李渊的诏书让许多人想到了什么，果然，在接下来的日子里，李渊又先后颁布了不少朝中大臣的任命。如孔颖达为了太子詹事，长孙无忌与陈叔达为左庶子，褚亮、姚思廉为右庶子。侯君集为左卫率，段志玄为右卫率，秦王府旧臣于志宁为中书舍人，苏勖为太子洗马。论及政变的功劳，以长孙无忌和侯君集为第一，分别赐绢一万匹。
而李渊还特别嘉奖了侯君集，并慰劳他道：“爱卿对于我大唐来说有安定社稷的功劳。”于是便把齐王府中的金银布帛等器物，全部赏赐给了侯君集。
武德十年627年三月，以秦王府护军公孙武达为左武卫大将军，又以独孤彦云为右武卫大将军，而侯君集为右武候大将军。
同时以陈叔达为侍中，褚亮为中书令，姚思廉为左仆射，刘政会为右仆射，长孙无忌为吏部尚书，于志宁为兵部尚书。以前天策府兵曹参军杜淹为御史大夫，前任中书舍人颜师古、刘林甫为中书侍郎，左卫副率刘师立为左卫将军，左虞候段志玄为骁卫将军，副护军杜君绰为右领军将军，右内副率殷开山为左武候将军，右监门率长孙安业为右监门将军，右内副率刘弘基为领左右军将军。至此，李世民集团成员和支持李世民的官员们，掌控了整个大唐的重要部门和职位，并完全掌握了大唐的军政大权。
太子李建成和齐王李元吉的余党流散逃亡到民间后，虽然朝廷连续颁布了赦免令，但他们依然感到惶恐不安。而侥幸获利的人却争相告发并捕捉他们，还以此来邀功请赏。
谏议大夫颜相时将此事告知了太子李世民后，李世民立刻颁布了太子令道：“玄武门之变以前与东宫和齐王府有牵连的人，一概不允许相互告发，对违反规定的人一律按诬告罪论处。”
此令一出，顿时让不少人是松了一口气来。武德十年627年三月十八日，李渊将亲笔写下的诏书赐给裴寂等人后，说道：“朕也应当有个太上皇的尊号了。”此话也算是表达了李渊要退位和内禅的想法。
同年的三月二十七日，朝廷撤销了太子李世民兼任天策上将的府邸，并为李世民的登基是做起了准备来。
武德十年627年五月三日，李渊颁布诏书，将帝王之位是传给了太子李世民，而他自己则为太上皇，仍居于大内皇宫正殿--太极殿。李世民坚决推辞，李渊不许。
而就在李渊颁布传位诏书的第二天，即武德十年五月初九的甲子日，太子李世民在东宫显德殿即皇帝位，是为唐太宗，并大赦天下，也以此开始了他的皇帝生涯。
李世民登基继位的消息传遍天下后，萧墨宸冷冷一笑，说道：“贞观之治恐怕是没有了，接下来就让本王来结束这场内战吧。来人，传千机阁阁主阴士杰，来临朔宫见我。”
很快，阴士杰便来到了临朔宫中。当萧墨宸与他商谈了数个时辰后，阴士杰这才告辞而去。同时萧墨宸又召来了文武百官，并与他们商讨起了攻打关中的事宜来。