经此一事，群臣不再弹劾魏忠贤，而是开始挤压阉党在朝堂中的生存空间。
凡是弹劾厂卫中人，皇帝一概留中不发，唯有阉党在朝堂为官者，皇帝才会理会。一来二去，群臣摸清了皇帝的心思，于是到了九月底，魏忠贤在朝堂和军中辛辛苦苦建立起来的阉党势力，被彻底拔除。
但他东厂根基，却丝毫未动。
十月初一，帝选丁白缨为后。
十月初九，江南民变，帝启用孙传庭，派其弹压民乱，安抚江南。
十一月十五，魏忠贤归京，押送抄家缴没所得白银一千六百万两，古玩珍宝多不胜数。
十一月十六，帝训斥魏忠贤办事不利，已至激起民变，免其爵位，罚俸一年，责令其思过悔罪。并杀王体乾以谢江南，以安民心。
十一月二十三，帝擢升孙传庭为江南总督。
此时，朝堂之上已形成浙党、楚党、吴党等多方势力角逐之局面，锦衣卫和东厂彻底分离开来，锦衣卫指挥佥事裴纶当场训斥魏忠贤之举，亦传遍天下。
但这并不代表着魏忠贤自此失势，东厂依然是一个庞然大物，只是东厂的势力，从朝堂和边军中，彻底缩了回来。
十二月初五，帝大婚，丁白缨封后。
崇祯元年一月，内阁次辅徐光启进献《农政全书》及《火攻要略》《制火药法》等著述，并进献甘薯，帝如获至宝，大悦。命其全力督造火炮之事，启用大批外国传教士入火器铸造局为大匠，不吝重银赏赐。并命户部在陕西、山东一带，推广甘薯种植。
同月，丁后有孕，帝开恩科，广取天下士。
五月，陕西全境灾荒不断，发生了严重的干旱和虫灾，禾苗枯焦，饿殍遍野。
陕西巡按马懋才上奏《备陈大饥疏》，云“黄埃赤地，乡乡几断人烟；白骨青磷，夜夜似闻鬼哭……”
六月，府谷王嘉胤、王自用暴动，攻占黄龙山。接着宜川王左挂、安塞高迎祥、洛川张存孟、延川王和尚、汉南王大梁等响应，高呼“与其坐而饥死，何不盗而死！”
民乱很快呈燎原之势，战火燃遍了陕西全境！
帝启用卢象升为陕西总督，拨款白银三百万两，命其全力赈灾，弹压民变，首恶者杀无赦。
九月，陕西大捷，高迎祥、王嘉胤、王自用等暴民首领，皆战死于乱军之中。
十二月，金人寇边关，孙承宗以袁崇焕、满桂、祖大寿等人为将，拒敌于宁远城外，此战由于孙承宗的谨慎和犹豫，错失挫敌良机。帝闻之，斥责孙承宗，提议在内阁外另设军机处，遭百官反对而无果。
崇祯二年元月初八，丁皇后诞下皇子，取名朱慈恒，举国同庆。
同年四月，张献忠在定边县聚集十八寨农民发动民变，自号“八大王”。李自成在米脂县响应，一时，陕西战事再起，二者一路裹挟流民，聚众三万。
帝大怒，卢象升身为陕西总督，没能第一时间做出反应，此为其一，奏折经内阁层层上报，错失最佳剿灭民乱时机，此为其二，内阁首辅严佩韦不知兵事，未能重视，此为其三，帝令严佩韦致仕，再提设立军机处一事，无人敢反对。