水军三个军的指挥系统如下：
水军都督张顺。副都督刘梦龙阮小二；这也是-五年调整一次中高层军官。
第一军军长张顺。个师长为张邓飞邹渊谢福胡俊；
第二军军长刘梦龙。五个师长为刘梦龙杨林卜青狄成翟源；
第三军军长阮小二五个师长为小二邹润贵乔正胡显；
水军创立较晚。各级参军以梁山军校学员为主。
6军水军海军军的第二个长是军长的顺位接班人。即军长出现什么意外或调任,由第二师师长接任。虽好几个军长是根据山头来安排的。但第二师师长的任命安排都是卢俊义的亲信。第二师师长同时兼任该军的第一副军长。
各级参军分成两种。一种是跟宗教事务总署有关系地。称之为道术参军。一种跟党派事务总署有关系。称之为政治参军。政治参军换句话便是,世的政委在-军中占多数。治参军平时在军中吸收复兴党员组织党章学习政治宣传做思想工作。等占领一个新领地他们就要开始忙碌安民告示治宣传做军政编制做轻度土改等一系列安定地方并将地方整顿在国治下的活动。然后在该地吸收复兴党员；而道术参军顾名思义就像公孙胜那样用道术支援军事行动的玄教高手。平时在军中吸收玄教信徒组织教义学习组织简单健身道术修炼用道术鼓舞士气。到战时用术帮助军队获胜。到地方则协助政治参军搞好宣传活动同时还要地方展玄教信徒。
信玄教和信复兴党并不矛盾。一个是宗教信仰。一个是
信仰两者都信是最好。四五年内。齐国禁卫军将士都同时加入复兴党和玄教。些没有全部或全部没有加入的都是新兵。他们是参军们要争取的。警卫军编制也有这样的参军队伍。他们执行着如同禁卫军一样地任务。不同的是战争和展新土地的任务几乎没有。但他们要时刻准备着会因为优秀而被升到禁卫军。这些参军的本质工作是参谋。这一点自然要保证住。他们除了趁休战时期去上梁山军校学习军事技术之外在战争时期也是每隔一段时间组织学习。这是卢俊义长抓不懈的一件事情。在将领中亦是如此。
在政务院和地方政务上。鲁东道鲁西道淮东道淮西道江汉道江苏道浙东道浙西道汉南道汉北道东海道中海道北海道台湾道。总共十四个道。八十个州。有张叔夜侯蒙李纲赵鼎曾孝蕴蒋园等赵宋旧臣和卢俊信萧让薛嵩傅奇吴正科等卢新臣一起担当政务院和下属道州县镇地行政。其中赵宋旧臣可以为正而卢臣为辅。但主要实权还是卢臣所掌握。赵宋旧臣只是第一代的过渡。
在军务院和地方军务上。因为某县城可能是州治所。也可能是道治所。所以一般镇寨和通县城驻扎的是警卫军。各治所城池里根据战略重要性决定驻扎少量禁卫军协防。各道治所和各道战略要地都酌量驻扎部分禁卫军。各道州县镇地警卫军是层,向上负责。各道警卫军长官称为兵马统制。但只能指挥调动警卫军。只有临时战争时期授予的节度使才能同时指挥所有辖区内的军权。但节度使无权动用财权。否则视同谋反。许贯忠执掌军务院。可以元卢俊义指令下调动所有兵马。而宗泽扈成负责管辖所有警卫军。所有禁卫军有卢俊义朱武管辖。以泽6登所徐京王文德王焕张开项元镇韩存保等宋旧将和扈卢俊勇邢钢黄光明任潮等卢将一起执掌卫军。显然这些赵宋旧将也只是过渡。
卢俊义目前的卢齐政府还是军政优于民政的军政府。一切以军事行动为中心。
马政就是很明显的军政府风格。卢俊义为了日后抗契丹党项女真蒙古等北方游牧民族的骑兵。决心从一开始就大力展马政建设。以备军用。
一个轻骑兵所花费的可以养三到五名轻步兵。也就是说建立一支十万精骑的费用足以可以装备出四五十万步兵集团军。尤其是在弓弩兵极度地宋朝。四五十万个弓弩兵足以将十万精骑射成马蜂窝。但为什么还要展骑兵呢？对抗游牧民族为何必须以骑抗骑？
在冷兵器时代。骑兵对于步兵具有天然的优势。这种优势主要表现在机动性和冲击力方面也就是说。步兵打骑兵是赢了追不上。输了跑不掉。而骑兵在攻击步兵的时候。可以利用人和马的总动量来对其正面的步兵方阵形成更的冲击力。马的质量比人要的多。而运动度又过人的奔跑度。因此骑兵所能够给与步兵地冲击力一般都是远大于步兵的冲击力。还有更为重要的是。机动性可以在一定程度上扭转军队之间的数量对比。机动性好的一方可以集中优势兵力攻击对方的某一个区域。局部形成了兵力优势。可能是防守的一方兵力更多。但是防守一方需要防守多地方。在一个局部而言。进攻方可以形成数量优势。并且赶在防守方的援兵到达之前。将当地守军消灭掉。这也就是机动性的作用。机动性好的军队可以通过快地转移自己的部队。总是能够形成局部战场的力优势。从而把缺乏机动性的一方逐步歼灭。因此。游牧民族对于农耕民族来说。总是具有先天的军事优势。
那么农耕民族该如何来应对。一种方法是利用地形。也就是利用山地来阻挡骑兵的奔跑。并且居高临下攻击。长城正是这样防御方式。另一个办法就是以骑兵对骑兵。通过组建强大的骑兵军团来对抗游牧民族。
汉之对于匈奴。唐之对于突厥。都是沿用的这种略。宋朝没有占据长城。也没有夺的养马良地。无法像汉唐时期大规模饲养战马装备骑兵。所以两个方法对他来说都是不成。赵宋被游牧民族的铁骑利用机动性和冲击性的优势按着头打的历史也是卢俊义刻意展马政的痛彻教训。