唐生智极力地克制内心的不安，12日14时在南京卫戍军司令部对第78军第36师下达了维护城中和下关秩序的命令，主要内容是：“1、下关通浦口，为我军惟一交通路，应竭力维持秩序，严禁部队官兵及散兵游勇麋集，以确保要点；2、第74军在上新河镇（上新河）与敌激战，其后方交通应由汉西门（汉中门）与城中联系，禁止该军部队通过三汊河退入下关；3、着你部在挹江门至下关一带立即实际戒严，禁止一切活动。”
就在唐生智下达这份命令的时候，守城之战局又发生的重大变化。这时，日军谷寿夫第6师团犹如一条疯狗，他的左翼部队已经逼近水西门，第16师团、第3师团已经进逼中山门和光华门。而唐生智命令之中留给俞济时第74军指令撤退的路线随时都会陷落敌手，迫于这个残酷的事实，俞济时第74军派人前往三汊河架设浮桥，企图由此渡河再经下关码头渡江撤退到江北的浦口，却又被第78军第36师无情地劝阻和制止。
九月下旬，时任第36师师长的宋希濂，被国民政府军事委员会发表为第78军军长（兼任师长）。实际上，部队并没有扩编，仍然实际指挥第36师一个师。
在上海一战，第36师就被打残，待宋希濂率部撤守南京的时候，手下一万多人只有三千余人枪，在南京接收补充兵源近四千人，所部不过七千多人。而补充的四千新兵，大多数是新入伍的青年，有的连枪都没有摸过。
第78军第36师在三汊河北建立了防守阵地，就是要守护挹江门外、中山路南这片滩圩，防止日军由此突破，一路向北进逼和占领下关码头，甚至北上合围南京。相对于其他国军部队来讲，尽管第36师防守任务并不算重，但对于宋希濂来说，他知道自己这一个师只是比一个空架子强上些许，内心其实并没有多少底气。因为他知道这是一场你死我活的战争，他早已知道敌人的强大，他更知道眼下部队的战斗力。
正是因为这个原因，宋希濂最害怕友军擅自撤退冲击自己的阵地，动摇部队的军心。
而第78军由三汊渡河撤退，势必影响到第36师在三汊河方面的防御，这道防御与南京最后唯一的退路休戚相关。因此，第74军的举动，是宋希濂绝对不能接受的。
接到第36师的报告，唐生智知道，因为日军的破城总攻行动的进逼，南京守军的军心已经动摇。现在，他知道宣布撤退命令已经刻不容缓。于是，他准备下达全军撤退的命令。
然而，就这此时（下午三时），武汉大本营再次密电电令南京卫戍军司令部唐生智：“……若敌不敢猛攻，则只要我城中无恙，我军仍以在京持久坚守为要。当不惜任何牺牲，以提高我国家与军队之地位与声誉，亦为我革命转败为胜惟一之枢机。如南京能多守一日，即民族多加一层光荣，如能再守半月以上，则内外形势必一大变；而我野战军亦可如期策应，不患敌军之合围矣。”
蒋委员长电报中所称的国际形势“大变”，或许就是苏联出兵。但是，苏联是否决定出兵，什么时候决定出兵，都存在巨大的变数。
这个变数所带来的影响，再次把守卫南京的中国军队带进了濒死的危局。