天启元年正月刚过，京察便有条不紊的开始了，这次京察由都察院全权负责，吏部不得参与，因此都察院新补官员百余人，南京都察院也悉数调入京城参与京察大计，如此一来，明朝开国以来最大的、也是最严谨的京察全面开始了。
朱由校十分重视这次京察，他希望从这次京察中选优劣汰，能真正起到选拨优秀官员，淘汰慵劣官员。自嘉靖以来，京察大计已逐渐失去了本质意义，万历中期后更是成为了党争的手段，以致朝政日益腐败，党争愈演愈烈。
现在朝廷缺乏人才，太需要治国能臣了，地方也需要干吏，如今大明多事之秋，地方吏治腐败，多数官员庸碌无为，官绅勾结，想方设法敛财，却不上缴国库一文钱，有些官员连年虚报额数，谎报天灾异祸，骗取朝廷赈灾款，大肆侵吞朝廷库银，军队杀降冒功、侵扰百姓的事也时有发生，这些朱由校都十分明了，乱世之中官员只会更腐败，军队更无纪律，要整饬吏治，必须以铁血的手段大力整治，严峻刑法，以猛治国。
这些都需要有得力的干才，朱由校整顿朝纲就需要从整饬官吏开始，京察就是最重要的手段。
都察院的官员基本被换了一遍，大多数都是新提拔上来的新官吏，所以会减少党派的影响，能做到公正的考核。
京察先从京官开始，在京近三千大小京官，从大到小逐一考核，按照“四格八法”考核大小京官，“四格”为：守、政、才、年。每格按其成绩列为称职、勤职、供职三等。列一等者记名，得有升任外官的优先权。守，代表操守，分廉、平、贪；政，代表政务，分勤、平、怠；才，分长、平、短；年则指年龄，分青、中、老。“八法”为：贪、酷、无为、不谨、年老、有疾、浮躁、才弱。
自从京察开始后，官员便感觉到了不同以往，参与考核的官员不仅面孔十分生疏，就连脾气也有点生硬，不太近人情，这让他们十分担心。
朱由校也经常到都察院查看考核情况，还将东厂和锦衣卫的密探撒出去，严防官员借此机会徇私舞弊、结党营私的行为发生。不过这明朝官场传承二百多年了，徇私枉法的现象还是常见的，许多官员将这次的京察当做升迁的机会，送礼行贿的事常有发生，东厂和锦衣卫的密探侦到多起行贿案，昨晚送的礼的情报明天早上就摆在了朱由校的桌面上。而且连送的礼单都记录的十分详细。东厂和锦衣卫的探子真是厉害的连朱由校都惊诧，在前世的时候他读明史，其中有这么一段，说的是明朝大学士宋濂一次上朝，朱元璋问他昨天在家请客没有，客人是谁，吃的什么菜。宋濂一一照实回答，朱元璋很满意地说：“你没有欺骗我”，然后拿出锦衣卫绘制的宋濂家宴图。宋濂看后目瞪口呆，被吓出一身冷汗。起初朱由校以为这是后人杜撰的故意夸大锦衣卫的能耐，这次他是彻底的服气了，锦衣卫和东厂的密探刺探情报真是好手，既然这么厉害，为什么要单单监视百官呢》
朱由校忽然又一种想法，如果这个想法能够实现，那得到的价值要远远比这更好。
他拿着这些密报，其中一个引起了他的注意，这些行贿的，其中最大的一笔是候补五品廖其澄贿赂南京都察院左副都御使殷泽成两万两白银，想补缺到湖广一带做个知府。
两万两白银，这已经是天文数字了。
“三年清知府，十万雪花银”，怪不得这么多人都想外放当地方官，尤其是湖广一带，那里物产丰饶，百姓殷富，在那里别说是知府，就是七品知县也能大捞一笔，区区两万两银子，当个一年知府还不翻倍的赚回来！
哼！这次京察淘汰的就是这些贪腐庸官！
朱由校对这些官员直接拉入黑名单，考核一律不合格，罢官削职为民，永不叙用。
京察逐渐进行一月有余，选优劣汰不计其数，都察院的官员因考核渎职，徇私舞弊的也不在少数，基本将两京的都察院又翻了一遍，尤其是南京都察院，七成以上被锦衣卫或东厂带走，这也难怪，京师都察院被朱由校清洗过，比较廉洁自律，许多新上任的官员没有什么背景，南京都察院作为陪都机构，没有多少实权，作为清水衙门，在这次京察中想捞一笔的不在少数，贪赃枉法也就不足为怪。
这也让朱由校看清了官员之间的“乌烟瘴气”，一个多月的时间数十起案例，从中收缴十几万两，这在朝廷财政捉襟见肘，几乎俸禄都发不起的时代，官员们还能掏出这么多的钱行贿，可见大明的财富是藏于官，而不是藏于民。
京察逐渐触动了文官集团的利益，尤其是各个党派，这次京察朱由校向孙承宗着重强调，对于所谓的“东林党”中无为官员，要严加废黜。自叶向高，沈一贯致士后，朝中“东林党“就以杨涟为首，这虽是清流派，大多数官员清廉，注重节气，但太能吵架，太能鸡蛋里挑骨头，一点屁大的事非的整的鸡飞狗跳，把国家大事晾在一边，似乎小节小义比国家大事还重要，认为百姓吃不上饭是小，失节是大，所以”东林党“人个个清高孤傲，不怕打，不怕死，似乎还喜欢被打被杀，能博得清高亮节的好名声，受士子们追崇。
