都察院的职能分为内职掌、外职掌和地方上的按察司。
内职掌掌管两京刷卷、巡视京营、巡视京师仓储、皇城、五城兵马司等。
外职掌即为出巡御史，分为专差和巡按两大类，主责巡视地方，有“大事奏请，小事立断”之权。
按察司为地方固定的监察机关，除南京外，设立十三道按察司。按察使和布政使、都司并为本省三巨头，主管一省刑名按察之事。
朱元璋的本意是地方监察加上中央巡查，以都察院为核心构建全国反腐、监察体系，永葆大明无贪腐之弊。然而，事与愿违，明中期以后，都察院已经因为其体制和整体吏治腐化的原因，基本上失去了反腐监察之能，其中重要原因是体制弊病。
明制，左都御史虽然为都察院首脑，但其对监察御史并无任免之权，只有分派任务之权。
监察御史巡视之后，其奏章左都御史不得与闻。此法为养台谏独立办案之风气，并壮其风骨。
这种体制初期确实养出了很多国尔忘家、忠而忘身之台谏，但随着时间流逝，台谏之地已成升官捷径。台谏之官各有恩主，内职掌成为朝中大臣豢养的打手和争权夺利的工具；外职掌成为借天子之威，滋扰地方的贪官；地方按察司更不用说，成了冤假错案集中的渊薮。
中评论居京师之台谏云：“居言路者，各有所主。故其时，不患其不言，而患其言之冗漫无当，与其心之不能无私。言愈多，而国事愈淆乱也。”
至于外职掌之专差和巡按，明中期以后地方官接受巡视，即自备“谢荐金”，竟成惯例。
外职掌的御史官员以“谢荐金”之多寡来写巡视、查案报告——不仅催化了，更成为祸乱吏治之由。
针对这些弊端，此次都察院的兴革，虽仍设左都御史、右都御史，副左右都御史、佥都御史和十三道。但责、权发生了巨大变化。
之一，将御史的人员扩编，改每道设一名、两名专责御史之旧规，每道设八到十人专责御史，并设佥都御史正、副各一名。御史奏章必经正佥都御史签押方能上报，佥都御史为本道御史的纠核、巡视结果担责。
之二，改御史“风闻奏事”之旧规，分锦衣卫之一部为十三个稽查科，每科三十人。设于十三道御史之下。御史参核，必用锦衣卫稽查科查实证据，方能上报。
之三，改御史职责不清之旧规，各道御史均负责本道纠核、巡视事，不得越界。若收到其他道的线索或举报，准送左都御史，由其分派至该管的道核实调查。
之四，除左、右都御史外，共四名副左右都御史分管十三道，分管内容由左都御史决定。御史参奏报告，由副都御史签发才能成为奏章；这些人也要为奏章的正确性、真实性担责。
之五、右都御史独领监察道，监察都察院内部。各道御史若发现其他道或本道御史有违规行为的，可举报至右都御史。右都御史和监察道无权参与都察院其他事务。
之六、左都御史掌都察院，除右都御史外，对副都御史以下，有参劾之权。副都御使以下若被左都御史参劾，立罢。
之七，改御史必由三品以上高官举荐之旧规。从进士、待选之官中直选。都察院列出、、、等十余本参考书，待选者通过法律考试，并经都察院副都御使以上集体面试即可担任御史。
此次都察院的兴革，现有御史、台谏之官有喜有忧。一方面他们掌握了锦衣卫稽查科这一直属力量，在朝廷中地位一举超越各部，权力大增。
另一方面御史队伍的扩大和独立参劾权的丧失，降低了御史这一“清流华选”的含金量，断了他们以特殊地位谋私上进之途。综合而言，对都察院基层御史来说，锦衣卫的加入并未使他们感到兴奋，反而是独立性的丧失击中了他们软肋。
因此，虽然朱翊钧大砍大杀震慑了天下官、民，但以“硬骨头”著称的御史们，还是掀起了朱翊钧主政以来的第一股逆流。