努尔哈赤听从了代善的建议，撤销退兵的决定，下令前进，轻取抚顺，明朝游击李永芳投降，攻克玛哈丹、东州等城堡五百余，获人畜三十万，代善身先士卒，奋勇杀敌，再建大功，获得了征讨明朝的第一个大胜仗。
明朝总兵张承荫等率万人来追，代善同四贝勒迎战，努尔哈赤遣使止之，代善奏曰：“彼若待我，我则与战。若不待，是必走矣。当乘势追袭，无使我兵寂然归，致谓我怯也。”努尔哈赤同意了代善的意见，移师入边，破其三营，斩张承荫及副将颇廷相、参将蒲世芳、游击梁汝贵等。
萨尔浒大捷，代善身为前锋，居首功。
1619年（天命四年）正月初二，努尔哈赤统军进攻叶赫，代善奉汗父之命，率将十六员、兵五千，驻扎在夹哈关，防御明兵。
1619年（天命四年）农历二月末，明朝辽东经略杨镐率军共约10万，命兵分四路围剿后金。
努尔哈赤得到明军分路来攻的消息之后，命令诸王贝勒和大臣领兵出发向西迎敌。军队正行进的时候，哨探来报告说：“明军有6万人从清河城出发。”代善说：“清河道路狭隘而且崎岖，不利于急行军，我们应当先抵御从抚顺来的敌军。”
明朝担任主攻的总兵杜松将自己的部队一分为二，以主力驻扎萨尔浒山，自率万人渡河进攻吉林崖。当时吉林崖虽然只有数百名女真兵防守，不过因为吉林崖地势险峻，设施坚固，杜松率队数攻不下。
1619年（天命四年）农历三月初一，代善、四贝勒皇太极等奉努尔哈赤之命，率二旗兵增援吉林崖；努尔哈赤自己亲率六旗兵进攻萨尔浒一带杜松军主力。杜军主力被击溃，伤亡甚众。后金驻吉林崖的守军在代善援军的配合下，也打败了进攻之敌，明军总兵杜松、王宣、赵梦麟等，都在战斗中阵亡。
三月初一的夜里，明朝北路军由马林率领进至尚间崖（在萨尔浒东北），得知杜松军战败，不敢前进，将军队分驻三处就地防御。
代善被命为前线先锋，率军直逼尚间崖，三月初二早晨双方交战。努尔哈赤率领亲卫军及二旗众兵全体离营，登上一个山坡瞭望。努尔哈赤见大明营内军兵与营外军兵汇合，就命令开始跟明军作战。于是代善就从山的左侧，也就是南坡下山到山脚下，命令他的二旗士兵下马准备步战。下马的人才四五十个人，大明军队就从西面来攻上来了。代善对努尔哈赤说：“我应当领兵前进。”随即策马迎敌，直杀入明军的队伍中。诸贝勒与各位率兵的台吉等也紧随代善杀向明军，两军混战，明军败退，进攻的明军被杀大半，斩副将麻岩，马林仅以身免。随即，代善又转战斐芬山，击败明朝潘宗颜部。三月初五，代善又与其他三大贝勒合兵全歼了明朝总兵刘铤的军队于阿布达哩冈，后金国取得了萨尔浒战役的胜利。
明军大败后，许多贝勒都主张杀掉前来为明助战的朝鲜元帅姜弘立等。但代善不赞成，他认为“与南面的明朝相战，不可不与北面的朝鲜相合”。当朝鲜军队元帅姜弘立率领剩余的五千兵下山来投降，因不以后金礼节拜见努尔哈赤，努尔哈赤发怒并欲尽斩朝鲜将卒以后快时，又是代善出面阻止，代善说“阵上和约已指天为誓，若将他们杀掉天所不容”，并建议将朝鲜军队尽数释放回朝鲜国。最后，太祖依代善所言，与朝鲜暂时达成了修好之议。
萨尔浒之战后，后金军乘势攻占开原，1619年（天命四年）农历七月二十五日，代善跟随努尔哈赤进攻铁岭。攻占铁岭城之后，代善率兵进击潜伏于高梁地内的蒙古齐赛贝勒所率领的万余蒙古兵，蒙古兵溃败至辽河，代善大杀其兵于辽河。
代善生擒蒙古贝勒齐赛及其生子色特奇尔、柯希克图二人、扎鲁特图巴克、色本兄弟、科尔沁明安贝勒之子桑噶尔寨等，共贝勒六名，及齐赛贝勒之亲信大臣岱噶尔塔布襄以及大臣十余人，共一百五十人。
