魏军见晋军布阵完毕，也列队向前，统帅长孙嵩亲率三万名骑兵在队列后面助阵。前面的步兵从四面八方向晋军发起冲锋。晋军的强弩射击连弩齐发，魏军的进攻部队一排一排的倒下，后面的步兵又踩着前面的尸体，继续冲锋，骑兵部队在后面挥舞战刀，呐喊助威。
眼看着敌军进逼阵前，朱超石使出早已准备好的秘密武器――几百把大锤和上千支长，把折断成七八尺长，前面一甲兵持瞄准，后面的“炮”兵用大锤猛击机关，强弩发射，一就刺穿三四人的胸膛，强大的冲击，把贯穿尸身的长像一串串糖葫芦似的在空中飞舞，血肉横飞。
面对这样的新式武器，魏兵不能抵挡，一时溃败，死者相积。朱超石冲向前，斩杀了魏军前敌将军阿薄干，魏军退回到畔城，朱超石命令宁朔将军胡藩，宁远将军刘荣祖乘胜追击，攻破畔城，杀获上千人。魏一溃数百里，死伤上万。
前线失利的消息传到平城，拓跋嗣这才意识到晋军果然勇猛善战，悔不该当初没听崔浩的话，急忙向崔浩道歉。皇帝害怕晋军挥戈北上，找崔浩商量应对的办法。
崔浩安慰拓跋嗣：“圣上放心，刘裕此举只是惩罚性的行动，他的目标是姚泓，再不会继续北上了。”
拓跋嗣不放心地问：“那么，刘裕讨伐姚泓，果然能克服吗？”
崔浩肯定地说：“肯定能”。拓跋嗣又问：“爱卿怎么能这么肯定呢？”崔浩说：“当年姚兴好虚名而少实用，儿子泓懦弱多病，兄弟纷争，内部混乱。刘裕乘其危而攻之，兵精将勇，怎么可能不克服？”
拓跋嗣又问：“刘裕的才干和慕容垂相比怎样？”
崔浩说：“刘裕的才能比慕容垂强多了。慕容垂凭借的是父兄之资，所以能够修复旧业；国人归来依附，如夜虫就火似的扑来，稍加努力，很容易建功立业。刘裕就不同了，他起于寒微，无尺土之地可凭借，全凭个人的聪明才智，讨灭桓玄，兴复晋室，北擒慕容超，南枭卢循，所向无前，若无过人的才能和胆识，怎么能达到如此境界。”
拓跋嗣此时的投机心理膨胀，想乘刘裕伐秦的时候获渔人之利，就又问崔浩：“刘裕既已攻入潼关，一时不能回师，我军若以精骑直捣彭城（今江苏徐州）、寿春（今安微寿春），刘裕的精锐部队全部在秦川，首尾不能相顾，他又会采取怎样的措施呢？”
崔浩听说拓跋嗣又想出兵讨伐汉室江山东晋，就急忙劝阻说：“今我国西有屈丐（即西夏，赫连勃勃），不时骚扰；北有柔然，蠢蠢欲动；陛下又不能御驾亲征，虽然手中有精兵，却没有良将。长孙嵩长于治国，短于用兵，自然不是刘裕的对手。我们不如就这样安静地等待，不久，时局必然会发生变化。以微臣之见，刘裕克服后秦以后，必不会在长安久待，而会急急忙忙地回师建康（今南京），篡主自立。那时，秦地终会为我国所得，让我们坐而守之吧。”
拓跋嗣听了十分高兴，两人畅谈到深夜，毫无倦意。临走时，明元帝赐给崔浩御酒十觚，水晶盐一两，赞赏说：“朕品尝卿的话，就如同品尝这晶盐、美酒，所以朕与卿要共赏美味。”
明元帝依据崔浩的建议，命令前线部队各自退回自己的防区，不再向晋军发起挑战，也不再去理会秦晋之战，而是放心地着手治理国内，将原三部划分为六部，分别是天地东西南北，派有名望的王公大臣分别担任六部大人，分权自治，成为国家六郡的雏形。
刘裕攻占后秦都城长安后，以儿子刘义真留守秦地，自己匆匆忙忙赶回建康，不久篡位，晋恭帝司马德文禅位与刘裕，建立宋国。拓跋嗣听讯后，再次称赞崔浩有先见之明。