建炎三年三百多赵宋宗室子弟随南外宗正司迁至泉州，并在这里繁衍生息，到了宋末宗室成员已达到三千多人，不过蒲寿庚却随便找了个借口将这些人全都杀害殆尽。
显赫的权力与雄厚的海上实力相结合，使蒲氏成为宋元鼎革之际一位举足轻重的人物，因此大宋也没有办法，便任命他为福建、广招抚使，总海舶，这使得他有了更大的权力。
而在后面的历史上，当元兵由浙江入福建。为避元军，南宋陈宜中、少保张世杰率舟师十万，奉宋端宗赵昰及卫王赵昺、杨太妃等，由福州航海至泉州城南郊法石下辇村，欲作都泉州。宋室冀得蒲寿庚之助，以继续在闽、广沿海地区坚持抗元，当时的南宋孤臣陆秀夫、张世杰等人，带着两个娃娃皇帝端宗、幼主抵达泉州，赵呈率残部退至泉州城外法石寨，在这里的赵宋宗室子弟打算接应他们，但蒲寿庚拒不支援宋军，却“闭门不纳“、“闭门拒命“禁止宋军进入泉州，致使这一干人无奈继续南逃撤往广东。因此宋军改泊泉州外渚獭窟。张世杰只得护送端宗匆遽移粤，经漳州趋潮阳。
宋军以船舶军资两皆不足，张世杰临走时强征蒲寿庚的商船，掠其舟并没其赀，采用暴力直接抄没他的家产以充军资。抢走停泊在法石一带的蒲氏海舶400多艘，掠蒲氏海船二千艘，没其货物，大怒的蒲寿庚立刻命令水军追击，然后更是立刻转身投降了大元。
他派亲信孙胜夫秘密出城，迎接南下途中的元军，元兵由浙江抵泉州，蒲寿庚与州司马田真子献城降元。
蒲寿庚的降元，背后有一股强大的地方精英集团在支持他。他们对当地的政治和防务，都有很大的左右力量，如世居泉州、三代武卫左翼军统领夏璟，有调遣泉州军队之权的田真子，以援城功授永春县达鲁花赤的林纯子，“以全城功归诸故家“的颜伯录，蒲寿庚的党羽孙胜夫、尤永贤、王与、金泳等。
蒲寿庚降元，以所拥有的海舶交元军进攻残余宋师。元军将领董文炳率部抵泉时，擅解所佩金虎符赠蒲寿庚，此举事后得到元世祖的嘉许。元廷授蒲寿庚为昭勇大将军、闽广都督兵马招讨使兼提举福建广东市舶。
他降元后，受到元世祖忽必烈的重用，元十四年进昭勇大将军，闽广都提举福建广东市舶事，改镇国上将军，参知政事。并行江西省事。至元十五年又升为蒲寿庚行中书省事于福州，镇抚濒海诸郡。
不过后世明朝建立之后，作为曾经的泉州市舶司提举、同时也是泉州首屈一指的富豪，此时的蒲寿庚作古早已百年以上，却依旧被明朝人从坟墓里拖出来鞭尸三百。他的蒲氏后人更被朱元璋指为余孽，全部充军禁锢并被要求不得读书，世世无得登仕籍，也算是恶有恶报了。