原来俄国的外交突破并不是只从华东政府这一个方向，清廷也是他们的一个重点突破口。毕竟从法理上说，清廷才是东三省的所有者，如果清廷对俄国占据东三省没有意见，或者是和俄国就东三省的主权另外达成协议条约，甚致是将东三省割让给俄国，那么无论是日本还是华东政府，就没有理由指责俄国了。而且在俄国看来，和清廷谈判要容易得多，武力恫吓加金钱收买就可以搞定了。
当然俄国也清楚，就算摆平了清廷，也未必能够避免战争，日本、华东政府都不是那种能够被法理制约的国家，但这样一来毕竟能够让俄国在舆论和道义上占据主动权。
于是俄国驻清廷公使雷萨尔立刻来到总理衙门，向李鸿章提出，先前签定的【交付东三省条约】对俄国不公平，要求和清廷就东三省问题重新谈判，或者是清廷允许俄国在东三省驻军、并独家享有经营开矿、铁路修建、开设银行的权力，俄国可以执行【交付东三省条约】。
同时雷萨尔还发出了武力恫吓如果清廷拒绝俄国的条件，那么后果将十分严重，俄国不仅不会从东三省撤军，而且还会挥军南下，进取关內；而雷萨尔又向李鸿章暗示，如果李鸿章能够促使重新谈判，或是答应俄国的条件，俄国将会重重的报达李鸿章。
在这个时候，李鸿章当然不敢收俄国的钱，立刻通知给英日美德等国的公使，请求他们从中周旋协调。而英国公使欧内斯特?梅森*萨托（ErnestMasonSatow，旧译为萨道义）、日本公使内田康哉则都向李鸿章表示了支持，要求淸廷拒绝俄国的要求，而坚持俄国必须无条件执行【交付东三省条约】。
有了这个底以后，李鸿章的心里也踏实多，于是才像其他的军机大臣做了通报。
其实回归北京之后，清廷也并沒有闲着，除了对穿越者在山东干的事情不闻不问之外，清廷自身的新政改革一直都在稳定的推行着。首先是由李鸿章、张之洞、刘坤一三位老臣牵头，向清廷上奏【变法三折】，提出了一整套的改革方案，实际上相当于新政改革的路线图。主要内容包括育才兴学、整顿中法、吸收西法三个部份。
育才兴学主要是科举制度和教育体制的改革，仿照西方国家，建立近代学校教育体制，并给予毕业生相应的功名，如高中毕业为举人、大学毕业为进士等，代替科举中选拔人才；在教学内容上，采用大量的西学内容，同时还要奖励留学，特别是自费留学，对于那些有真才实学的留学海归者，要给予相应的举人和进士同等出身。
整顿中法是指清廷的内政改革，要是内容有建立警察制度，取代差役；改良司法，改善狱政；裁撤多余部门；允许旗人自谋生计。
吸收西法其实是关于军事和经济的改革，要求完全采用西式方法练兵，建立军校、军队管理；改良农业、发展近代工业，制定经济法规保护工商实业等。
平心而论，【变法三折】的内容是基于目前清廷的实际情况而提出的改革方案，有很强的可行性，要远比戊戌变法要靠谱得多，因此慈禧太后了以后也很满意，立刻收光绪的名议下诏各省督抚大员，要求他们一律通筹，切实举行。
但就在1902年10，两江总督刘坤一病故，使清廷少了一个德高望重，又支持改革的重臣。而仅仅一个月以后，李鸿章也病了，这一月就是3个多月，一直到新年以后才有好转，但李鸿章的病刚好，荣禄又病倒了，而且病得比李鸿章还重。
荣禄是慈禧太后最信任的大臣，他这一病让慈禧太后心里也十分不安，同时也发现现在的军机班子的年龄太大了，七位军机大臣，超过60岁的有5人，超过70岁的有2人，而进入1903年，李鸿章己是年满80岁的老人了。看来确实要启用一些新人了。