徐光启、赵士帧当然也是要南下的：红河庄以后只是一个生产基地。研发中心是必须要跟着朱由栋走的。非但他们两人要走，红河庄里干了一年多的各个工匠连带其家属也要全部带走。
至于利玛窦，朱由栋则是好一顿坑蒙拐骗：利先生不要舍不得北京城里刚刚发展出来的几个教徒嘛。到了南京，孤划一块地给你给你建新的天主教堂好不好？你看啊，你和耶稣会的联系都是要通过澳门周转的，澳门北京之间实在是太远了。去了南京就不一样了，全程水路啊！多快捷！嗯，说起来，上次你给我找的磨镜师相当不错，我还要继续扩大规模，你直接让他们来南京吧……
至于对曹三喜，那就简单多了：孤要带你去南方会一会这个时代最会做生意的，你怕不怕？不怕啊？那就走吧！
需要留下来的，是魏忠贤。
“小爷，呜呜，照理说奴婢是小爷简拔起来的。小爷让奴婢做什么奴婢就做什么……可是奴婢实在是舍不得离开小爷啊。”
“好了好了，快四十岁的人，哭哭啼啼像什么话。忠贤，这也是没有办法的事儿。孤要南下，在这大内之中必须要留人。王承恩呢，年纪实在太小，孤走了，他一个人可扛不起整个兴华宫。”
“呃……小爷，就不能让小曹留下嘛？”
“……忠贤啊，你是孤直接简拔出来的。而大伴……不是啊。”
听了这话，魏忠贤的情绪一下子转悲为喜：原来如此，原来小爷最信任的是我！
“奴婢明白了，虽然奴婢舍不得小爷。但既然小爷已经把话说到这个份上了，奴婢若是还想着跟随小爷南下就是太不知好歹了。如此，请小爷放心，奴婢便是拼了性命，也一定要在北京为小爷看好家！”
“嗯，忠贤啊，听说你最近两年都是努力识字，这很好。以后孤去了南京后，北京城这边的消息，孤只有靠你来传递了。不要怕自己的字难看就不敢写，孤以后只看你的亲笔信……”
“是，小爷！小曹前些日子给奴婢讲过君不密则……呃……总之请小爷放心，奴婢一定按照小爷的吩咐办。”
“嗯，好好做。你的未来，可不止一个太监啊……呵呵呵……”
……
万历三十四年六月，御史侯庆远上书，言我朝早有祖制，储君镇守南京。但自宣德以来，因种种原因未能施行。今我朝太子、太孙均身体康健，心智成熟。实应恢复储君镇守南京之祖制。
此书一上，顿时响应者有之，反对者更是大有人在。但在皇帝、内阁三阁老一致同意下，此议得以执行。
六月十八日，万历颁布了一系列圣旨，并迅速的得到了内阁的副署。
其一：皇太孙朱由栋，将于万历三十五年出镇南京。南京六部、都察院等各官员，南京五军都督府各将军提督以及南京守备太监具受其节制。以上诸人原本负责事宜，先奏报太孙，若太孙不能决断者再奏送北京。