大明自建国起，民户和军户就严格进行了区分。本来刚开国的时候，士兵有土地，赋税极少，所以这社会地位并不低。但是随着时代的发展，士兵手里的土地被兼并，自己成了近似农奴一般的存在不说，还得当兵打仗——这只有义务没有权利的工作，自然就没人乐意去做了。
而且从北宋开始，由于文人彻底压倒武人，以至于中华帝国有了一个很不好的刑罚：刺配充军。服兵役成了罪犯洗清自身罪孽的一种重要手段。如此一来，军人在经济、政治上的地位直线下降，这社会上自然就成了被歧视的存在。
作为穿越者，朱由栋当然要扭转这一局面：军改完成后，国家的正规部队里，军官将是职业军人，而士兵虽然有服役年限，但是在薪酬方面保证要给足了。同时实行军衔制，在作战服之外还给全体官兵提供礼服和常服，让官兵们平日里都能昂首挺胸的佩戴着自己的军衔，堂而皇之的出现在各个地方。然后再加上舆论上的大力宣传——从此之后，军人将逐渐的成为大明青少年仰慕和向往的职业。
当然，作为一个业余历史爱好者，朱由栋也深知，为什么汉唐时代军人地位高，到了北宋就急转直下：这实在是五代十国的时候，丘八们弄得太不像话，一不高兴就换皇帝，六十多年间换了十几个皇帝，这搁谁当了皇帝都受不了。
所以，军人地位是要提高的，但控制也是一点都不能放松——在可以预见的几十年里，大明都是要打仗的。战争时期，武人权力的膨胀本身就不可避免，如果不事先给安上络头，那是要出大问题的。
要解决这个问题，单纯的某一种办法是不行的，还得多管齐下。
首先是加强教育。在朱由栋的计划里，本次军改将军户彻底裁撤分流，优中选优将其最精华的部分补充到新军里形成20个师后。接下来的第一步就是建立完整的军事教育体系：现在大明只有皇家军事学院和皇家海军学院两所军事学校，这是绝对不行的——长期这么搞下去，不是所有的军官都是同学嘛？
所以，在天启四年，将会有步兵、骑兵、炮兵、工程兵、军医、轮机、后勤保障等多个学院新建完成并开学招生。从那时起，现有的野战军、驻屯军军官可以去进修，社会上的有志青年也可以报名考试入学。而原有的两个军事学院，则将成为将领的高级研修班。
这些新建的学院，除了分散两个军事学院出产军官过于集中的问题外，当然还要加入忠君爱国的课程。而且朱由栋还准备让这些学校每年组织会操，以此形成恰当的竞争关系。
当然，因为知道历史本位面20世纪三、四十年代的昭和参谋都是一群什么玩意儿，所以朱由栋是不准备搞少年军校的：军人还是要了解社会的。如果从小就只是单纯的进行军事培训，那最终会培养出一群除了打仗，什么都不知道的蠢货——各个军校未来的学生，除了吸纳军队中的优秀官兵外，面对社会，只能招收年满十六岁并且有一点文化知识的优秀青少年。
至于说这十六岁以上的优秀青少年怎么培养出来？这个嘛，现在朝廷虽说还是无力全面铺开义务教育，但到底这手里还是宽裕了不少嘛。以朱由栋这种‘有钱不花不舒服斯基’的尿性，他可见不得数千万的银元躺在库房里睡大觉。因此，每个省，国家出资建个中学，建两到三所小学，这个还是可以的——方山发展了这么多年，早就储备了足够的师资。而且方山到了今日也是必须要拆分了，不然以后文臣都来自方山，也是皇帝不能容忍的。
在基础教育上加装保险外，在顶层的军事架构中，朱由栋也吸纳了后世不少的精华。
他计划在内阁六部之外，单设枢密院。这枢密院的职责，很大程度上与后世的总参接近：训练、战备、招兵募兵、军队编制、具体作战等具体作战的权利以及对外情报工作，全部交给枢密院——其实就是让军人在作战前后有独立的指挥权。从此之后，打仗的事情，文臣方面除了朱由栋特别指定，否则将不再对军人有指手画脚的可能。
而兵部以前武选司的职责，则由御马监接手：当然，将武将的人事权完全交给宦官是极不科学的。所以，这御马监随着权力的陡然增大，其内部的权力架构也进行了重组。新的御马监，掌印太监是刘时敏，但枢密院派出枢密副使，兵部派出侍郎长期在御马监坐堂，也是必然。与此同时，腾骧四卫以及京营全部裁撤，相关人员要么补充入新成立的野战军和驻屯军，要么进行分流。也能防止御马监的权力过渡膨胀。
在作战权和人事权被分割出去后，兵部剩下的就是后勤保障和装备制造了。为了安抚兵部的官员们，朱由栋也承诺，以后朝廷新建的兵工厂什么的，全部划给兵部管理——当然，装备是你负责造，但是用的人不满意，官司打到朕这里来了之后，如果确实是兵部理亏，朕还是会打你们板子的。
总之，这么一拆分重组后，直接带兵的将领想造反，首先是在造反准备阶段无法按照自己的想法在关键位置安插自己的亲信。其次是一旦造反，军饷、弹药全部断绝：这会儿都进入热兵器时代哪，没有枪弹钱粮，你怎么造反？
而管军官晋升的，管后勤物资和装备的要造反？拜托，他们手里没兵啊！