秀州守将是方腊弟弟方七佛，此人智勇双全，如果坚守不出，亦可将秀州守住，奈何形势比人强，方天定是方腊太子，方七佛必须出兵前去救援。方七佛在救援方天定残部时，被折可存军击败，方七佛本人也死在乱军之中，而方七佛的部将段恺留守秀州城，在宋军围困秀州城时，他闻知方七佛已死，便献城归顺了赵宋，
州被童贯占领。杭州岌岌可危。
而方天定在石宝等人地死命护从下。挣脱重围。败往杭州。随后方腊大军将杭州团团围住。进行了数月地攻击。方腊虐杀宋朝官吏。导致没有几个士子肯投奔与他。使得他手下没有治政人才。前期他为了笼络人心。宣布免除粮税。后来为了筹集粮饷又大肆征集田赋税收。普通百姓都是朝三暮四之人。谁还记得方腊之前免除粮税之情。都忌恨于他后来加重税收之患。而方腊丧失人心筹措地粮饷也不敷使用。被童贯大军围城三个月。便告粮尽援绝。被迫退出杭州。
之后方腊屡战屡败。被迫退回老巢清溪县帮源洞。在败退过程中。方腊太子方天定战死。其余诸将也都有折损。而王寅、吕师囊被不明真相地宋军救出大牢。吕师囊逃往仙居。纠合旧部。继续反宋。而王寅见方腊大势不可逆转。便寻思投奔女婿卢俊义。他知道卢俊义对方腊军中数位将领仰慕已久。便前去找寻那些将领。准备带着他们从海路投奔卢俊义。
后来朝廷又派刘延庆、王禀、杨惟忠、辛兴宗等宿将前来增援童贯。一起围歼方腊余部于帮源。方腊军散布在其他地方来不及回援地部将都如丧考妣。自此摩尼教失去灵魂。兵败如山倒。方腊被俘后。义军各部继续转战江南各地。童贯派郭仲荀、刘光世、姚平仲等领兵分路镇压。宣和二年五月。台州仙居县义军由俞道安带领。从温州永嘉县楠溪攻占乐清县。义乌县义军据天仙峒。寿昌县义军据月溪峒。与宋军激战。天仙峒、月溪峒相继陷落。兰溪县灵山峒义军胡姓、祝姓二将与宋军刘光世部奋战。胡、祝等一千六百多人战死。五月。宋军姚平仲部攻陷台州仙居境义军据点招贤等四十多峒。方五相公部义军接连失利。
宣和二年五月。仙居义军吕师囊转移至黄岩。宋军折可存部自三界镇追击。吕师囊率部给折可存、刘光世等部宋军以迎头痛击。并攻克乐清县城。还会同青田起义农民攻打温州。重创宋军姚平仲、杨震等部。江淮荆浙宣抚使童贯调十五万西北劲兵镇压浙东义军。吕师囊部受压力越来越大。形势恶化。七月。义军被围困在黄眼石口。血战竟日。突围时军师吕助被俘牺牲。七月十六日。吕师囊联合永嘉义军俞道安部。再攻温州。围城一月。终因宋援军赶到而再次失利。俞道安在永宁山阵亡。义军在黄岩断头山遭宋军折可存部围困。宋军以轻兵从山后偷袭。义军战败。吕师囊得力部下“霹雳神”越州张近仁、“巨灵神”杭州沈泽、“太白神”湖州赵毅、“太岁神”宣州高可立尽皆战死。吕师囊伤重跳崖被俘。解至临海。先被箭射。后遭裂尸。
与此同时。王寅联系到石宝、厉天、司行方等人。劝服他们一起投奔卢俊义。借助卢俊义地力量为摩尼教报仇。石宝等人听从。便带着原方天定尚存地几位偏将厉天佑、吴值、黄爱、晁中、薛斗南、徐白、张韬、贝应夔。跟着王寅准备从明州越海去山东。王寅一行乔装打扮。逃往明州途中。遇到从睦州逃出地原参政沈寿、桓逸和方腊亲军指挥使白钦、夏侯成、殿前太尉郑彪、灵应天师包道乙等人。王寅便又说服这几人跟随自己一道前去山东。因王寅原是摩尼教护教法王。地位尊崇。众人在绝望中摸到一根救命稻草。都纷纷听从。
在王寅一行即将到达明州时，又遇到小养由基庞万春和他妹妹庞秋霞以及他两个副将雷炯、计稷护着方腊义妹百花公主也潜逃至此。百花公主听闻王寅一行准备前去投奔卢俊义，起初并不同意，但经不住王寅的耐性劝服。方百花知晓自从方腊被擒，摩尼教再无一呼百应之人，便如一盘散沙，在官军重压下，留在浙江想要复仇比登天还难，便同意去投奔山东卢俊义。但他们遇到了一个大问题，那就是没船，无法渡海前去卢俊义治下的舟山群岛。
就在这时，他们又见到几个熟人，前金吾上将军方杰、原兵部侍郎高玉、骠骑上将军杜微三人，方杰上前招呼众人上船，原来方杰三人也逃到海边，被号称浙江四龙的原方腊水军四位总管成贵、翟源、乔正、谢福救到船上。