1619年（天命四年）农历八月十九日，代善跟随努尔哈赤发兵进攻叶赫。二十二日晨，兵抵叶赫，代善和阿敏、莽古尔泰，领兵攻陷叶赫西城，努尔哈赤攻取东城，叶赫部贝勒叶赫那拉·布扬古（代善妻弟）与其弟布尔杭古遣使请降，并请代善立誓不杀。代善同意，并与布扬古及其母（代善岳母）盟誓，布扬古于是投降（后遭缢杀），布尔杭古贝勒由代善领回自己家中。
虐待儿子，代善被废除即位资格。
1620年（天命五年）三四月间，后金国准备从界藩城迁居萨尔浒城，努尔哈赤视察并指定各贝勒兴建府邸的宅地。代善看到其长子岳托修整好的宅地比自己的好，就先后让莽古尔泰和阿敏为自己请命说自己所居之地狭小，意欲霸占岳托的宅地。
1620年（天命五年）九月初三日，代善次子爱新觉罗·硕托（岳托的同母弟弟）因为无法忍受代善的虐待而突然失踪，有人说其“叛逃”投明朝而去。在还未确定硕托是否叛逃时，代善即一口咬定硕托有叛逃之心；在找到硕托并且其本人明确表示并没有叛逃后，代善还是向努尔哈赤跪下五六次请求斩杀硕托。代善的要求遭到了拒绝，努尔哈赤释放了硕托。
努尔哈赤由此开始调查代善给予两个前妻之子的待遇问题，发现代善之子岳托、硕托所领有的资产均比其他的异母弟弟差。因此努尔哈赤怒斥代善说，你也是前妻的儿子，何不想想我不是对你更亲近吗？你怎么就被后妻蒙蔽得虐待已长大成人的儿子呢？何况我待你一直是特选良好的部民让你专管，你为什么就不能像我一样将优良的部民赐给岳托、硕托呢？
努尔哈赤让岳托、硕托与代善分家，并公开宣布废掉代善的太子之位。
代善被废除嗣位后，于1620年（天命五年）农历九月二十八日，亲手杀掉继妻以向汗父谢罪，努尔哈赤要他与诸弟发誓，今后如再怀恨众贝勒、大臣，甘愿受天地处罚。努尔哈赤宽容了代善。代善尽管被废除了太子位，但仍得为四大贝勒之首，参与治理国政。
代善位列四大贝勒之首。
1621年（天命六年）农历二月，代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极这四大贝勒分月值理政事。
1621年（天命六年）农历三月，代善率领正红旗、镶红旗二旗兵丁，跟随努尔哈赤，攻克沈阳、辽阳，败明朝总兵李秉诚等，代善与其子岳托追四十里，斩获无数。同年农历七月，镇江城（今辽宁九连城）中军陈良策潜通明将毛文龙，令别堡之民诈称兵至，城中惊扰，陈良策乘乱执城守佟养正，杀其子佟丰年并从者六十人，叛投毛文龙。代善奉努尔哈赤之命，和莽古尔泰和督堂阿敦，领兵二千，迁移金州沿海居民于复州。同年农历十一月，代善在银库取银六万六千两，分赐八旗官兵。
1622年（天命七年）农历二月，代善与皇太极率正红旗、镶红旗、正白旗三旗，去义州驻防，斩杀义州拒绝降顺的汉兵三千人，又将右屯卫汉民四千五百五十七丁、八千八百六十四人及马、牛、驴三千余匹（头），驱往金州。同年农历四月，为示友好亲密，金国汗、贝勒与来归的蒙古诸贝勒“结成亲家”，代善的亲家是莽果尔额驸父子、绰尔济、密赛、伊林秦、额布根、伊思阿布和代青之子拜音岱，其蒙古亲家之多，超过阿敏等其他贝勒。他又带领杜度贝勒、济尔哈朗贝勒和扬古利总兵官，率兵一万余，前往广宁换防。
1623年（天命八年）农历二月，代善偕二贝勒阿敏，领兵前往锦州、义州一带，捉拿来此运粮的蒙古兵。同年农历六月，代善奉汗命，和斋桑古等四位贝勒，带兵二万，前往复州镇压汉民起义，获胜后返回。同月，复州复御王炳、永宁监备御李殿魁，分别向代善告密督堂乌尔古岱收受贿物，代善转告汗父努尔哈赤。诸贝勒审理后，拟将乌尔古岱处死，并指责皇太极、德格类、济尔哈朗、岳托四贝勒有过，请努尔哈赤惩治。努尔哈赤痛斥皇太极骄傲愚昧，谕令罚取四位贝勒牛录。农历八月二十日，努尔哈赤下谕，指出诸贝勒都有过错，次日，诸贝勒上书自责。代善上书说：“当初父汗指出我的过错，我不听从，犯了罪，父汗与众弟仍以礼恩养。我若不深切念此爱护，对我的过失，如仅仅伪言追悔，是我的过错，而在心中仍认为我正确，皇天岂能宽恕我？不要忘记我的过失。我每每想起自己的过错，后悔不已。今后我一定要摒弃恶行，勉励自己行善。如若再有过失，我身将遭殃祸。”
