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上次说到刘裕平灭了“孙恩民变”，而就在刘裕为东晋政府抛头颅洒热血时，东晋政府的内斗也达到了白热化。
东晋当时的皇帝是司马德宗，史书记载司马德宗是个弱智，吃饭喝水都不能自理，大权自然旁落。国家的实际控制人是司马德宗的亲叔叔司马道子，以及司马道子的儿子司马元显。不过司马道子父子也不是一手遮天，盘踞在长江中游的荆州州长桓玄就和司马道子父子不对付。这个桓玄的老爸就是历史上那个说出“不能流芳百世，也要遗臭万年”的鼎鼎有名的大人物桓温，曾经出任东晋政府的大司马，还差一点篡夺了东晋的江山。桓玄虽然没有老爸桓温的能力和气魄，但篡位的野心可是比他老爸有过之而无不及。
桓玄和司马元显都想攫取东晋帝国的绝对权力，惨烈的政治斗争不可避免，最终只能靠内战来解决。公元402年，司马元显以皇帝司马德宗名义下诏书宣布桓玄的罪状，任命司马元显为骠骑大将军，全国剿总司令，征讨桓玄。并任命刘牢之为前将军，担任前锋大都督，率领“北府军”，一起讨伐桓玄。司马元显算盘打得不错，和蒋介石用地方军阀打击另一个地方军阀的思路如出一辙。
刘裕当时就是一个武将，没太多想法，向刘牢之请战，决心一举平灭桓玄，护卫皇家。但此时刘牢之的心态却起了变化，刘牢之其实和桓玄一样，都是地方实力派，司马元显借助刘牢之之手平灭桓玄，让刘牢之起了“兔死狐悲，唇亡齿寒”之心。刘牢之儿子刘敬宣劝刘牢之提防桓玄，说桓玄就是当代的董卓。结果刘牢之冲儿子咆哮道：“你说的那些普通常识，我难道不知道。击败桓玄当然不难，只是平灭桓玄之后，叫我如何对付司马元显？”最终，刘牢之在桓玄和司马元显这两个政治势力中选择投靠桓玄，并秘密派刘敬宣晋见桓玄投降。
刘牢之的阵前倒戈让司马元显措手不及，军队瞬间崩溃，司马元显被桓玄抓住后毫无悬念地砍了头，政治斗争就是这样，不是你死就是我死，没有第三个方案。桓玄当即被皇帝任命为丞相，全国各军区总司令等一系列职位，完全替代司马元显，当了东晋帝国的实际控制人。
桓玄一坐稳位置，就拿刘牢之开刀了，让刘牢之担任会稽郡郡长（浙江绍兴），以期把刘牢之调离“北府军”驻地京口。刘牢之既惊又怒道：“一开始就夺我兵权，大祸就要到来了吗？”并找刘裕商量：“我想北上和广陵的高雅之汇合，起兵反抗桓玄，你能跟我一起去吗？”刘裕说到：“将军率数万精锐投降桓玄，如今他名望以达巅峰，声威震动天下，我们无论如何也和他不能抗衡。如果将军执意要去，我当脱下军装，返回京口做我的老百姓。”刘牢之的外甥何无忌问刘裕：“我怎么办？”刘裕建议道：“依我观察，你舅父难逃桓玄毒手，你不妨跟我回京口，如果桓玄尊奉皇室，我们就侍奉他，不然，我们再从长计议。”
刘牢之决心叛变，但手下将领大多不愿跟随刘牢之反叛，刘牢之知道自己已经对军队失去了控制，担心反叛密谋已经被桓玄知晓，于是逃亡，并在逃亡途中精神崩溃而上吊自杀。