周士相没有回南都，而是在镇江养伤。之前他为了安定军心强撑上马，导致腿伤加重，腿骨也有些移位，故渡江之后，在郎中们的劝阻下，周士相只得暂在镇江休养，免得因颠簸导致右腿落下终生残疾。他没有住在镇江城中，而是选择在镇江北固山上的甘露寺休养。
离开扬州前，周士相颁令委任葛义为江淮经略使，同时组建江北军。
江北军是太平军自讨安南远征军之后的又一个固定军团编制，军团下辖三步兵镇、一骑兵镇。步兵镇于原有三旅编制再新设一炮兵营，每镇有兵10020人。三镇由原第一镇、第三镇丙旅、第十三镇改编扩充而成。其中第一镇军官老卒3500人，补降兵6000余；第三镇丙旅军官老卒900余人，又从第二镇抽调千余官兵，新补降兵六千余人；第十三镇则补4000余降兵。三镇总计补入降兵一万七千人。
补充兵源都是渡江以来在历次战斗中被俘及投降的清军，以绿营和汉军为主。对于降军处置，周士相依如从前要求，严令将不领兵，兵不归将，即原先的清军各级军官（把总以上）全部押到南京及镇江，不能直领本兵于太平军中任职。士兵则分散补入各镇，先由各镇安军使组织进行思想改造，并进行为期十五天的入营训练，之后再由各镇统一分发至卫、队。
押到南京和镇江的清军中高级将领，则进入军事改造班学习，视其能及表现斟酌使用。对于犯下过屠城罪刑的清将（千总以上），且不是反正而是被迫投降的，周士相给下面的意见是一律明正典刑，不得纵容宽大。对于主动反正的清将，周士相给出的意见是愿卸甲者，给予钱财补助，许其归乡。仍愿于军中效命的，则按原官降级使用。降级标准以其反正所立功劳大小定。
如淮安参将陆如龙因反正有功，现安排为江北军第三镇千户，兀儿特、功间色、岳得济等反正两白旗将领则给予北地总兵以下官职（代领），伺将来大军北上收复这些地方后，则予以实领。只因受于形势不得不反正，反正之后寸功未立者，如扬州城中一干汉军绿营将校，则斟酌使用。
补充完毕的第一镇改称江北军第一镇，驻地扬州，镇将由原第十五镇镇将齐豪接任；第三镇丙旅改称江北军第二镇，镇将由原第一镇副将朱庆来升任；第十三镇原先是由从广西招募的狼兵子弟组成，现改称为江北军第三镇，镇将尚可远是清平南藩下旧将；骑兵镇是由反正的两白旗满兵加被俘投降的蒙军、太平军老骑兵数百人组成，共计四千余人，称骑兵第二镇，镇将由新三镇的邵成国接任。