
夺取了仪真县城的第十五镇和新三镇相互配合，于十二月九日向扬州方向进军，先后夺取白沙、紫林河，东河等重镇。才上任数天的江北提督周宗元被太平军击毙于东河，消息传出，清军更是大哗。不过随后第十五镇却在扬州城北四十多里的铜山一带遭到清军骑兵阻击，付出两千多伤亡后，第十五镇和新三镇被阻在铜山一线。
十一日，蒙古额真卓立克图他布囊领三千多蒙古骑兵自扬州赶到卞家河口，同时又有六千多清军绿营赶到，使卞家河口一带的清军达到了三万余人。鳌拜在得知太平军被阻在运河后，亦由高桥一带向卞家河口移动。显然，鳌拜决定将决战场地就放在了卞家河口。
德克素尼接管了卞家河口的清军指挥权，他下令各部就地驻营，不许南下和太平军交战。
德克素尼对佟国纲、达色等人道：“卞家河口为运河沿岸重镇，扬州咽喉。周逆兵力今集中在运河一带，其目标定是皇上大营所在的扬州城，所以咱们只要牢牢守住这里，周逆必不能持久。他若强攻，我军以逸待劳，又有鳌拜精兵在侧，必可取胜。”
达色、卓立克图他布囊都赞同这个分析。德克素尼又火速派人通知鳌拜，由施桥至黄家庄、余家渡等地往卞家河口集结。
瓜州水营一战，太平军虽取得大胜，但亦伤亡五千有余，此刻在运河一线的太平军只不到四万人，而清军方面步骑不下十万。无论是兵力还是实力，太平军都没有取胜的把握。全军上下能够欣然用命，毅然向扬州进军，一是瓜州水营的大胜使士气高昂，另外则是周士相在军中的权威。
十二日，周士相策马查看卞家河口的地势。只见这一带除一道运河外，尽是平原，时为冷冬，雨水未至，树木枯干。运河两岸密布树林。周士相看在眼里，心里有了主意，对于世忠、王辅臣、尚可远等将领道：“清军打仗，不到万不得已，满蒙兵从不先战，只叫绿营先战，他们躲在后边营寨里，这一点我们或许可以利用。”
军部官郭雄道：“适才随大帅查看地势，我想卞家河口西边那片干树林，我们得好生用起来。”
“放火。”
于世忠一语点破。
周士相和郭雄都笑起来。周士相点头道：“我们想到一块了。就火烧清军！不过，德克素尼和达色他们再是草包，也会防这一招，得想一个办法诱他们上钩。”