拥立皇太极
1626年（天命十一年）农历八月末，努尔哈赤病逝。由于实行汗位继承由八和硕贝勒共同推举制，四大贝勒代善、阿敏、莽古尔泰和皇太极都手握重兵，怀有夺取汗位的打算。
此时，势力较大有条件参加汗位争夺的有三个人：一是代善。因为代善是努尔哈赤第一个大福晋佟佳氏之子，长年统兵作战，军功累累，虽曾被汗父严责革除太子之位，但仍位列四大贝勒之首，辖有正红、镶红二旗，实力强大，而且辅佐父亲治国理政，另外代善还有五个能征惯战的儿子和亲侄子。代善之子岳讬、硕讬、萨哈廉、瓦克达，皆是英勇善战的猛将，很早就披挂甲胄，带领士卒，冲锋陷阵，屡败敌兵。岳讬、萨哈廉更是能文能武，聪明过人，善于从大局出发来处理军政大事，都是不得多得的人才。褚英被斩以后，他的儿子杜度一直跟随叔叔代善，唯其马首是瞻。杜度本人更是转战四方，屡建军功，掌管镶白旗。代善、岳托、硕讬、萨哈廉、杜度还是代表后金国对外交涉的“十固山执政贝勒”成员。掐指算来，代善的实力最为强大，最有可能争取到汗位，因为代善系统的人丁最多，执政贝勒最多，其他贝勒难以与他抗衡。
四贝勒皇太极也具有很强大的竞争实力。四贝勒皇太极智勇双全，机警聪睿，而且善用权术，最重要的是他功勋卓著，是一位能争惯战的皇子，皇太极还是正白旗的旗主贝勒，天命五年以后深受汗父宠爱，岳讬、济尔哈朗、斋桑古（阿敏之弟）、德格类等贝勒，以及赫舍里·额尔德尼巴克什、都堂乌尔古岱等八旗高级官将，都与他关系密切，也曾誓言愿意为皇太极效劳。
另外，同处后金国四大贝勒之一的二贝勒阿敏，也是虎视眈眈。但因他只是努尔哈赤的侄子，照理说是不能继承汗位的，但他身为镶蓝旗旗主，又在建立后金国过程中南征北战，屡建功勋，因此说后金国的建立，他也起了很大的作用，加之他的弟弟斋桑古和济尔哈朗，也是统兵辖民的“执政贝勒”，势力也不小，而且此人素有割据地区自为国主的想法，是不大愿意屈居诸弟之下的。三贝勒莽古尔泰是努尔哈赤第二个大福晋富察氏之子，虽因生母被汗父休离而在政治上受到严重影响，但他是正蓝旗旗主，同母之弟德格类也是有权有势的“执政贝勒”，他生性鲁莽，爱生事端，也有争当国君的愿望。
关键时刻，岳托协同三弟萨哈璘劝代善拥立皇太极。代善放弃自己登位，转而接受岳托等人的安排。因为代善心中很明白，他的势力最强，他的威望最高，他的年龄最大，他是努尔哈赤第一个大福晋所生的唯一皇子（兄长褚英已死），他是最有可能继承父位登基为汗的，其他贝勒不会也不敢起来反对。但是，他对几个弟弟的性格、抱负、才干、势力和当时的国情，也同样是十分清楚，深悉这个新汗肩负的担子之重。他知道，阿敏素有野心，莽古尔泰桀骜不驯，皇太极胸怀大志，阿济格刚强好斗，多尔衮虽小，也不愿甘为人下，何况还有汗父宣布确定的八和硕贝勒共治国政制，自己没有力量把他们制服，使他们如同汗父在世那样听从国主的管辖。而且，半年前兵败于宁远城下，士气不振，汗父晚年的弊政又激起辽民强烈反抗。周围四面皆敌，明辽东巡抚袁崇焕利用宁远大捷，广修城池，训练士卒，欲图乘机收复失地。蒙古察哈尔部林丹汗也跃跃欲试，准备联明反金。朝鲜更是久欲助明反击，支持明平辽总兵官毛文龙。这种内外交困的艰难重任，代善是担当不起的。这一点，代善内心十分清楚，他的左右手岳讬、萨哈廉也非常明白。
