毛文龙有没有异心？也许真有。
据御史奏报，毛文龙曾发出狂妄之言，说据皮岛下登州，攻下南京易如反掌。可见其狂妄和大逆不道。
以文御武是大明传统，可自从登莱巡抚袁可立去职后，再无人能御毛文龙，对朝廷的命令，毛文龙开始阴奉阳违，满足于割据皮岛，再没了攻取辽东之志。所以若说毛文龙会割据皮岛自立，是谁也说不准的事。
所以孙传庭不杀毛文龙，但必须把毛文龙带走，不使他再回东江，不让其再和手下将领军队汇合。
蛇无头不走，没了毛文龙，皮岛诸将自然也闹不出什么幺蛾子，孙传庭便可以以皮岛总兵位置和钱粮为诱饵，使皮岛诸将老实听话。
东江军诸将能为了利禄抛弃姓氏拜毛文龙为干爹干爷爷，也不是什么忠义之辈，根本不可能为了毛文龙和朝廷作对。更何况毛文龙并没死，而是去浙江当总兵。相对于荒凉的皮岛，浙江可谓繁华富裕之地，又不用打仗，在大部分人看来，去浙江当总兵当然比皮岛好上很多倍。
所以东江军诸将，毛文龙的那些干儿子干孙子们，只会对毛文龙的去职表示羡慕，又岂会因此作乱？除非这些人一开始就有反心。
而另一个时空，袁崇焕督师辽东，却采取直接杀了毛文龙的办法，手段更加强硬，后患更多。
袁崇焕当时手握蓟州、辽西、东江、登莱四镇，挂兵部尚书衔督师辽东，手握尚方宝剑，就权势来说，绝对是第一封疆大吏。他完全可以采用温和的办法处置毛文龙，却偏偏直接把毛文龙杀死。
当然，杀了就杀了吧，也不算什么，只需要一段时间，慢慢整顿东江即可，凭借袁崇焕的权力和朝廷的威严，做到这些还是很容易的。而毛文龙的被杀，一开始在皮岛也没掀起什么风浪，皮岛诸将，毛文龙的干儿子干孙子们也没有谁说为毛文龙报仇，反而一个个盯着皮岛总兵的位置。
但老天爷没有给袁崇焕整顿东江的时间，建奴很快绕道蒙古入侵，打到了北京城外，崇祯帝一怒之下，把袁崇焕收监处死，而袁崇焕整顿东江的计划再也无法施行。
接下来时间，朝廷既要面对穷凶极恶的建奴，又要派兵围剿造反的陕北流民军，哪有精力去管远在千里之外的皮岛，只能让皮岛数万军队、十多万百姓自生自灭。
当然，有人说建奴之所以会绕道蓟北入侵，是因为毛文龙被杀，建奴再无后顾之忧，若是毛文龙不死，建奴不敢绕道蒙古。