崇祯十二年二月初一，媺娖率凰羽卫、神枢营、天雄军南下金陵。。
四月，媺娖率军到达金陵，入驻南直隶京营。发求贤令，不问出身，但求贤士，应征者络绎不绝，不乏江湖侠士、从戎士子。数日后约见锦衣卫南镇抚司指挥使冯可宗。随后颁下大都督令，派遣费月贞与陶红英各率一千凰羽卫和五千神枢军，清查南直隶、浙江、福建、广东、广西各卫所，裁汰老弱，补足精壮。罢黜卫指挥四十三人，江南震动。同月，媺娖购得原魏国公府，改为公主别府，率凰羽卫挖地三尺，得到建文宝藏，价值约有七千万两白银，另有徐达所遗之《武穆遗书》。
五月，媺娖下令大幅提升五省兵士饷银，兵士皆愿为效死。新创军械司，位同都司，司内工匠皆授军职。军械司司长孙璧君，为前登莱知府孙元化幼nv。家学渊源，精通弹道、火药、火器之学。媺娖将前世所查知识悉以告之。孙璧君惊以为神授，乃集四方巧匠，潜心研究，颇得火器冶金之妙。先后研发出燧发火枪及各式战舰火炮。是月，武夷派施琅，莆田少林陈永华、刘国轩，昆仑冯锡范，国子监监生郑森来投。
六月，媺娖访得前水师名将李华梅，建皇家海军司，请华梅为海军司司长。下设三大舰队，司令为毛东珠，施琅，郑森。华梅旧部，前东江水师将士纷纷来投。媺娖设金陵制造局、松江造船厂，皆由军械司管辖。媺娖要求他们生产采用机械流水作业，务必保证武器零件标准化。将士皆称便。
七月，媺娖改南京京营为天雄、神机、神枢三军。天雄军统领为陈永华，神机军统领为刘国轩，神枢军统领为费月贞。其中，神枢军为女兵。三支军队皆为三三军制，每军三万人，辖三师，旅、团、营、果、队、伍次之。每军战兵皆分长枪兵、火枪兵、炮兵三种。长枪兵持三米长枪，身穿板甲钢盔，所习枪阵格杀之术乃是结合武穆遗书所载阵战之学、近代枪阵以及天魔策中枪法技巧所创。火枪兵持前装滑膛燧发火枪，射程可达150步，采用定量药包，射速为每分钟5－8发，采用三段击战术。炮兵的标准配置则是6磅炮、12磅炮和榴弹炮，弹药则分为实心弹、开花弹和链弹，炮身上还加了辅助瞄准工具。辅兵则包括辎重兵，工程兵和医护兵，其中医护兵都是女性。同月，扩凰羽卫为三千人，统领为陶红英。
八月，设情报司，位同都司，以冯锡范为司长。主军情刺探及监督不法事，无军务决断权。凡五省卫所及天雄、神枢、神机三军，自果与百户以上，皆有情报司辅佐。五省军纪为之肃然。
九月，整军之事既成，媺娖乃拜会南京诸勋贵，宴请魏国公徐文爵、英国公张世泽、龙虎游击郑芝龙之弟郑鸿奎以下数十人。席间宾主尽欢。宴毕，媺娖称欲成立大明皇家理事会，出资五百万两白银，占股50%，理事会主营香皂、银镜、纺织、瓷器、茶叶贸易。一月后，龙虎游击将军郑芝龙派其弟郑鸿奎拜会媺娖，参股30%，魏国公徐文爵与英国公张世泽各参股5%，后有15家勋贵陆续参股。理事会主要以日本—江南—东南亚为商业航线。理事会事业蒸蒸日上，月入数十万两白银。
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同年二月，洪承畴、孙传庭于潼关南原再度大破李自成军，李自成以十八骑遁。张献忠去年降于熊文灿后，在谷城招兵买马，囤积器械，本来蠢蠢欲动，听闻官军大捷，又安分了下来。罗汝才兵犯四川，四川总兵秦良玉于汉中大破贼兵，罗汝才一路败逃，遁入陕西。中原流贼几乎一清。朝野皆以为中兴大明，指日可待。
三月，多尔衮残部逃回辽东。出师时满蒙汉共计十万大军，归去时不足四万。折损代善之子贝勒岳托，辅国公玛瞻以下宿将数十人，所掠人口尽被夺回，清廷大震。多尔衮、阿济格、阿巴泰等人自缚请罪，皇太极详细查问此战情形，叹道：“明有长平、卢象升等人，未易图也。”仅予削爵之罚，令多尔衮等戴罪立功。而大明蓟辽督师孙承宗履任后，整顿部伍，修城设堡，山海关—宁远—锦州一线固若金汤，清兵不敢来犯。清兵此番大败，元气大伤，多有清兵治下汉官输诚反正者。