自从“五将军密电”泄漏后，冯国璋与袁世凯的裂痕更无法掩饰。于是冯国璋—不做，二不休，决定对袁施加更大压力，以迫其将政权让予他。
为此，冯国璋于4月1日和16日公开致电北京政|府，劝袁及早退位。各省军阀纷纷效尤，亦先后通电劝袁世凯迅速退位，袁世凯不得不派亲信阮忠枢南下向冯国璋乞情。冯国璋在阮忠枢的请求下，答应联络各省，担任调停。5月18日，冯国璋邀集未独|立各省在南京召开代表会议。
冯国璋意图通过南京会议逼袁下台，由他取而代之。但由于倪嗣冲的破坏和各省区将军代表谋略不一，遂使南京会议夭折。冯弄巧成拙，被舆论斥责为：“与其名为解决袁氏地位之会议，毋宁名为解决自己地位之会议。”
给老袁最后一击的是他的心腹、四川督军陈宦的三封电报。这是陈宦的老师骆成骧便为陈宦代拟了三道讨伐袁世凯的电稿，骆并自信地说：“要气死国贼！”三道电报在1916年5月相继发出，前两道电文口气还比较温和，只是劝袁世凯退位而已，但第三道就让袁世凯气得暴跳如雷了：“自今日始，四川与袁氏个人断绝关系，袁氏在任一日，以其政|府名义处分川事者，川省皆视为无效。”袁世凯万万没想到，自己的心腹陈宦都会“反”了自己，气得大叫“人心大变”。
这一番折腾，老袁已经不支。等到病情急剧恶化、小便不畅后，在袁克定的坚持下，袁世凯才让法国医生贝希叶前来诊治，但此刻为时已晚。贝希叶建议袁世凯到医院去动手术，或许还有一线生机，但被袁世凯拒绝。在这种情况下，贝希叶只好在袁世凯卧室给他导尿，但此时导出来的全是血尿。袁世凯自知不起，便急忙让人把徐世昌和段祺瑞找来，并把总统大印交给徐世昌，说：“总统应该是黎宋卿(黎元洪的字)的，我就是好了，也准备回彰德去。”
6月5日，袁世凯一度休克昏迷。不过在清醒期间，他还是在案上遗书一封，上书：“为日本去一大敌！”不知是对自己一生的褒扬还是将来时局的预言。延至6月6日的凌晨6点，袁世凯终于一命归西，正应了骆成骧“要气死国贼”的话。
据说，袁世凯在6日凌晨昏厥复苏之后，对侍疾在侧的老友徐世昌低声说“杨度杨度，误我误我”；也有人说，袁世凯临终时说：“是他害了我！”袁世凯也没说这个“他”到底是谁，一般人都认为指的就是大公子袁克定。要说这复辟丑剧，袁克定还真要负一半的责任，他自己想做太子想疯了，结果是把老头子推到火上去烤，害得袁世凯一代枭雄，最后为这竖子所害，落得个可惜可笑又可叹的千古骂名，真是窝囊至极。袁克定这个人，不文不武，品不高，德不显，糊涂半生且不说，晚年还好男宠，结果因此而倾家荡产，潦倒而终。袁世凯有这样一个太子，又怎能不败？
由于袁世凯死的时候仍旧是在职的总统，因此黎元洪在继任总统后还以在职****的规格给他治丧。当时中|央政|府除了拨款五十万公款用于丧葬费用外，还通令文武机关下半旗、停止宴乐27天，民间娱乐也停7天；文武官员和驻京部队一律佩戴黑纱；设立“恭办丧礼处”，以曹汝霖、王揖唐、周自齐三人承办大典丧礼，黎元洪、徐世昌、段祺瑞三人总负责。
袁世凯的死因从根本上说是一生事业的屈辱性失败，从表象上看是因为他不信西医。“他致死的病症，是膀胱结石症，最初的病状是小便困难。这个时候，如果住院导尿或者开刀，是不会有生命危险的，但他一向坚信中医，从不肯找西医来诊视”。（袁静雪《我的父亲袁世凯》）等到最终无可奈何地请来西医，已经晚了。
袁世凯的丧仪从另一个侧面颇为有趣地象征着他的一生。“这个仪式是新、旧习俗，中西礼仪的大混合”，“进行仪式的喇嘛们，有的诵经，有的吹奏蒙古乐器，而现代的西洋乐队却在吹奏欧洲的葬礼进行曲”。这独具特色的一幕，恰到好处地说明了袁世凯一生的之所以成功和之所以失败。
也许可以这样假设，如果袁世凯在1913年死去，他会作为一个进步人物被载入史册。不幸的是，他又多活了3年。正是在这3年里，他把自己从一个“一贯进步”的时代弄潮儿变成了开历史倒车的“窃国大盗”。
袁世凯死后，那些在护国战争中明里暗里反对他的袍泽故旧也纷纷“冰释前嫌”，或亲自或派随员赶到北京沉痛悼念老领导，所以袁世凯的葬礼也办得风风光光，备极哀荣。最可叹是那御干儿、原奉天将军段芝贵，他在得知袁世凯死讯后急忙从关外星夜兼程赶来，等到了新华宫灵前更是呼天抢地，涕泪涟涟，不知道的人还以为死的就是他亲爹(真是孝子！)。
早在二次革命后号称“北周（学熙）南张”并立的张謇与袁世凯就保持着距离，虽然他支持袁的威权政治，但称帝是张不能容忍的底线。后来张听到袁世凯去世的消息，非常惋惜，他在日记里写：“三十年更事之才，三千年未有之会，本可作第一流人，卒毁于群小之手”。在张謇的眼里，袁是能改变中国的人，若能执政三十年，中国必能崛起。