朱由校早就厌烦痛恨这帮所谓的清流，在他眼里，这是典型的“蠢猪式”的清高，就是因为这群能吵架的人存在，降低了国家机器的运转效率，他们不吃饭不要紧，饿死也光荣，可非要拉着别人一块跟着饿死，一块光荣才行，他们认为穷的光荣，国家大事就是吵架吵出来的，不是实实在在干出来的。
朱由校用人原则是：重在用循吏，少用清流。他认为：一个官员整天山珍海味，只要能使百姓丰衣足食，国家富强，那就是好官，一个官员天天吃糠咽菜而不能使百姓吃饱穿暖，那就是昏官庸官，与朝廷无益，不如让他做一个遵纪守法的老百姓更为合适。
孙承宗虽然和“东林党”渊源颇深，但朱由校重用“新学派”学子，清洗都察院和言官，孙承宗青云直上，是皇帝的宠臣，不仅成了首辅还主持京察，在这次的京察中，他恪尽职守，公正无私，对老相识也是一点情面不留，被他刷下去的官员一波接着一波，以致“东林党”人早恨死他了，谩骂他的不在少数，尤其是杨涟，现在可以说是孤军奋战，他是大儒，在清流之中名声很大，儒生们也很崇敬他。
杨涟凭借着他的声望，想和孙承宗抗衡，反对这次的京察大计，于是他奔走相告，聚集门生和同僚，弹劾孙承宗、徐光启等人，折子是一封接着一封往乾清宫里送。
京察本就是得罪人的事，朱由校早就料到有人会为难孙承宗，但这次带头的竟是杨涟，朱由校念在他还有些名声，为官清廉，也不予以计较，所上的折子都是留中不发，置之不理。反正你在宫外，递个折子上来只不过费了你点墨汁和纸张，只是苦了点来送折子的小太监来回练腿了。
不过朱由校没有想到的是，杨涟会把这种“愚节”发挥的淋漓极致，把他们所谓的“硬气”看的像“气节”一样，要抗争到底。
京察轰轰烈烈的进行了一个多月，许多清廉之人没有得到奖评，反而降职或调任闲置，那些不拘小节，生活有点作风的循吏却得到了升迁，这让清流们很是愤世嫉俗，决心与朝廷斗争到底。杨涟洋洋洒洒再写了一份奏折走到午门前，将折子递了上去，然后，他整了整衣冠，向巍峨的午门城楼上眺望了一眼，扫视了这让他再熟悉不过的宫门，曾经经此进入皇宫陛见三代皇帝，这么算起来他也是三朝元老了。杨涟站在甬道上，正对着午门大门，重重的跪下，凝重而庄严，深深的向宫门磕了三个响头，以示对大明王朝的忠贞不二，接着便直立起上身，静跪不起。
城楼上的侍卫看着杨涟的一举一动，很是可笑，这在文人看来他的此举是忠义之举，而在武夫面前是滑稽可笑，酸不可耐。
城楼上的一名侍卫对旁边的人说：“这个老头天天来这递个折子，今天又跪在这，你说他想干什么？”
“干什么？”旁边的侍卫蔑视的咧开嘴说：“找死呗！你没听说过吗？以前像这样跪谏的大臣轻的发配，重的直接廷杖打死，没一个好下场的。等着吧，好不了他！”
“都说什么呢！站好你们的岗，就你们俩话多！”门前值守的太监曹化淳瞪了他们俩一眼，两名侍卫立刻闭嘴不再言语。曹化淳向下看了看跪在甬道上的杨涟，心头堵了上来，不甚愉快，刚跑到乾清宫递完他的折子，难道再跑一次禀报皇上吗？宫里人谁不知道，皇帝也不喜欢杨涟，这都一个月了，他的折子也上来几十封了，皇帝根本就不看一眼。这人真是倔啊！
哼！跪着吧，皇帝不搭理你，谁还搭理你，跪累了也就回去了。
曹化淳冷眉斜眼，不再理会，转身不再管跪在下面的杨涟。
跪在下面的杨涟不信，凭着自己的声誉和名望，皇帝会对他的奏折置之不理，如果皇帝是明君，一定会召见的，如果是昏君，他就跪死在这，让天下的人看看，当今的皇帝是一个不纳忠言的昏君！
朱由校在乾清宫接到杨涟的奏折，仍是照旧的把他的奏折放在案头伤，没有翻看。想想，他的折子都堆的有几十张了，看着这么多折子，他自嘲的笑了一下自己，回想万历皇帝怠政时也是将大臣们的奏折搁放到一边，连看都不看一眼，从此史书上留下了“留中不发”一词，现在，他也“留中不发”。不过这次不一样，朱由校只是不想看杨涟的奏折而已。
京察方面，朱由校不敢懈怠，他的主要精力也放在这上面，要求都察院考核的官吏形成每日一报送到他这里来，当然还有东厂和锦衣卫的密报送来，这样朱由校就能防止都察院部分官员暗箱操作、徇私舞弊了。
渐渐的到了傍晚，太阳已经完全落了下去，西方的天空上只有几朵晚霞还在飘荡，午门上的值守太监曹化淳准备要关承天门了，见到杨涟还在下面跪着，这可惊吓了他，文人真是硬骨头，都五十多岁的人了能坚持到这个份上可真是不容易，曹化淳害怕出什么意外，忙下城楼劝说杨涟起身回去。杨涟跪了一天，已经很虚弱了，只是轻轻摇摇头，两眼紧闭，仍跪立不动。曹化淳焦急呀，万一有个三长两短，皇帝知道了肯定要治他知情不报知罪。曹化淳没办法，只得进宫去通禀。
曹化淳一路小跑进入乾清宫，此时天色已是黄昏，宫内的灯光都已点亮，朱由校正在御览都察院今天送呈上来的官员考核奏报，曹化淳呼吸急促，蹑手蹑脚的进来禀报：“启禀皇上，兵部给事中杨涟在午门外跪着，等候陛下召见。”