他的第二把火烧向了自己的直属领地。裕勒都斯、叉力失、库车这三个府，老父亲已经改革完毕，设了知府、知县等官，无需再改。剩下的便是直属牧地了。他将自己的直属牧地划分为五个鄂托克，实行军政分离，以千户长专管军事，宰桑专管民政，德木齐管司法，收楞额管税收。最大的特色便是在鄂托克内増设千户长一职掌军，取消了宰桑的军权；其次，德木齐、收楞额等属官，虽然仍为宰桑属官，却由吏部考核任命。这便大大加强了中央集权。
第三把火按说应该烧向辉特部内的鄂罗哩克、纳木占、阿勒达尔、额尔克等台吉。在各自的鄂托克内，他们既担任着宰桑，又掌管着军事，还可以任命德木齐、收楞额等属官，权力太大，容易尾大不掉！
可真要动手时，苏勒坦却犹豫了。这些台吉可不好惹，逼急了是要率兵造反的。思来想去，决定温水煮青蛙、慢慢来，仍让他们兼任宰桑、千户长二职，只将鄂托克内的税收权、司法权收回。规定鄂托克内的司法官（德木齐）、收税官（收楞额）不再由宰桑任免，而是由吏部任免。为了安抚这些诺颜，又规定这些台吉可以世代担任各自鄂托克的宰桑、千户长二职。
忙完这些，便开始完善军制。军队是苏勒坦的命根子，一定要改革，使其适应战争的需要。如今的卫拉特军制，仍然维持着成吉思汗时代的老传统。军队多由各爱玛克、鄂托克的诺颜们在战时临时征召。因为缺少常备军，所以军队的训练不足。好在蒙古勇士自幼在马背上长大，他们的勇猛彪悍弥补了训练不足的缺点。
征服了叉力失、库车二府，又荡平了内乱，如今自己的属民达到了三十多万，是时候建立一支常备军巩固统治了。有兵才能做王嘛！
苏勒坦的剑眉微颤，下定了决心。
他宣布建立一支一万人的禁卫军，驻守各处要地。十人为什，设十户长；三什为队，设三十户长、副三十户长；三队百人为哨，设百户长、副百户长、哨镇抚（军纪官）；三哨为总，设都百户、副都百户、总镇抚；三总千人为营，设千户长、副千户长、营镇抚；三营为旗，设都千户、副都千户、镇抚使、粮秣转运使（六品，管文书辎重）；三旗万人为镇，设万户长、副万户长、都镇抚使、都粮秣转运使。
为了增加蒙古人的认同感，他以成吉思汗的“怯薛军”来为这支禁卫军命名，并自任怯薛军万户长。在裕勒都斯府驻扎了八千人，叉力失、库车各驻扎千人。
又在裕勒都斯府编练一千步兵，在叉力失、库车各编练三千步兵，每鄂托克编练一百骑兵，这些地方军队，军饷比禁卫军低，人数大约八千，统称为“守备军”，各设守备管辖。
忙完这些，苏勒坦大台吉总算初步完成了在辉特部内部的中央集权，巩固了自己的大台吉之位。野心勃勃的他，每日秣马励兵，准备着征服世界。