嘉佑五年，由欧阳修举荐他，曾巩到京师当了馆阁校勘、集贤校理。期间他理校出《战国策》、《说苑》、《新序》、《梁书》、《陈书》、《唐令》、《李太白集》、《鲍溶诗集》和《列女传》等大量古籍，对历代图书作了很多整理工作，并撰写了大量序文。</p>
熙宁二年，在京城任职数年的曾巩，在王安石与司马光关于变法的争执中，把两边都得罪了，于是向赵顼请求外调。赵顼安排曾巩出任越州通判。曾巩到任后，随即察民情、访贫苦。越州从酒坊征收赋税，供衙门使用。酒坊钱有限，不够开支，不足部分都被分摊到百姓身上征收，确定七年的期限。期限已到，衙门却仍旧重税，横征暴敛，没按规定停征。曾巩得知，马上停止了这笔赋税的征收。</p>
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接着又碰上饥荒，灾情严重，民生凋敝。曾巩安排人广贴告示，要求各县富户如实申报自家粮食的储量。富户们申报上来储量达到十五万石，他立刻发布政令，要求各地富户以比常平仓粮价略高一点的价格向百姓出售粮食，使饥民能就近购买，无异于雪中送炭。他平仓的价格稍稍提高一点后，卖给百姓。曾巩还让官府借给农民种子，让他们随秋季的赋税一起偿还，使农事没有耽误。</p>
几年后，曾巩调任齐州知州。当地有一个周</p>
姓富户，其子周高为富不仁，横行乡里，民愤极大。但是由于周家有钱有势，与地方官沆瀣一气。曾巩初来乍到，就搜集证据，将周高法办。章丘一带有一伙叫做“霸王社”的土豪，杀人越货，无恶不做。曾巩派兵将他们悉数抓获，将三十一名罪犯判刑，发配边疆。他在齐州开创了“保伍”之法，以五户为一保，监督出入，实行外来人口登记。有盗贼来到，则鸣鼓相援。通过曾巩的治理，齐州盗劫等犯罪明显下降，由治安多发之州变成了平安之州，风气为之一清。</p>
曾巩既勤政，又务实，凡事能从实际出发。为了治理黄河，朝廷从各地调集民工，要从齐州调丁两万。曾巩听说一些地方户口有漏登、瞒报现象，马上决定开展人口清查，从下至上，层层上报，反复核实。最后他发现，九丁抽一就能满足征丁之需。他的务实作风，使许多百姓免去了徭役之苦，减轻了他们的负担。</p>
曾巩在齐州也推行了王安石的新法，刺激了农业生产。他修建齐州北水门，解决了困扰齐州多年的水患问题；并疏浚了大明湖。后人在千佛山修建曾公祠，在大明湖畔建南丰祠，以纪念他。</p>
后来曾巩又调任洪州知州，兼江南西路兵马都钤辖。他任职之初，恰逢瘟疫流行。曾巩赶紧调配救灾物资，命令各县、镇储备防疫药物，以备万一。他腾出州衙门的官舍，作为临时收容所，给那些生病的士兵和染病无力自养的百姓居住。曾巩不但派人给他们治病，还给他们免费提供饮食和衣被。他派人随时记录疫情，把染病和没染病者登记造册。然后他从国库调拨资金，按轻重缓急，依次有序地分发救济款。</p>
次年，曾巩由洪州转任福州知州。曾巩提出一个观点，当官不能与民争利。官府蔬菜大量上市，扰乱了市场，导致菜价越来越低，以种菜为业的菜农卖不掉菜，收入大减。曾巩立刻取消了朝廷拨给的一定面积“职田”，以保障了菜农的利益。</p>
元丰三年，曾巩改任沧州知州。他途经京城开封时，得赵顼召见。赵顼对他的“节约为理财之要”建议大为赞赏，留任为三班院勾判。次年，赵顼认为曾巩的史学能比得上士大夫，应该掌管五朝史事。他于是被任命为史官修撰，管勾编修院，判太常寺兼礼仪事。</p>
曾巩写了太祖总论上呈给赵顼，赵顼意犹未尽，于是手诏移苏轼到汝州。诏中有“苏轼黜居思咎，阅岁滋深，人才实难，不忍终弃”等话。苏轼受诏后，上书自称贫士饥寒，惟有薄田数亩在常州，乞恩准去常州，赐臣余年。赵顼即日报可，苏轼于是到常州居住。</p>
不久，宫中遇到大丧事，太皇太后曹氏病死。有司援引刘后的故例，拟定尊谥，是慈圣光献四字。赵顼一向孝顺，服事太皇太后，无不曲意承欢。太皇太后也慈爱性成，一旦知道赵顼退朝稍晚，必订亲自过来问候。因此彼此始终欢洽，毫无怨言。</p>