反观蚩尤一方，‘浑天魔血海阵’本是天地间精血混合浊气所生，在这煌煌星光之下显得格格不入，一些陷入疯狂的人清醒过来，没有了刚才那股疯劲，战力大减。
就在这千钧一发的时刻，一道无比璀璨的星光强横的射进了阵中，浑天魔血海阵出了一点空隙，轩辕便借机一个纵跃，直接跳上了蚩尤所在的巨棺上。
蚩尤见轩辕现身，也是不容分说，二人就在这大阵中你来我往的开战了，二人本都不是凡物，激斗的异常惨烈，一连斗了三天三夜，都依然没有分出胜负。
就在轩辕拖住蚩尤，由于大阵没了阵眼，阵的威力顿时减少，轩辕大军很快就在逐鹿中原消灭了蚩尤的九黎部族，正在交战中的蚩尤见此情景，顿时后悔万分，但又无可奈何，可是蚩尤却勇猛异常，轩辕大军没有人可奈何的了他。
轩辕蚩尤有交战了三天三夜，蚩尤件大事已去，心中又有些胆怯，轩辕借此机会劝阻蚩尤，但是蚩尤仍旧顽固反抗，不得已，二人最后定下了一个盟约，蚩尤这才放下屠刀，接受了轩辕的制裁。
这盟约就是蚩尤在逐鹿大战中已是败者，因此这人间之王由轩辕来当，可是，在五千年后的紫气东升，七星连珠，的月圆之夜，蚩尤的部族之人将可再次法抗，与后代的华夏子民一战，若是华夏子民白了，那这五千年的大中华文明就将在血海的洗礼下归蚩尤所有，若是华夏子民胜利了，蚩尤将永不法抗，受敬于大中华的先祖，也就是轩辕黄帝。
蚩尤死后，他手下的十五万大军也相继被杀，只有森罗王和转轮王带领一些妖魔逃回到冥界中。
后来天帝怕他们再出来生事，于是将他们招安，封森罗王和转轮王等十个妖魔为冥界十大阎王，并让人死后进入冥界，轮回转世，从此，森罗王和转轮王等妖魔几千年也没有再出来过。
蚩尤、共工、夸父、刑天四人的坐骑四大神兽后来也被天帝收服，并被封为了天上二十八星宿的护卫之神，青龙被天帝赐名为孟章，是二十八宿中东方七宿——角、亢、氐、房、尾、箕的守护之神；白虎被天帝赐名为监兵，为二十八宿中之西方七宿——奎、娄、胃、昴、毕、觜、参的守护之神；朱雀被天帝赐名为陵光，是二十八宿中南方七宿——井、鬼、柳、星、张、翼、轸的守护之神；玄武被天帝赐名为执明，为二十八宿中之北方七宿——斗、牛、女、虚、危、室、壁的守护之神。
九黎部落联盟中大多族民在大败之后，都归顺黄帝轩辕，他们的后代和与玄嚣、昌意的后代一样，也都称自己是炎黄子孙。
蚩尤另外一个妻子沾衣得知蚩尤死后，虽然悲痛欲绝，但是想起蚩尤曾叮嘱过他，一定要将他们的孩子养育成人，于是在父亲少昊的带领下，与九黎部落中一些不屈不挠的族民一起，没有归顺轩辕，如同刑天一般宁死不屈，纷纷向南流徙，继续与轩辕对峙，并世世代代繁衍下去，永世记住自己的祖先是蚩尤，这些族民后来被称为苗族。
轩辕在蚩尤死后，立即挥师南下，去收服九黎部落的领地。
但在凯旋回归后，轩辕却将一个人秘密的叫到了自己的大帐中，这个人就是那龙族中的龙轩，轩辕将龙族其他人遣回了四海之中，可是此时在人间却没有不知道，龙轩早已死亡。