孙承宗入阁的第一件是就是向朱由校递上了一份奏折，是阐述近两个月来协理三大营营务时发现的的弊端及到任后的整治措施。
骆思恭虽然是主政三大营营务，孙承宗是协理，但骆思恭心里明白，孙承宗比他更懂军事，何况他是帝师，内阁阁臣下来的，这么高级的官员早晚还会回到内阁，他们俩共事这么久，不仅友谊深厚，而且骆思恭十分的谦让孙承宗，他知道自己的才能不及他，所以，孙承宗一到任，他就躲到幕后落的逍遥自在，让孙承宗一人主管了三大营营务。孙承宗也不计较，全权整顿了营务。
在近两个月的时间，孙承宗雷厉风行，首先查实了兵员实额，惩治了一些贪将，视察兵营军械，将八名锦衣卫分配到兵营中，考查士兵，淘汰老弱之兵，补充青壮，修武备，整肃军纪，短短时间已经是焕然一新，目前新兵仍在招募中，主要招募对象集中在流落京畿附近的逃荒流民。
朱由校大加赞赏了孙承宗的治军之策，在流民中招募青壮入伍，一定程度上缓解了社会治安的压力，同时也打破了一种制度，那就是军籍的世袭制度，这样不仅可以招募青壮入伍提高了军队的战斗力，也逐渐为朱由校下一步的改革打开了一个缺口。
不过，让朱由校隐隐忧患起来，有流民就说明有天灾、有人祸，有农民没地种，吃不上饭才逃荒到京畿附近。
朱由校不禁感叹起来：国家离富强还有很远的道路要走啊！
朱由校只知道明军三大营是皇帝禁军，分别是五军营、三千营和神机营，至于具体事务就不得而知了。朱由校向孙承宗垂问三大营具体的区别，孙承宗一一道来，朱由校才算明白，三大营只是统称，五军营分为中军、左﹑右掖和左﹑右哨，还有掌随驾马队官军的十二营，掌操练上直叉刀手及京卫步队官军的围子手营，以及幼官舍人殚忠﹑效义诸营都属五军营；神机营，其下亦分中军、左﹑右掖、左﹑右哨。中军分设四司，掖﹑哨各分设三司，掌铳﹑炮等项火器，三千营均为骑兵，人数不多，不过四五千人。
朱由校听的一塌糊涂，倒不是因为营务复杂，而是这些番号听起来别扭，什么左右掖，幼官舍人殚忠﹑效义，记不住不说，听也听不懂。等孙承宗说完，朱由校不知下面到底分为多少个营，也不知人数多少，如何统计，于是大手一挥，改组京师三大营。三大营各设都统一人，副都统两人，五步营下设十二营，每营按照数字编号，其它各司一并裁撤，每营设满编万人，设万户、千户、百户统管，神机营、三千营按此例改制，三千营改为“骑兵营”，“三千营”即使骑兵部队，叫“三千营”听着太别扭。
另外成立宪兵营，负责三大营营务纠劾不法等事务，军中执法权一并归于宪兵营，宪兵营直属皇帝管辖。宪兵营由锦衣卫选派充任。三大营主政也不叫“总督京营戎政”，就叫“京营总督”。
朱由校的这次改组三大营，初步建立了具有现代军队编制的雏形，毕竟生活在前世的他对古代的军队编制很模糊，不如现代加古代相互融合的建制，技能起到改革的作用，也不至于让太多人的反对。最重要的是成立宪兵营，目的是加强军队的监督与执法权，形同军中锦衣卫，代行监军职责，以便牢固控制兵权，防止军官拥兵自重和军士不法，重要事务直接呈报皇帝，闲杂琐事由京营总督处理。
朱由校拟定完章程，交由孙承宗，命他与骆思恭一并处理，务必在半年内完成三大营的改组。
这是一场轰轰烈烈的军事改革，也是首次在禁军中改组，朱由校十分重视，再三叮嘱孙承宗要
孙承宗叩首领命，又言，军中军械不备，尤其神机营，“火枪”经改进远比原先的“鸟铳”好用的多，不仅射程远、精度高，而且是火镰扣击，比“火绳枪”更先进，在阴雨天气下不怕灭火，仍可发射，徐光启带来的“红夷大炮”也比铁炮威力大的多，只是“红夷大炮”数量太少，只有三十门，“火枪”一千支，弹药配备只够训练之用，战时不足，原先拨给赵忠南的三十万两已经花完，希望皇上能拨款打造大炮和制造火枪弹药。
朱由校听到孙承宗的汇报，也黯然心忧起来，早在他登基的时候就想到将这些新式武器快点装备部队，尤其是神机营，这是火器部队，在当今世界算是武装最先进的部队了。朱由校是一百个心思想将这些最先进的武器装备起来，只是当前国库没钱，就万历皇帝留下的那点内库的几百万两银子，登基短短四个月就花去了一半，还免去全国一年的赋税，现在能征收上来的只有可怜巴巴的商税，可商税太低了，一年不过十几万两，根本可以忽略不计！这种形势下哪还敢乱花钱？！就这么点压箱底的钱他是真舍不得花。可三大营已经重整，需要的经费绝对少不了，新式武器造价又这么贵，朱由校真是巧妇难为无米之炊啊！
