西少林趁机恢复元气，并在十八年前出现了一位高僧，名叫神行，率领西少林的僧众赶走了黄教的僧人，而且还将其他三教的喇嘛打跑了，从此脱离黄教的控制，大有恢复往日荣光的风貌。
至于南少林，先后出现了几位高僧，渐渐摆脱了少林派的影响。
距今一百五十多年前，少林派有一位大师，名叫智海，奉少林掌门之命，到福建与当时的少林下院院主洽谈两个少林的事。
本来两个少林之间，有着极大的渊源，南少林的住持认为武林中只有一个少林派，那就是北少林，他也乐意将南少林重归少林派的领导。
然而正当两位大师相谈甚欢之际，有一个自称少林派僧人的高手，突然来到了南少林，说要见智海大师。
智海大师才刚见了那个僧人，就被那个僧人突施杀手，暗算重伤。
虽然那个假僧人被抓了，但他死也不肯说出指示他的人是谁，只说是为了报仇。
几个月后，南少林的住持亲自送伤势未愈的智海大师回北少林。
结果两人加上随行的二十三个武僧，被人伏击，除了南少林住持之外，包括智海大师在内的其他僧人，全都战死。
而南少林住持回到南少林以后，不久也死了。
从此以后，北少林与南少林就有了隔膜。
无论南少林的僧人怎么解释，北少林的僧人都不相信，总以为智海大师的死，跟南少林有关系。
三十年后，南少林出了一位俗家弟子，名叫志。
此人武功之高，可以说是南少林数百年来的第一人。
他奉南少林宗主之命，去跟少林派的僧人重归于好。
然而志到了少林派以后，却遭到了冷遇。
志一气之下，就离开了少林派。
然而他刚离开登封没多远，就被少林派的一大群僧人赶来围住，说他杀了少林派的一位高僧，要他回少林派听候发落。
志听后，火冒三丈，与那些僧人发出口角，继而演变成武斗，当场打伤了二十多个僧人。
这么一来，少林派的人更不会放过他了。
一来二去，少林派出动了不少高手，甚至还动用了少林十八罗汉阵。
结果志不但破掉了十八罗汉阵，而且还找上了少林派的掌门。
两人大战了三天三夜，最终志胜出，离开了少林派。
南北少林原本就有隔膜，从这以后，更是互不往来。
志后来出家为僧，法名为至德，将南少林的住持或者宗主，改名为方丈，正式形成了南少林，也得到了众多武林人士的公认。
不过南少林与少林派之间始终有着极深的关系，近百年来，有人想要对付少林派，也不得不考虑南少林会不会出手的问题。