在重组战争之后，有一部分科学家通过基因技术制造出了一种各方面能力都超过一般人类的强化人，被称作调整者[COORDINATOR]。
后来，由于证据1的出现，宗教界的威信崩溃，人们渐渐接受了调整者这一特殊的存在。由于各方面调整者和自然人的冲突，在长期的计划后，由调整者卫星组成的“Z.A.F.T”（扎夫特）和投资建设卫星的理事国的对立日渐明显，终于，在受到ZAFT持续的小规模袭击后。
C.E70年2月14日，地球军向P.L.A.N.T农业卫星尤尼乌斯7发射核弹，摧毁了它，人称“血**人节”（阿斯兰的母亲雷诺亚.萨拉也在此事件中丧生，阿斯兰也因此加入军队）。之后双方放弃了所有的外交努力，撕破脸皮开始军事行动，惨烈的宇宙战争由此爆发。
开战一年后，在中立的资源卫星国家赫立奥波利斯[ヘリオポリス]（属于奥布）上发生一场战斗，为了夺取“大西洋联邦”秘密研制的新型高性能机动战士“GUNDAM”，扎夫特军队机动战士部队突袭了地球联合军。这个冒险的军事行动由于策划充分而且行动迅速，打的地球联合军措手不及，抢走5台地球军的新武器——高达中的4台。
基拉和好友阿斯兰都是生活在行星上的调整者少年，他们从小住在一起，对未来有着同样的希望和梦想。后来阿斯兰加入扎夫特军队，成为一名机动战士驾驶员。在这次行动中，阿斯兰也是其中成员之一。而此时的基拉还是一名工业学校的学生，在扎夫特军的突袭下，为了保护身边的亲人和朋友，他趁乱登上未被抢走的“STRIKEGUNDAM”，开始踏上战争的征途.........
C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。
C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，就在自己的眼前，少年真·飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物，就只有妹妹掉落的手机……获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士……
C.E.73年10月2日，奥布联合酋长国首相卡嘉莉.尤拉.阿斯哈来到L4的殖民卫星阿莫利万，决定与PLANT的杜朗达尔议长举行机密会谈，与其同行的还有隐姓埋名的阿斯兰；而就在同一个地方，ZAFT军的新型战舰“密涅瓦号”的入水仪式也即将进行。一派轻松的气氛下，“密涅瓦号”所属的真也与同事尤兰等人上街闲逛，并偶遇秘密潜入阿莫利万的地球联合军特务部队所属成员......斯特拉.鲁西耶，但双方并不知道彼此的真实身份。
就在入水仪式即将举行的时候，阿莫利万的MS格纳库遭到了地球联合军特务部队的突然袭击，ZAFT军所开发的三架最新型高达也被夺走。ZAFT的MS部队损失惨重，而卡嘉莉和阿斯兰也陷入危险之中。就在这危急时刻，飞鸟真驾驶剑装备型脉动高达挡在三架高达的面前。