军队没武器就是一群有蛮力的打手，只有有了武器才是军队。朱由校犹豫许久，在看看眼巴巴渴望他给个答复的孙承宗，朱由校一狠心，得！再穷不能穷军队！一拍桌子，咬着牙道：“着户部拨给二十万两，内库再拨二十万两，用于三大营改制，制造新式火炮、再打造一批火枪，配备充足弹药，加强士兵训练。”
孙承宗大喜，叩头谢恩，美滋滋的，一个多月的疲劳一扫而散，高兴的拿着圣旨去户部和内廷领钱去了。
朱由校哀叹，当前最需要解决的是财政问题，只要国库充盈，一切问题都可迎刃而解，如今内阁首辅是孙承宗，朝中又走了几个官员，新政的推行阻碍将会减少不少。朱由校感到时机就快成熟了，就差最后一击了。
不久，消失近两个月的宗二秘密觐见了朱由校，手中拿着一个木质锦盒呈给他。
朱由校打开盒子，里面整整齐齐的放着一堆小册子。朱由校随手拿了一本册子翻开看看，里面密密麻麻的记录着朝中某个大臣的劣迹，贪污纳贿，蝇营狗苟的一些不为人知的肮脏之事全记在这本小册子上。朱由校又一一翻开来看，真是越看越愤慨，越看血管越是喷张，想不到这一群看似道貌岸然的朝廷重臣背后竟有这么多见不得人的勾当。竟然连首辅方从哲都有收受地方官员贿赂，家中置办良田两千顷，家奴仗势欺行霸市的事！
朱由校都翻看了一遍，每一个小册子都是一个官员的劣迹，几乎没有清官可言，就连朱由校十分赏识的袁应泰都有拜在前任首辅叶向高的门下，与东林党人暗中结好，并送去一千两银子！
仔细看下去，这些官员似乎很有联系，他隐隐感觉到这是一张十分紧密的关系网。
东林党！
一个在朝中最大的文官集团势力！
朱由校的眉头紧锁了起来，手中紧紧的握住小册子，内心狠狠道：党派之争必须铲除！
宗二看到他表情的细微变化，静静的不动，等候皇帝的吩咐。
朱由校挑从中出几本小册子交给宗二，凝重的说：“速到锦衣卫北镇抚司传旨，连夜捉拿这几个人，下诏狱审讯！府门查封，家眷不得出入，侯旨处置！”
宗二领命，接过小册子迅速到锦衣卫去了。
一场大规模的反腐运动就此拉开。
田尔耕接到圣旨，将小册子上的名字点了一下，发现全是都察院的官员，上至左都御史邹元标，下至十三廊科给事中，唯独没有兵部给事中杨涟，其他各部言官都在名单中，田尔耕深为震惊，这基本上是把都察院清洗了。
震惊归震惊，他才管不了这些，他的任务就是抓审这些人。田尔耕迅速点齐六百名校尉，全副武装，手持火把，分数批将这些人捉拿归案。
今夜，注定京城的夜晚不是安宁。许多老百姓在睡梦中听到外面步履声掺杂着嘈杂声不绝于耳，鸡犬狗鸣之声扰乱了平静的夜晚。许多老百姓恍惚中打开窗户向看看外面发生了什么事，刚开了一条缝隙就看到是一队队手持着火把身穿飞鱼服的人匆匆而过，吓的立马关紧了门窗。锦衣卫！在京城的人谁不认识，远远的看见都透心的发凉。
半夜，都察院近乎八成的人都被抓进了北镇抚司，旋即押往南镇抚司诏狱审讯。都察院左都御史邹元标还大义凌然，进来后看到都是自己的属下，登时傻眼，这是要干什么，都察院都来这办公吗？
锦衣卫可不给他们说话的时间，都还在吃惊傻愣的空隙，一个个被带到隔室里审讯。这里面各种刑具一应俱全，外边的人传言锦衣卫的诏狱就是人间地狱，里面的刑具比阎罗王的刀山火海还厉害，进去的人不死也残废了。往日里听着都吓人，这回都察院的官员们都见到了，更是毛骨悚然。
审讯的人不光有锦衣卫，还有东厂的人，他们就拿着小册子，对到人名，就问小册子上的事是不是真的，承认的关回牢房去，不承认的直接上刑，直到承认为止。
有的官员一看这阵势，胆小怕事的还没审问就吓昏了过去，胆大点的没挨两下就全招了，有点硬气的死活不张口，打了个半死才认罪。认罪不要紧，一连串的还咬出许多人，连地方的按察使，地方官员都说了出来。
很快，连夜的审讯结果都出来了。凌晨时分，案卷早早送进宫中，朱由校还没有起床，田尔耕和宗二在乾清宫门口静候了一个多时辰，太阳都有树梢高了，朱由校才睁开眼。看到皇帝醒了，早已等候多时的程化祥上前禀报，说锦衣卫指挥使田尔耕和东厂提督宗新在外等候多时。
朱由校顾不上穿衣服，在床上立起身子，上身披件绒衣，宣他们进来。田尔耕和宗二捧着卷宗，小心翼翼的来到朱由校床前，行大礼后将卷宗捧上，程化祥接过来送到朱由校床前。朱由校拿起卷宗一一翻看，供述与宗二调查的内容基本一致，而且还有不少不知道的丑事都吐了出来，有的像是狗咬狗般的撕扯，供述出一大堆的朝中官员和地方官员。
朱由校看的是火冒三丈，愤然的将卷宗扔撒一地。