大秦庙堂有内阁与军堂之分，内阁名义上总掌国政，但实际上却无法染指军权，除了可以限制皇帝发动战争和在军队预算上进行抵制以外，对于军队的人事调动，任命，作战以及指挥，内阁没有任何话语权。
内阁：
中书，门下，尚书三省并称内阁，为帝朝文官之首，除军堂外，其余诸省，部皆在其下。
建朝之初，大秦并无内阁之设，名义上国政由皇帝和中书宰相共同商议，起草政令，经过门下省同意后，方能交付尚书省实施。其中中书为皇帝的权力，而门下则代表贵族的势力，是故大秦中央可以说是由贵族出身的大臣所组成的合议政体。不过开国五十年期间，太祖，太宗，武帝，三任大秦皇帝几乎大部分的时间都是亲自统率大军在外征战，根本无暇国事，于是太宗（曹昂）继位后，便设立内阁，由三省宰相与他任命的大学士（两人）一起，总理国事，即便还朝以后也只在初一与十五上朝，后来遂沿袭成为了传统。
三省：
中书省掌诏敕，政令之立案起草；
门下负责审议中书之立案，草案，以决定实行与否；
尚书省为行政官署，其下分置吏，户，礼，兵，刑，工六部。各设尚书一人，左右侍郎（副职）、郎中（司长）、主事等。
六部：
吏部：负责官吏的管理，考核，升迁等
户部：有十三个司，分别管理各地的收支与报销
礼部：主管国家凶吉大典，教育与考试，招待外宾，宴劳功臣等
兵部：只负责后勤，兵甲等诸事，实际上是军堂的附庸。
刑部：管理天下刑名。
工部：管理建筑、后勤、水利、制造等
监察院：
直属于皇帝的监察部门。下设左右督御史，左右副督御史，左右佥督御史。再往下设十三道监察御史和按察使，十三道监察御史和按察使与直属于皇帝的六科给事中统称“科道”属于言官范畴。
六科给事中：
掌侍从、规谏、补阙、拾遗，以及稽察六部事务。享有“科抄”，“科参”及“注销”之权，注销是指圣旨与奏章每日归附科籍，每五日一送内阁备案，执行机关在指定时限内奉旨处理政务，由六科核查后五日一注销；科抄是指由六科给事中分类抄录朝廷内外章疏及帝王谕旨，按其内容抄送有关官署承办；科参是指上命如有不便，给事中可驳正缴还。
五寺：
大理寺：名义上的最高司法机关。与监察院、刑部构成了三法司。