除作战大队以外，还有其的辅助作战部队。
保护大名的联队，除了保护大名，还需要保护各国政要和关键人物，联队的队长是火之国大名兼任火影的日向汢。
辅助部队中岩隐的工程大队和爆破部队会给联军构造出利于己方的地形之后，顺势编入临近的作战大队。而且工程大队和爆破部队还将作为较为独立的分队发挥职能，工程大队极为擅长的大规模土遁防御工事的构建能大大减少联军伤亡；爆破部队则是另一个极端——或是设下陷阱，把山脉炸成平地，抑或是把平地炸成峡谷，把峡谷炸成更大更深的峡谷，破坏是爆破部队极为擅长的。
各村忍者都被打乱编到各作战部队，人员散乱的一塌糊涂，能保留一定规模的也就岩隐的工程大队和爆破部队了，毕竟岩隐最擅长的就是大规模作战，也只有这两只部队，鹿久认为只有保留建制才能发挥更大的作用。
而像其他忍村比如雾隐，也有成规模的雨声杀人术部队，却不适合现在的战场。让一大群水遁忍者制造大片区域的浓雾，然后让精通无声杀人术的忍者在雾里和敌人捉迷藏吗？这太拖延时间了。
再说了，感知力和隐遁能力都超强的白绝，再加上秽土转生的忍者们没有要害的身体，讲究暗地偷袭一击致命的战术，会很不好用。
特殊的作战部队还有奇袭部队，队长是风影的学生勘九郎，勘九郎的能力毋庸置疑，而且现在的勘九郎比原著中强的不止一点。赤沙之蝎把自己的傀儡技艺倾囊相授，千代婆婆也不会吝啬对后辈的慷慨，现在勘九郎同时身负蝎的赤秘技，和千代婆婆的黑秘技，千代婆婆赖以成名的近松十人众，那十个强大无比的傀儡，勘九郎有其中五个……
奇袭部队或者说是忍者联军的斩首部队，是各个部队中人数最少，但是最人员精锐的一部，奇袭部队中不乏上忍，岩隐的红蜘蛛部队约四分之一都分入了奇袭部队。
要知道，在四代目土影时代，岩隐一方面扩军的同时，一方面把大量战力不突出的土遁忍者转入工程部队，只留下了少部分最精锐的忍者作为村子的作战力量。一万余名的岩忍中选出了不到一千的精锐，这部分精锐也就是红蜘蛛军团。
红蜘蛛军团有多难缠，卡卡西很有发言权。志村团藏时期，卡卡西被多次派遣去忍者联盟所属成员忍村进行破坏，作为一个整体，忍者联盟守卫漫长水脉线的各村忍者都有。其他忍村的忍者或许会很难缠，但唯独遭遇红蜘蛛，每次卡卡西都必然经历苦战，多数情况下都会负伤。
忍者世界传奇的忍者部队很多，比如砂忍傀儡军团，岩隐爆破部队，云隐金角银角部队等等，无一例外，这些都是经历过战争洗礼才有的赫赫威名。
唯独红蜘蛛军团，于战争时期只是展露头角，在和平时期发展至壮大，毕露锋芒。迪达拉曾属于红蜘蛛军团，君麻吕也是。