代善在翌日向大贝勒阿敏、莽古尔泰及贝勒阿巴泰、德格类、济尔哈朗、阿济格、多尔衮、多铎、杜度、硕托、豪格等提议立四贝勒皇太极为汗，以八和硕贝勒共同推举的形式拥立了新汗。
皇太极执政初期代善协助有功。
皇太极继位为汗之后，与十四位贝勒议定君臣之间的礼仪，并且盟誓昭告天地。誓词赋予代善与阿敏、莽古尔泰三位大贝勒教训子弟的特权，他们对阿巴泰、阿济格等十一位“子弟贝勒”，有管教之权、辖束之权，如果这些贝勒藐视代善三人，则将短命而亡。
1626年（天命十一年）农历十月初，代善和阿敏等八位贝勒，率精兵一万，往攻蒙古喀尔喀扎鲁特部，生擒巴克贝勒父子及喇什希布、戴青、桑噶尔寨等十四贝勒，斩鄂尔塞图贝勒，俘获其子女人民牲畜之后返回。
1627年（天聪元年）正月初一，后金国举行新年朝贺仪式，皇太极居中，代善与阿敏、莽古尔泰分坐其左右，四人并肩端坐殿上，接受群臣叩拜。五月，与阿敏、硕托率正红、镶红、镶蓝三旗兵征明，攻锦州，直逼宁远城，斩杀无数，因夏天炎热班师。
1629年（天聪三年）农历十一月，皇太极亲率大军征明，入洪山口，克遵化，直趋北京。明朝总兵满桂、侯世禄以兵来援，至德胜门。代善领兵进击败之，追至隘口，掩杀甚众。十二月，攻克良乡，破明军于永定门南。随皇太极率护军炮手五百侦查蓟州形势，代善先发，遇上明朝山海关步兵五千来援蓟州，距城二里许，两军相遇，明军不敢入城，遂立营，环立车盾枪炮。代善率左翼四旗护军攻其东，破之。
受到猜忌，晚年压抑。
1635年（天聪九年）农历九月，因为代善私自设宴款待，并馈赠财帛给怨恨皇太极的姐姐哈达公主，皇太极登门责问代善是何居心。之后，皇太极召集诸贝勒大臣会议，罗列代善一系列罪名，并予以当面斥责：“古往今来，无论强大的君主，幼小的君主，拥戴为君的，都是君主。既为君主，就要一统制令，怎能不分轻重？而今，正红旗（代善所统）贝勒等轻视君主之处太多。大贝勒以前随我征伐明国，违背众贝勒意愿欲中途回军。出征察哈尔时，又固执欲回。此外，赏罚不公，偏袒本旗。我喜欢的人，他讨厌，我厌恶的人，他喜欢，这不是离间相互关系吗？”
皇太极在历数代善罪状后，宣布闭宫不出，要众贝勒另选他人为君。于是众贝勒集议，给代善定罪，并跪请皇太极亲政。众贝勒一致谴责代善蔑视汗王的行为，拟革去大贝勒，并削和硕贝勒职，夺去十牛录人口。皇太极给予从宽处理，免革贝勒职，免夺十牛录人口。代善被责以后，克制退让，自居臣僚。
1635年（天聪九年）农历十二月，代善和诸贝勒再三劝进，拥戴皇太极为帝。当皇太极要诸贝勒立誓以表忠心时，因为代善年迈，命令他可以免去立誓，代善却坚请参与盟誓。经皇太极同意后，代善对天立誓说：“代善誓告天地，自今以后，若不克守忠贞，殚心竭力，而言与行违，又或如莽古尔泰、德格类谋逆作乱者，天地谴之，让代善不得善终。“
1636年（崇德元年）农历四月，皇太极即皇帝位，建国号为大清，改元崇德。册封大贝勒代善为和硕礼亲王，其子岳讬为和硕成亲王，世袭罔替
1643年（崇德八年）农历八月九日晚，皇太极突然驾崩。最有可能的继承人豪格已死，和硕睿亲王多尔衮便无可争议，他拥有自己的正白旗和弟弟多铎的镶白旗，人马众多，因长期受到皇太极的宠待，还得到了不少老臣的支持，所以势力相当强大。
皇太极死后的第五天，即农历八月十四日，多尔衮召集议政王会议，共同议立多尔衮为皇帝。
多尔衮排斥代善，代善又年事已高，代善除了任议政大臣，无其他职位，基本上不上朝，赋闲在家。