第二步计划就是沿着历史上西班牙人的道路占领淡水，并沿着河流向上游前进，探索地形，绘制地图，占领土地，为将来移民做准备。
至于台湾南部的荷兰人，刘佩暂时不想同他们开战。一方面是刘佩需要时间稳定海上。另一方面，刘佩现在已经没钱了！他必须在海上获得稳定的资金来源之后，才能进一步攻占全台。
而且刘佩还想着和荷兰人做生意。毕竟此刻荷兰人的国立正值最巅峰的时期，被称为海上马车夫。和他们做生意的话，刘佩能更轻易的获得更多的资金。
圣萨尔瓦多城被启奇涛占领之后，被他改名为镇海城。这里将作为进占台湾北部的大本营存在。
在休整了一晚后，船队转向淡水，在那里建立了前进基地。并开始沿着河口向上探索。郝运就是探索队的第一批队员。另外还有一批队员则扑向各个移民村庄。
那些李旦建立的移民村庄并不多，只有十几个而已。这是一个毫无难度的任务。那些村庄里面的百姓只有少量的刀剑，连鸟铳都没有。所以很容易的就被纳入到了刘佩的治下。
至于郝运这一队人作为尖兵向上游探索。郝运他们在船上前进的时候，就隐隐约约的看见河岸上似乎有人也在跟随的船队前进，不过郝运他们一点儿也不在乎。他们猜测这些人就是生活在山中的土著人。对于这些只有弓箭、吹箭的土著人，只需要一个排枪过去就能将他们打散。
而且想来他们已经知道圣萨尔瓦多城被攻陷的消息。那隆隆的炮声一定给了他们极大的惊吓！所以他们一定会派出部落中的勇士来探查情况。几个长官简单的商议之后决定，只要那些土著人不来袭扰就不理他们，等以后自己一方站稳脚跟再说。
船队很快到了不能再逆流而上的地方。这时候郝运他们已经发现了第五个适合建立村庄的地方。在靠近河岸的地区有大片平整的土地。在远处的山上有着郁郁葱葱的林木，木材资源十分丰富。适合建立村寨。
长官决定停下来在这里建立营地，做好步行探索的准备。郝运他们将长期驻扎在台湾进行开拓任务。
郝运他们在河的南岸停下，船只卸下了大量的物资之后就顺流而下离开了。郝运他们要留在这里建立一个营寨，并且探索周围的地形，等待移民的到来。
他们停住当晚没有发生任何事情。第二天天一亮，营地里的一百余人就开始忙碌起来。他们最先要修建一个码头，好方便以后运送补给的船只靠岸。士兵们采集石料的采集石料，砍伐树木的砍伐树木，热火朝天的忙碌起来。郝运则带着几个人在测量河道的深浅，寻找适合修建码头的地点。
郝运他们在河道里忙碌了半天，终于确定了修筑码头的地点。并打下一根木桩作为标记。就在这时候，郝运手下的一名士兵用手指捅捅郝运说道：“头儿，你看河对岸。”
郝运抬头望去，只见河对岸在草丛之中站着七、八个土著静静的看着郝运他们。这些土著人身背弓箭，脸上涂着红红绿绿的颜色。头上戴着额饰，以厚布为地，缀着贝珠。腰里插着砍刀，不过每个人的砍刀形制不一样，长短不一。胸前还有以草编成的胸饰和兜囊，十分精美！
所有人身上都有纹身，纹的是猛兽，打头的三个人脸上还有纹身。用直线、斜线组合几何图形，这表示的是图腾信仰。