出于战争形势和实际战斗指挥需要，周士相决定组建军一级编制。根据他的要求，军部将从现有各镇中选出10个镇的精锐合编为5个军。每军下辖两镇，一个为纯火器镇，一个为步骑合编镇。各军实际定编战斗人员21000人，非战斗人员（后勤、参谋）2000。
新组建的军编制取消卫一级，由伍、队、营、团、旅、镇六级构成。
一军之将称为军长，以下为镇将、旅校、团长、营官、队正、伍长。军长为都指挥衔（正二品），镇将为指挥使衔（正三品），旅校为指挥同知衔（正四品）、团长为千户衔（正五品）、营官为百户衔（正六品）、队正为总旗衔（正七品）、伍长为总旗衔（正八品）。
各军仍编安军使，军一级安军使称总镇，指挥使衔（正三品），镇以下各级安军使依等降级，镇安军使为指挥同知衔（正四品），旅一级为指挥佥事衔（从四品），团一级千户衔（正五品）、营一级百户衔，队一级为总旗衔。伍一级不设安军使。
除正式确定各级指挥和安军使的职秩品级外，新建的军编制设参谋部，部之长官称参谋长，职衔略低军长和总镇，为从三品衔，负责一军日常训练和战斗指挥及情报搜集判断、军令文书等事。
军参谋部下辖战斗工兵（营编制）、传令特务兵（队编制）、作战参谋室（团编制）三个机构。
除新设参谋部外，军一级增设后勤司，司之长官称辎重官，衔定从四品的指挥佥事，下辖一个负责粮草辎重的运输营。除与军部直接交接粮草军饷事谊外，辎重官还要负责和地方对接，如军营安置、地方交道等事。
除增设参谋部、后勤司、取消卫一级编制外，各军训练和号令方面仍如从前。士兵仍分锐兵（老卒善战者）、选兵（新入军者），如需补充，则由在乡保安队挑选（备兵）。战功评定和晋升方面，暂不变动。
新建的这五个军将是太平军的五大主力，战斗在最前，补充也是最优。在军部提交的方案上，周士相第一次以公文形式明确了士兵退伍安置办法。此办法规定，士兵在军中服役满三年后，若未能晋升军官，则给予退役转乡安置。
因目前太平军治下还没有大规模的工业诞生，即周士相前世所知的国营企业，故而无法提供足够的工作岗位给这些退伍士兵，因此退伍兵的安置暂时只有县乡村的保安队和乡村一级政权的管理岗位可以接收落实。
除了安置外，士兵从军中退伍后，可以一次性领取相当于白银一百五十两的粮票，并且在地方有一定话语权，再结合其入伍后家庭可以得到的军属优待，意味着从今往后，士兵不再是单纯消耗的炮灰，而是一个可以提高改善家庭生活条件的好“工作”。前提是，能够活下来。当然，如果不幸战死，其家属也可以得到一笔数目不小的抚恤金。但，再多的钱都没有活着重要。
在一条条新建军的组建条例中，有一条格外的显眼，也格外的让人动心。这一条便是士兵除了以战功晋升外，还可以通过考取太平军开办的武备学堂转为军官。
士兵退伍后，因为学识有限，大多只能安置在乡村，但军官若是退役，则可以在各级官府任职。如旅校如果退役，可以担任知府，总旗可以担任县令，不过在此之前，他们必须先在相关衙门历练一至三年，通过吏部的考核后方能实任。