傅善祥以其特殊的身份，在某种程度上扭转了因为执政者短视而造成的不利局面，为太平天国的前期稳定与发展做出了贡献，傅善祥受到了天**民的一致赞扬。当时曾有“武有洪宣娇，文有傅善祥”之说。
太平天国从广西起兵到定都天京，只经过短短的四年，这些农民领袖们便迷失了方向。
前方，当太平军将士们在各地浴血奋战之时，这些农民领袖们却在加速地腐化堕落。自天王洪秀全至东、北、翼三王，都在天京建造了华丽的王府。
除此之外，农民领袖还大讲排场，出行时前呼后拥，侍从成百上千。据说东王有妻妾66人。尽管如此，东王还不满足，不断地物色更漂亮的女人。
在此形式下，容貌倾国倾城的傅善祥也概莫能外。通过权势，杨秀清把漂亮的傅善祥变成了他盘中的猎物，长期将她霸占。此后，傅善祥的工作与国事政事无甚大的关系，从此，才女变成了“宝贝”，玉人变成了尤物。
与此同时，杨秀清个人的野心也在迅速地滋长，不臣之心开始萌发。而在对待以前的战友和部下方面，也犯了严重的错误，他四面出击，处处树敌，部下和战友对他的怨恨也越积越多。
对此，聪明的傅善祥不断地劝说杨秀清改弦易辙，注意善待部下与同僚。但鬼迷心窍的杨秀清不但当场斥责傅善祥“干政”，而且还命人把傅善祥狠狠鞭笞了一顿。
终于，在1856年的8月，“天京事变”爆发了。在洪秀全的密令下，韦昌辉连夜率3000亲兵赶回天京，在燕王秦日纲的配合下，把东王府杀了个鸡犬不留，二万多太平军将士身首异处，尸体丢在秦淮河中，河水被染成了红色。接着洪秀全反戈一击，又把韦昌辉杀死。整个天京血流成河，尸横遍野。
乱军中傅善祥也被杀死，尸体被抛入大江之中，随水东流而去。
结局之谜
傅善祥的去向，有三种版本：
其一，最为普遍的是，身为东王府地位最高的女官傅善祥在乱军中也被杀死，尸体被抛入大江之中，随水东流而去。一代才女从此香消玉陨，从此人世间空留下一段说不尽凄惨佳话。
其二，美貌多情的傅善祥有幸逃脱了这场劫难，但没有忘记东王的恩爱，于是组织东王府的残余人马与翼王石达开联合攻打西王府，为杨秀清复仇。据说，还有一块古碑中文字为证。
其三，电视连续剧《太平天国》不知从何处挖掘的史料，处理了傅善祥的去向的情节，虽然有些牵强，但却颇富有诗意：一代才女傅善祥在平息内乱的火光中，深夜埋下了太平天国的许多资料和东王的玉玺，留待后人评说。然后，不知所踪。