过了会儿，泰昌帝睁开双眼，坐了起来，好像一下子健康了许多，脸上露出了笑容，连夸：“果然是仙药，仙药!”又称赞道：“李可灼是个大忠臣。”说罢探出身来叫道：“李可灼!”李可灼伏地轻应：“微臣在。”
泰昌帝说：“朕服仙丹果然奏效，请你明天再进一丸来，大概就可痊愈了。”
李可灼答道：“臣家中尚有一丸仙丹，但仙长曾指点过，需在第一丸后三天再进第二丸，臣当于三天后再献灵药。”
泰昌帝说：“朕病好后，一定给你加官晋爵。”
自吃了李可灼的“仙丹”后，泰昌帝的病好似一下子被驱走了一半。
两天来，他除了时常坐在龙案前养神外，居然还有两次走出了殿门。谁知当夜竞暴卒。
方从哲想来想去，觉得只有利用拟遗诏的机会，申明服用红丸是皇帝自己的意见，把责任一股脑推到大行皇帝身上才算上策。
果不出方从哲所料，泰昌帝的暴卒引起了整个朝廷的注意，要追查皇帝死因的奏折两天之内就达数百件。其中有的奏本已经公开指出，给泰昌帝服泻药的内侍崔文升，最初曾在郑贵妃属下任职，后来才由郑贵妃转荐给泰昌帝。崔文升竟敢用泻药摧残先皇，其背后必有人指使。
于是方从哲迫不及待地征得了阁臣同意，颁布了由他亲笔起草的遗诏。遗诏中以大行皇帝的口吻夸奖李可灼，并诏赐银币。遗诏一下，群情鼎沸，朝臣们都知道遗诏出自首辅之手，无形中更把方从哲与红丸案紧密联系在一起了。
十月中旬，追查“红丸案”的呼声达到最高潮，礼部尚书孙慎行和左都御史邹元标上了两道令人瞩目的奏疏，孙慎行指出：“从哲纵无弑君之心，却有弑君之罪。欲辞弑之名，难免弑之实。”这给追查“红丸案”元凶定了基调。
方从哲思来想去，他写了一道很长的奏本，一面仔细为自己辩解，一面十分诚恳地提出了退隐的要求。
方从哲奏本递上去不到十天，天启皇帝的批准谕旨就下来了。十一月初，这位执政八年的老臣，离开了京城。
泰昌帝的猝逝，使得御史郑宗周、南京太常寺少卿曹珍等指此一事件与多年前的“梃击案”出于同一“奸谋”，即有人必置光宗其人于死地；刑部主事王之采更直指光宗之死与郑氏、光宗宠妃李氏等阴谋夺权有关。
后续
朝臣之争
泰昌帝继位一个月即驾崩，加之朝廷内党派纷争激烈，使得关于此案的议论甚嚣尘上，并且多少带着东林党借机伐异的意味。
这些议论围绕着泰昌帝的死因展开，方从哲、李可灼、崔文升等皆成为众矢之的。
吏部尚书张问达、户部尚书汪应蛟、礼部尚书孙慎行、左都御史邹元标，以及众多言官纷纷弹劾崔、李二人用药、进药错误之罪。
其中御史王安舜认为：“先帝之脉雄壮浮大，此三焦火动，面唇紫赤，满面升火，食粥烦躁。此满腹火结，宜清不宜助明矣。红铅乃妇人经水，阴中之阳，纯火之精也，而以投于虚火燥热之疹，几何不速亡逝乎！”
由于泰昌帝是服下红丸后死的，而首辅方从哲却在泰昌帝死去的当天，拟遗旨赏了进献红丸的李可灼，引起了一些人的怀疑，御史王安弹劾方从哲“轻荐狂医”，“又赏之以自掩”。
御史郭如楚弹劾方从哲不应该赏赐进药的李可灼。
方从哲在众人攻击下，拟太子令旨，罚了可灼一年的奉禄。
十月，礼部尚书孙慎行和左都御史邹元标上了两道令人瞩目的奏疏，孙慎行指出：“从哲纵无弑君之心，却有弑君之罪。欲辞弑之名，难免弑之实。”方从哲上奏辩解并请辞，于11月初卸任离京
阴谋加害
御史郑宗周、南京太常寺少卿曹珍等指此一事件与多年前的“梃击案”出于同一“奸谋”，即有人必置泰昌帝其人于死地；刑部主事王之采更直指光宗之死与郑氏、光宗宠妃李氏等阴谋夺权有关。
最终判罚
方从哲离京后，还是无法脱净干系，要求严查红丸案的奏折不断。
一天，天启帝收到了方从哲从老家寄来的奏疏，疏中说：自己年老愚昧，未能阻止庸官进药，罪不容诛。为表示谢罪，愿乞削去官阶，以耄耋之身远流边疆，以平朝臣之怨。果然，许多大臣为他开脱，天启帝亦被方从哲的诚恳打动，但苦于真相未明，一时难以决断。
这时，一直缄默无言的阁臣韩爌终于站出来说话了。他把当时目睹的一切事实都详细地说清楚了。特别是方从哲当时左右为难的情景，被描绘得十分具体。最后，韩爌提出，“红丸”一案纠缠了一年多，但真正置先皇于死地的崔文升和李可灼到现在也没有处置，这两人虽然乱用药物，但也确实是奉旨进药，可以适当惩处，红丸一案则不宜继续深究。
韩爌在万历年间就是个有名的老成之臣，居官十余年处事公正，很受群臣景仰，入阁后又一直陪伴方从哲料理进红丸之事，说出的话是可信的。所以他的奏折报上后，很快地使一场风波平息了下来。
不久，天启帝下旨问崔、李二人罪。1622年（天启二年），明廷将崔文升发遣南京，李可灼遣戍边疆。“红丸”一案由于各派的争斗总算草草了解，但其中的疑点并没有弄清楚。
后人为此曾进行过一系列的考证和争论，但最后也都没有结果。泰昌帝的死是否与红丸有关依然是一个千古之谜。
案件余波
天启年间，宦官魏忠贤当权，他要为“红丸案”翻案。于是，声讨方从哲的礼部尚书孙慎行被开除了官籍，夺去所有官阶封号，定了流戍。
抨击崔文升的东林党人也受了追罚，高攀龙投池而死。崇祯年间，惩办了魏忠贤，又将此案翻了回来。
崇祯帝死后，南明王朝又一次以此为题材挑起党争，直到明王朝彻底灭亡。
争议
关于泰昌帝的死因，有人说是服红丸而死，也有人说与红丸无关；有人说旧病未愈，有人说是劳累所致；有人说是惑于女宠，是郑贵妃有意加害；有人说是用药差误。有的大臣因李可灼进红丸功，议“赏钱”；有的大臣以“李可灼罪不容诛”，议“罚俸一年”；有的大臣以“可灼非医官，且非知药知脉者”议上，将其遣戍；直到天启五年（1625年），魏忠贤上《三朝要典》，遂免可灼遣戍。李可灼这个案子，一直争吵了八年，成为天启朝党争的题目之一。
红丸到底是什么，这也是一个引起争议的问题。有人认为，李可灼进的“红色丸药”就是红铅丸，是普普通通的春药。
春药属于热药，皇帝阴寒大泄，以火制水，是对症下药。李可灼把春药当补药进上，只是想步陶仲文后尘而已，只不过他时运不佳……有人认为，那红色丸药是道家所炼金丹。用救命金丹来对付垂危病人，治活了则名利双收，死了算是病重难救，李可灼很可能是这样想这样做的。
三百余年来，史学家设想了种种答案，但没有一种令人信服，因此红丸一案成了千古之谜。