不过慈禧太后在震惊之后，并没有发表任何意见，而是交给军机处议论，同时再三告戒知道这件事的大臣王公，不得泄露出去。
在庚子国变之前，清廷的军机大臣有六人，领班是礼亲王世铎、其余依次是直隶总督、文渊阁大学士、吏部尚书荣禄；协办大学士王文韶；兵部尚书、协办大学士刚毅；礼部尚书启秀；刑部尚书赵舒翘。而现在领班礼亲王世铎患病不能理事，刚毅死在逃亡的途中，启秀逗留在北京被八国联军抓住处死，六位军机大臣一下子没了三个，由其领班礼亲王不在。
由亲王出任军机处的领班大臣，是从恭亲王奕䜣开始的，奕䜣是道光的第六子，咸丰之弟，人称鬼子六，是清末皇室中少有的能干之材，道光一度想立奕䜣为太子。后来咸丰继位之后，启用奕䜣为军机大臣，一来是奕䜣确实有才能，二来也是用亲王主管军机处，也让人放心一些，从此建立起这样一个由亲王出任军机处领班大臣的制度。不过奕䜣之后，皇室的亲王大多都是平庸之辈，礼亲王世铎就是这样一个碌碌无为之辈，能出任领班军机，一来是资格高，二来是让慈禧太后放心。
清廷在西安稳定下来之后，因为礼亲王称病不能理事，因此慈禧任命庆亲王奕劻代理领班军机，依然维持着由亲王领班军机的规据，但并沒有再给军机处增补人员了。毕竟逃到西安之后，朝廷的事务减少了大半，四个人的军机，也足以維持下去。
但海外华人提出要求封藩山东，这样重大的事情，可不是军机处能够决定的，而且老佛爷又没有给个明示，就连最得慈禧太后信任的荣禄也摸不清楚老佛爷这回是怎么想的，军机处自然也沒办法议出个结果来。但这样拖下去也不是办法，因为海外华人的归附表己经送到了西安，怎么样也要给个答复。而且现在海外华人还占着北京，朝廷想要回京，就必须看海外华人的脸色行事，朝廷那还有和他们讨价还价的资格，但接受海外华人的要求，谁敢当这个家，因此一连三天，军机处也没论出一个结果来，最终四位军机大臣只能请求由太后、皇帝御裁。
不过出乎四位军机大臣意料的是，慈禧太后、光绪皇帝当即宣布议事，不仅招集了四位军机大臣，还有庄亲王载勋、端郡王载漪、山西巡抚毓贤、陕西巡抚端方，也就是知道海外华人要求的大臣。
其实现在的局势慈禧太后要比大臣们更清楚，海外华人取得了山海关大捷之后，朝廷要想保全下去，就只能顺着海外华人，虽然海外华人提出的要求过份了一些，但这些年来大清国割让出去多少土地、赔了多少银子，还在乎这个，海外华人虽说要割据山东，但依然还是奉朝廷为正朔，就是封王建藩，也比割地赔款好听得多，因此海外华人的要求并不是不能答应。
至于祖制，不过是一块牌位，需要的时候就拿出来用一下，不需要的时候就放起来。其实要说违返祖制，慈禧太后就是头一个，大清的祖制可从来都没有允许太后垂帘听政的，就连被视为历代皇后、太后效仿的孝庄太后，也都没有做过这样的事情。因此慈禧太后从来都没把祖制当一回事。
让慈禧太后犹豫不决的是海外华人对朝廷的态度，准确的说，就是海外华人会在太后、皇帝之间会支持那一方。按说海外华人是外来的势力，和清廷内部的各方势力并无关系，而且他们也从来没有表示过会在太后、皇帝之间支持那一方，慈禧太后的担心，主要是来自皇帝的态度。
在海外华人收复天津之后，光绪皇帝就积极主张立刻招抚海外华人，倚之与洋人相抗衡，在第一次上海谈判之前，光绪皇帝更是力促淸廷下旨嘉奖海外华人，并让朝廷也参与这次谈判。
这一来慈禧太后也不禁多了一个心眼，皇帝的那点小心思当然逃不过太后的法眼，无非就是想借助海外华人的势力，摆脱自己的控制，甚致是亲自掌权。而且慈禧太后也清楚，皇帝是无时无刻不想摆脱自己的控制，在逃亡期间，就多次向自己请求，要返回北京去和洋人谈判，不过有自己在，他这点心思想都不要想。
尽管慈禧太后的心里非常鄙夷皇帝的那点小心思，海外华人可不是省油的灯，他们这次从海外归国，肯定是沒安好心，因此皇帝想借助海外华人的势力，无异于与虎谋皮。到时候可别把祖宗的江山都赔进去了，但海外华人毕竟是一块绕不过去的石头，慈禧太后也不得不费心思来对付。