第十九学区地下，有一处深埋地下近百米的实验室建筑群。在这里，曾经进行了大量的超能力开发试验。在学园都市还没有建立的时候，超能力开发还不为普通人所接受。所以实验的场所必须深深的埋藏在地下，避免被普通人发现。
后来等到亚雷斯塔・克劳利正式的和日本政府签订了协议后，学园都市破土动工，超能力试验也变得公开起来，而这个地方也就渐渐的被人们遗忘。
直到后来，这里成为大量被遗弃的超能力者处置场所。
超能力开发有失败的风险，而一旦失败，结果将会是不可逆转的。为了掩饰这一切，所有超能力开发失败的人都会以各种各样的理由消失。然后他们的身体则会被保存在这个地下实验室建筑群内成为研究样本。
而借助这些已经成为了植物人的超能力者进行广泛的人体试验，有一个部门在这里开发出了能力体结晶，最后在阴差阳错之下，制造出超越人类想象的思考结晶体-贤者之石。
但是在亚雷斯塔・克劳利的故意掩盖下，这项技术被掩埋进了历史的垃圾堆中，无人知晓。
而这个地下实验室也处于半废弃状态。
不过最近一段时间，这里迎接了一位新的客人。
他就是垣根帝督！这位曾经的学园都市排名第二的超能力者因为遭受了无法恢复的重创，所以被送到了这个地下研究所内。
这些研究员将垣根帝督的身体放入培养槽内，使用营养液维持他的生命活动，然后利用电流刺激来激活他的超能力，让垣根帝督成为了未元物质的产生器。
一开始，这项计划进行的非常顺利，依靠这种间接操控，他们让垣根帝督制造出了大量具有特殊性质的材料。
这些材料对于学园都市的科技开发具有重大的作用。
不过渐渐的，事情出现了变故。原本已经彻底昏迷丧失意识的垣根帝督居然苏醒了过来，发现自己成为了无法行动的瘫痪病人，而且自己的身体还在外面那些研究人员的控制下不停的制造着未元物质，垣根帝督愤怒了。他们这些研究员完全不把垣根帝督当人，而是将他成了一个制造机器。
愤怒，失望，各种情绪五味杂陈，垣根帝督的内心开始向黑暗的深渊滑去，他仇视那个将他打成重伤的女子，他更对学园都市的背叛痛恨不已。自己是为了学园都市，为了理事长亚雷斯塔・克劳利的命令而战斗的。结果却莫名的成为了一名弃子，甚至连最基本的人权都被剥夺了。现在的他只是一个物品罢了。
愤怒的垣根帝督诅咒这这个世界，诅咒着学园都市。
在垣根帝督的恶毒的诅咒中，有一天，事情出现了转机。一个莫名的声音出现在他的耳边，在他的心底喃喃低语。
就从那一天开始，垣根帝督掌握了将未元物质转化为自己身体一部分的方法，他使用这个方法重新修复了自己已经彻底粉碎的肋骨，恢复了自己的四肢，让他重新站了起来。
破关而出的垣根帝督带着仇恨血洗了整个地下研究室，并盗用了学园都市的机械甲虫设计，使用未元物质大批量制造这种机械甲虫来进行复仇！